Így jelenik meg az antibiotikum-rezisztencia

mega-plate_exp.png

Közhelyes, de ismeretterjesztők és oktatók számára ma is aranyszabály, hogy egy jó kép, vagy hatásos videó néha többet ér száz szónál. A Science-ben most megjelent ún. MEGA-plate kísérlet, ahol lényegében egy hatalmas Petri-csészén élőben figyelik, hogy miként alakul ki az antibiotikum rezisztencia eredetileg nem rezisztens baktériumokban, pont egy ilyen videót ad mindenki kezébe, mert ennél szemléletesebben tényleg nem nagyon lehet ezt már csinálni. (A ráérősebbeknek érdemes a The Atlantic cikket elolvasni, ahol a kísérlet háttérsztorijáról, a berendezés összeállításáról is bővebben írnak.) 

Egy kattintás ide a folytatáshoz….

Szőr, toll, pikkely – (plakod)variációk egy témára

placodes_nytimes_2.jpg

Kevés dolog vált annyira evidenciává a biológia tankönyvek evolúcióról szóló fejezetében, mint a pikkelyek és tollak (és persze a szőr) homológiája. A madarak hüllő-rokonságának egyre pontosabb feltárása, a tollas dínókra való rácsodálkozás az elmúlt évtizedben mind-mind segített ezt a homológiát ismertté tenni. Ennek megfelelően számos tankönyv és renegeteg összefoglaló tanulmány illusztrálta, hogy miként is alakul(hatot)t ki az egyszeri pikkelyből toll az evolúció folyamán.

És épp ezért volt bosszantó, hogy egészen a közelmúltig a legfontosabb bizonyíték mégiscsak hiányzott a témában: az, hogy a fejlődés során hasonló képletekből alakulnak ki a későbbi pikkelyek, illetve tollak.

Egy kattintás ide a folytatáshoz….

Kérdéses, hogy mai kutatási módszereinkkel megérthetjük-e az agy működését

plasticbrain22_head.jpg

1990 decemberében az emberiség első alkalommal detektálta egy bolygón az élet jeleit az űrből. Az, hogy erről nagyon kevesen tudnak, nem a nemzetközi háttérhatalmak ármánya, hanem annak a következménye, hogy laikusok szemével nézve az esemény banalitása a fölöslegesség határát súrolta. De nem volt az.

A jelzett időpontban a Föld mellett elhaladó Galilei szonda érzékelőit Carl Sagan és munkatársai bolygónk felé fordították, és ahogy azt később leírták, a légkörben kiemelkedően magas oxigén tartalmat érzékeltek és a termodinamikai egyensúlytól lényegesen eltérő mennyiségű metánt, a felszínen pedig egy nagy gyakoriságú, vörös hullámhosszú fényt elnyelő pigmens jelenlétét, amelyek együttesen azt valószínűsítették, hogy a bolygón élet van. Sőt, az amplitúdómodulált rádiójelek jelenléte még az intelligens élet lehetőségét is felvetette.

Mindezt természetesen a Galilei nélkül is tudtuk, de pont ezért volt annyira fontos a kísérlet: ha ugyanis a szonda méréseivel az egyetlen ismert, életet rejtő bolygón sem tudnánk felfedezni az élet jeleit, akkor aligha várhatjuk, hogy a világűr egy távoli pontján majd sikerülni fog.

Saganék cikke a kontrollkísérletek fontosságát mutatja, amelyek hiányában a kísérletes munka eredményei sokkal nehezebben és kisebb bizonyossággal értelmezhetők. A gond persze ott van, hogy nem minden esetben vannak jó és egyértelmű kontrollkísérletek – de ilyenkor is törekedni kell persze arra, hogy ha kell kreatív kérdésfeltevéssel megbizonyosodjunk arról, hogy választott módszereink valóban alkalmasak-e a kitűzött cél elérésére.

Ennek a kreativitásnak a remek példája Eric Jonas és Konrad Kording cikke, ami még májusban került fel a bioRxiv-ra és amelyben azt az egyszerű kérdést tették fel, hogy egy ha egy mai idegtudós, kvázi marslakóként rácsodálkozna egy mikroprocesszorra, képes lenne-e megfejteni a működését.

Egy kattintás ide a folytatáshoz….

Genomszerkesztési animációs egyveleg

Sokszor és sokat írtunk már az utóbbi időben genomszerkesztésről (és nem, nem felejtettem el a kérdőíves posztot, annak a kiértékelése is meglesz majd, szerencsére sokan kitöltöttétek :-)), így senkit nem fog meglepni, hogy lesz egy pluszegyedik poszt is a témában. Ezúttal egy elég jól sikerült kis animációra hívnám fel a figyelmeteket, amelyet a Kurzgesagt csapata készített Patreon-os támogatással (van magyar felirat is hozzá!). Elég jól körüljárja a témát, és hosszan (talán aránytalanul hosszan) időzik az emberi vonatkozásokon. Ehhez képest pont ez az utóbbi rész, ami nekem annyira nem jött be, mert ugyan a készítők próbálkoznak a technikai és etikai dilemmák bemutatásával, mégis, valahogy úgy érzem, azok nem lesznek igazán sem kibontva, sem megválaszolva (nem mintha persze a Kurzgesagttól várnánk ezeknek a nagyon bonyolult kérdéseknek az egzakt megválaszolását). Ettől függetlenül, azért érdemes azt a bő negyedórát rászánni.

Amikor az evolúció rükvercbe kapcsol – 2.

fully-scaled-mirror.jpg

Madagaszkár nem természetes otthona a pontyoknak, olyannyira nem, hogy a franciák csak 1912-ben telepítették be a halat tenyésztési céllal. Akkor sem akármilyen pontyot, hanem a gazdaságilag sokkal nyereségesebben tenyészthető tükörpontyot. Pár évtized múlva azonban elkezdődtek a bajok: valahogy a tükörponty “elromlott”, és 1958-ra már elég egyértelmű volt, hogy nem csak pikkelytelen tükörpontyok élnek a vizekben, hanem nagyon is pikkelyes halak. Nem pont olyanok, mint a hagyományos pontyok, mert nagyobb pikkelyeik vannak, de ettől eltekintve kétségtelenül pikkely borította őket.

Sokáig nem volt világos, hogy mi történhetett, és ugyan azóta volt még pár betelepítés (hagyományos és tükörpontyokat is vittek, pl. Magyarországról is) a “pikkelyes tükörpontyok” továbbra is jelen voltak és titkuk megfejtésre várt. Most a Proceedings of the Royal Society B lapban jelent meg egy részleges válasz, amely alapján úgy tűnik, hogy ez is egy olyan eset, amikor az evolúció egy kicsit rükvercbe kapcsol.

Egy kattintás ide a folytatáshoz….

Ujjak-e az úszósugarak?

mouse_fish_hox.png

Az evolúcióbiológia egyik legizgalmasabb témája, hogy miképp következett be a szárazföld meghódítása a gerincesek által (hogy alakultak ki a szárazföldi életmódhoz alkalmazkodott állatcsoportok) és ennek megfelelően evolúcióbiológusokat régóta foglalkoztatja, hogy miképp alakult át a halszerű ősök mellúszója egy lábszerű végtaggá, amely aztán megtartotta gazdája súlyát a parton.

Hogy mi is történt (időgép hiányában) talán 100%-os pontossággal sosem lesz reprodukálható, de ettől persze próbálkozni lehet. Ebben nagy segítség a paleontológia, pontosabban azok a fosszíliák, amelyek ezt az átmenetet örökítik meg valamilyen módon, illetve sok mindent reprodukálhatunk abból is, ha mai halak mellúszófejlődését vetjük össze szárazföldi gerincesek végtagfejlődésével, keresve a hasonlóságokat és dokumentálva a különbségeket.

A legnagyobb név ezen a területen egyértelműen Neil Shubin (“A belső hal” szerzője), aki mindkét említett megközelítéssel kiemelkedőt alkotott: egyrészt ő a legendás Tiktaalik, az egyik legizgalmasabb átmeneti fosszília felfedezője, de emellett laborja jelentős része az említett fejlődésbiológiai kérdéseket vizsgálja, finoman szólva sem eredménytelenül.

Egy kattintás ide a folytatáshoz….

Úszó matuzsálemek

3-greenland-shark1.jpg

Az ószövetségi sztori szerint Matuzsálem közel 1000 évig élt és röpke 182 éves korában még épp csak belekezdett a családalapításba. Valódi Homo sapiens természetesen soha nem élt ilyen hosszan, de igazán az állatvilágban, különösen a gerincesek közt, sem ismerünk fajokat, amelyek ezt megközelítenék. Teknősök, grönlandi bálnák, emberhalak (amelyek valójában barlangi vakgőték) esetében nem ritka a száz év feletti kor, de a teljes természetességgel megélt sok száz év feletti kor azért azokra sem jellemző.

Egy kattintás ide a folytatáshoz….

A galapagosi kormorán, mint evolúciós betegségmodell

robert-buhs_galapagos_cormorant.jpg

Charles Darwint az HMS Beagle-n tett földkörüli útja során lenyűgözte a Galapagos szigetek különös élővilága. És bár ma elsősorban a pintyek jutnak az emberek eszébe, ha a Darwin egykori látogatásáról beszélünk, nem ezek a kis madarak az egyetlen lakói a szigeteknek, amelyek figyelemreméltó adaptációt mutatnak.

A galapagosi kormoránokat (Phalacrocorax harrisi) az különbözteti meg dél amerikai rokonaiktól, hogy röpképtelenek, ugyanis szárnyaik túl rövidek (csökevényesek) ahhoz, hogy a madarakat a levegőbe emeljék. Egy a bioRxiv-ra felkerült cikkben annak jártak utána, hogy a nagyon jellegzetes fenotípusos változás, milyen genetikai okokra vezethető vissza. 

Konkrétabban olyan fehérjéket kerestek, amelyekben megjelenő mutációk azok működését gyengítik (ezt empirikusan nem tudták letesztelni, de ma már elég jó predikciós programok vannak – pl. PROVEAN – amivel a konzervált részekben bekövetkező változások hastását lehet megsaccolni). Ehhez a galapagosi kormoránnak és három rokonának is meghatározták, majd összehasonlították a szekvenciáját, majd azokban az esetekben, ahol jellegeztes különbségek adódtak a fehérjekódoló régiókban, elvégezték az említett vizsgálatot. Az így kapott géneket ezután csoportosították aszerint, hogy milyen jelátviteli útvonalhoz, illetve sejtfunkcióhoz kapcsolhatók.  

Az eredményekből kiemelkedett a csillóképzés, illetve a csilllókhoz kapcsolható Hedgehog (Hh) jelátviteli útvonal – messze a legtöbb megváltozott (mondjuk így, funkciógyengült) fehérje ezekhez volt kapcsolható. Ami azért is érdekes volt, mert a Hh jelátvitelnek legendásan fontos szerepe van a végtagok kialakításában is (meg még tucatnyi egyéb folyamatban), de ezen kívül pont azok a fehérjék, amelyek a kormoránban megváltoztak, onnan is ismertek, hogy mutációjuk számos csilló-eredetű emberi betegség, ún. ciliopátia oka lehet (lásd alább).

cormoran_human_disease_model.png

Ezek mellett, még egy nagyon konzervált transzkripciós faktor, a porcképződésben fontos CUX1 kódoló génje egy olyan mutációt hordoz, ami miatt csak a fehérje töredéke jön létre, és az ami így marad belőle sokkal kevésbé képes a célgének aktivációját befolyásolni – márpedig a célgének ismét csak a csillófehérjék kódoló régiói.

Mi következik mindebből? Egyrészt, hogy a galapagosi kormorán csonka szárnyai azért alakultak ki, mert végtagképződésben és a csontok megnyúlása során fontos Hh-jelátvitel nem működött megfelelően. A másik érdekesség viszont az, hogy ez a jelátvitel még számos egyéb fejlődési folyamatban is fontos szerepet játszik, és egyelőre úgy tűnik, hogy ezekben az folyamatokban valahogy az alig-alig működő Hh-jelátvitel is elegendőnek bizonyul a kormorán esetében. Hogy miért, az nem teljesen világos, és sajnos a cikkben sem nagyon tárgyalják. Pedig ezt megérteni azért is fontos lenne, mert ha megtudjuk, miként kompenzálódik az alacsony Hh szint, az akár új terápiák kifejlesztésének is megágyazhat.    

cormoran_cilia_model.png

xx

(A fedőkép Robert Bush oldaláról származik.)


Burga A, Wang W, Wolf PC, Ramez AM, Verdugo C, et al. (2016) Loss of flight in the Galapagos cormorant mirrors human skeletal ciliopathies. bioRxiv doi: http://dx.doi.org/10.1101/061432

Tengerek mélyén támad a ragályos rák

softclam.jpg

Mi lenne, ha a rák ragályos lenne? Sokakban merülhet fel ez a kérdés, de szerencsére alaptalanul, ahogy azt egy korábbi posztunkban már kifejtettük: emberben tulajdonképpen nem ismerünk ilyen daganatos betegséget.

De ez persze nem jelenti azt, hogy ilyen nem is létezik, és mint ugyanabban a posztban rámutattunk, legalább három esetről tudunk, amelyek közül kettő emlőst (kutyákat, illetve tasmán ördögöt) érint, egy pedig egy tengeri kagyló fajt.

Most azonban kiderült, hogy a tengeri puhatestűek között sokkal gyakoribb lehet ez az invazív, egyedek közti áttét képzésre is képes betegség, mint azt eddig gondoltuk. A Nature egyik újabb cikke további három tengeri fajt (Mytilus trossulus, Cerastoderma edule, Polititapes aureus) ír le, ahol a puhatestűekre jellemző fehérvérűség egy fajtája így terjed. (Magyarán a metasztatizáló sejtek a beteg egyedekben bizonyíthatóan egy másik egyedből származnak, és nem a saját testi sejtjeikben felhalmozódó mutációk okozzák a betegséget.)

Egy kattintás ide a folytatáshoz….

És ti mit gondoltok a genomszerkesztésről?

crispr_cover_broad_inst.jpg

A blog egyik központi témája a génmódosítás és GMO-kérdés körüli viták, erre tettünk még rá egy lapáttal az utóbbi évben az újgenerációs genomszerkesztési technikákról szóló posztjainkkal. Mivel kevés olyan technológiát ismerünk, ami potenciálisan teljesen felforgathatja a jövőben mindazt, amit a mezőgazdaságról, természetvédelemről, vagy akárcsak magunkról, emberekről gondolunk, mindez eligha volt indokolatlan.

Most azonban, kedves alkalmi, illetve rendszeres olvasóink, rajtatok lenne a sor, hogy elmondjátok ti mit gondoltok a kérdésről. Szeretnénk, ha minél többen kitöltenétek az alábbi kérdőívet (ha nem működne a beillesztett verzió, itt találjátok), és ezzel segítenétek nekünk felmérni, hogy miképp is viszonyul a magyar közvélemény ezekhez a kérdésekhez. Segítségeteket előre is köszönjük!

Egy kattintás ide a folytatáshoz….