A galapagosi kormorán, mint evolúciós betegségmodell

robert-buhs_galapagos_cormorant.jpg

Charles Darwint az HMS Beagle-n tett földkörüli útja során lenyűgözte a Galapagos szigetek különös élővilága. És bár ma elsősorban a pintyek jutnak az emberek eszébe, ha a Darwin egykori látogatásáról beszélünk, nem ezek a kis madarak az egyetlen lakói a szigeteknek, amelyek figyelemreméltó adaptációt mutatnak.

A galapagosi kormoránokat (Phalacrocorax harrisi) az különbözteti meg dél amerikai rokonaiktól, hogy röpképtelenek, ugyanis szárnyaik túl rövidek (csökevényesek) ahhoz, hogy a madarakat a levegőbe emeljék. Egy a bioRxiv-ra felkerült cikkben annak jártak utána, hogy a nagyon jellegzetes fenotípusos változás, milyen genetikai okokra vezethető vissza. 

Konkrétabban olyan fehérjéket kerestek, amelyekben megjelenő mutációk azok működését gyengítik (ezt empirikusan nem tudták letesztelni, de ma már elég jó predikciós programok vannak – pl. PROVEAN – amivel a konzervált részekben bekövetkező változások hastását lehet megsaccolni). Ehhez a galapagosi kormoránnak és három rokonának is meghatározták, majd összehasonlították a szekvenciáját, majd azokban az esetekben, ahol jellegeztes különbségek adódtak a fehérjekódoló régiókban, elvégezték az említett vizsgálatot. Az így kapott géneket ezután csoportosították aszerint, hogy milyen jelátviteli útvonalhoz, illetve sejtfunkcióhoz kapcsolhatók.  

Az eredményekből kiemelkedett a csillóképzés, illetve a csilllókhoz kapcsolható Hedgehog (Hh) jelátviteli útvonal – messze a legtöbb megváltozott (mondjuk így, funkciógyengült) fehérje ezekhez volt kapcsolható. Ami azért is érdekes volt, mert a Hh jelátvitelnek legendásan fontos szerepe van a végtagok kialakításában is (meg még tucatnyi egyéb folyamatban), de ezen kívül pont azok a fehérjék, amelyek a kormoránban megváltoztak, onnan is ismertek, hogy mutációjuk számos csilló-eredetű emberi betegség, ún. ciliopátia oka lehet (lásd alább).

cormoran_human_disease_model.png

Ezek mellett, még egy nagyon konzervált transzkripciós faktor, a porcképződésben fontos CUX1 kódoló génje egy olyan mutációt hordoz, ami miatt csak a fehérje töredéke jön létre, és az ami így marad belőle sokkal kevésbé képes a célgének aktivációját befolyásolni – márpedig a célgének ismét csak a csillófehérjék kódoló régiói.

Mi következik mindebből? Egyrészt, hogy a galapagosi kormorán csonka szárnyai azért alakultak ki, mert végtagképződésben és a csontok megnyúlása során fontos Hh-jelátvitel nem működött megfelelően. A másik érdekesség viszont az, hogy ez a jelátvitel még számos egyéb fejlődési folyamatban is fontos szerepet játszik, és egyelőre úgy tűnik, hogy ezekben az folyamatokban valahogy az alig-alig működő Hh-jelátvitel is elegendőnek bizonyul a kormorán esetében. Hogy miért, az nem teljesen világos, és sajnos a cikkben sem nagyon tárgyalják. Pedig ezt megérteni azért is fontos lenne, mert ha megtudjuk, miként kompenzálódik az alacsony Hh szint, az akár új terápiák kifejlesztésének is megágyazhat.    

cormoran_cilia_model.png

xx

(A fedőkép Robert Bush oldaláról származik.)


Burga A, Wang W, Wolf PC, Ramez AM, Verdugo C, et al. (2016) Loss of flight in the Galapagos cormorant mirrors human skeletal ciliopathies. bioRxiv doi: http://dx.doi.org/10.1101/061432

Tengerek mélyén támad a ragályos rák

softclam.jpg

Mi lenne, ha a rák ragályos lenne? Sokakban merülhet fel ez a kérdés, de szerencsére alaptalanul, ahogy azt egy korábbi posztunkban már kifejtettük: emberben tulajdonképpen nem ismerünk ilyen daganatos betegséget.

De ez persze nem jelenti azt, hogy ilyen nem is létezik, és mint ugyanabban a posztban rámutattunk, legalább három esetről tudunk, amelyek közül kettő emlőst (kutyákat, illetve tasmán ördögöt) érint, egy pedig egy tengeri kagyló fajt.

Most azonban kiderült, hogy a tengeri puhatestűek között sokkal gyakoribb lehet ez az invazív, egyedek közti áttét képzésre is képes betegség, mint azt eddig gondoltuk. A Nature egyik újabb cikke további három tengeri fajt (Mytilus trossulus, Cerastoderma edule, Polititapes aureus) ír le, ahol a puhatestűekre jellemző fehérvérűség egy fajtája így terjed. (Magyarán a metasztatizáló sejtek a beteg egyedekben bizonyíthatóan egy másik egyedből származnak, és nem a saját testi sejtjeikben felhalmozódó mutációk okozzák a betegséget.)

Egy kattintás ide a folytatáshoz….

Gasztronauták

in-focus-scott-kellys-year-in-space.jpgKinek mi jut eszébe az űrhajós ételekről? Nekem elsőre az, hogy természetesen tubusból szipkázzák ki a különböző izű tápláló zseléket. Pedig a tubusos űrkoszt már jócskán a múlté, manapság a liofilizált készétel divik (úgy a hatvanas évek óta). Az elkészült sült illetve főtt ételeket fagyasztva száritják, és adagonként műanyag tasakokban tárolják. Ezeket az ételeket nem kell hűteni, viszonylag sokáig elállnak, és elég csak egy kis vizet önteni a zacskóba, hogy elkészüljön a vacsora. De friss zöldséghez nem nagyon jutnak az űrhajósok, az biztos. Akkor mi az ott Scott Kelly kezében?  Az kérem szépen a nemzetközi űrállomáson termesztett saláta.

Igen, ehető növényeket termesztenek az űrállomáson. A NASA és az ESA hidegháborút idéző versenyt folytat egymással e téren. Mig a NASA salátája már kézzel fogható (és ehető), az ESA mer nagyot álmodni. Az ESA  MELiSSA (Micro-Ecological Life Support System Alternative) projektje a mentőexpedició (The Martian) cimű Ridley Scott film tematikáját idézi: hosszabb távú űrexpediciókat (Hold- illetve Mars-projekt) szeretnének megkönnyiteni illetve egyáltalán lehetővé tenni azzal, hogy különféle növényeket termesztenek az űrállomásokon és az űrhajókon étkezési és egyéb (potenciálisan oxigén-nyerési) céllal.

Hogy erre miért is van igény? Egyrészt az űrhajón magukkal vihető készletek (ételek, viz, oxigén) végesek, a liofizált ételek eltarthatósága is véges, valamint az űrhajósok bélflórájának sem tesz jót az űrutazás illetve az űrkoszt. A mikroorganizmusok, illetve még speciálisabban a bél mikrobiótájának űrutazások alatt történő változása régóta foglalkoztatja az űrutazást kutatókat. Az Apollo 14 és 15 Hold-expediciójának 6 tagjának utazás előtti illetve utáni mikrobiológiai vizsgálata alapján az űrutazás 3 hete során a bőrről, torokból illetve ürülékből izolált mikroorganizmusok sokfélesége a felére csökkent. A legújabb, mikrobiómra kiterjedő vizsgálatok szerint az űrutazás alatt az űrhajósok belében a baktériumközösség összetétele is megváltozik. Ugyanezt a változást tapasztalták azokon a vizsgált egyéneken, akiket földi körülmények között izolálva tartottak ugyanennyi ideig, és ugyanolyan liofizált űrételt fogyasztottak, mint az asztronauták. Ez azért potenciális veszélyforrás, mert mig a beredezéseket lehet sterilizálni, addig az asztronauták baktériumait nem lehet, de nem is célszerű kiirtani. Viszont ha az ártalmatlan baktériumok mennyisége és sokfélesége lecsökken, nagyobb esélyt kapnak a patogén baktériumok a térnyerésre, és egy űrbeli bélrendszeri fertőzést igencsak jó lenne elkerülni, mondjuk növényi rostokkal, mint prebiotikumokkal. És ha már a bélrendszernél tartunk, az emésztés és kiválasztás során képződő végterméket is jó lenne lebontani és újrahasznositani, főleg, ha földön túli kolóniákról álmodoznak egyesek.

melissa_lake_node_full_image_2.jpg

A MELiSSA projekt résztvevői már a munka legelején megállapodtak abban, hogy csak olyan rendszert hajlandóak elfogadni végeredményképpen, amelyik a (növényi és emberi) végtermékeket 100%-ig újrahasznositja, akárcsak egy jól működő tavi ökoszisztéma. A CRLSS (closed regenerative life support systems) névre hallgató rendszer terve a következően néz ki: az űrhajó különboző kamrái a tavi ökoszisztéma különbőző fázisainak felelnek majd meg. A növényi hulladékok és az emberi végtermékek az első külön helységben alkótóelemeikre lebontódnak (különböző anaerob erjesztők végzik a lebontást ásványi anyagokig, zsirsavakig, ammóniumionig és szén-dioxidig). A következő kamrában, a fotoheterotróf helységben a Rhodospirillium rhubrum baktérium segitségével a zsirsavak kerülnek további lebontásra. Innen “az anyag” a nitrifikációs kamrába kerül, ahol a növények számára felvehető állapotú nitrogén-vegyületeket, nitrátokat állitjanak elő ammóniából a nitrogénfixáló Nitrosomonas és Nitrobacter baktrériumok. Az utolsó kamrában, a fotoautotróf kompartmentben történik majd a klasszikus növénytermesztés: a nitrogénben gazdag tápanyagot étkezési célra felhasználható növények és oxigén-termelő kékalgák termesztésére használják majd.

melissa_loop_diagram_node_full_image_2.png

Az űrbéli növénytermesztés ötlete már igencsak korán megfogalmazódott a kutatókban. Először 1960-ban, a Szputnyik 4-gyel vittek fel az űrbe búza-, borsó- és kukoricamagokat, hogy utána megvizsgálják, ki tudnak-e csirázni. Azóta több űrkisérlet is zajlott élő növényekkel, például a Szaljut-7 űrállomáson sikeresen felneveltek lúdfüvet (Arabidopsis thaliana), ami magot is hozott. Több kisérlet is bizonyitotta, hogy a növények képesek az űrben, csökkent gravitáció mellett is növekedni és szaporodni, bár az irodalom szerint kisebb hatékonysággal. Az ok a következő: a súlytalanság hatással van a növények viz- és tápanyagszállitására és a gázcserére. A legnagyobb problémát a gyökérzóna oxigénhiánya okozza, mert ez kihat a tápanyagfelvételre is, és ventillátorral kevésbé hatékonyan orvosolható. Érdekes módon a gravitáció hiánya nem befolyásolja a növények fejlődését, alakját. Hosszútávú problémát jelenthet viszont az űrben a kozmikus sugárzás magasabb szintje, ami a növényi genom gyorsabb változását okozhatja.

Mivel a termőföld, mint termesztési közeg túlságosan nehéz, hogy nagy mennyiségben szállitani lehessen, és túlságosan komplex ahhoz, hogy szabályozni lehessen, vizkultúrás termesztési módszert választottak a projekt kutatói. Az, hogy milyen növények kerülnek majd a gasztronauták negyedik kamrájába illetve tányérjára, még vita tárgya. Minden egyes növénynek megvannak az előnyei és hátrányai. A rizs például hihetetlen vizigényű, és bár a termése nagyon tápláló, de nyersen nem fogasztható, és elkészitése idő- és eszközigényes, a rostban gazdag hulladék pedig igencsak ellenáll a lebontásnak. Mig a paradicsom nyersen fogysztható, a növény a termésén kivül nem ehető, tehát ez esetben is viszonylag sok hulladék keletkezik. A termesztést tekintve a legideálisabb növények a salátafélék: nyersen majdnem az egész növény elfogyasztható, minimális maradék képződik, cserébe viszont nem tápláló. Nem csoda, hogy a NASA pont salátát termesztett a nemzetközi űrállomáson (A NASA Veggie projektje, aminek a keretein belül a salátát termesztették, bár céljaiban megegyezik MELiSSA projekttel, nagyban eltér tőle, ugyanis egyáltalán nem foglalkozik a hulladék és az emberi végtermék hasznositásával).

A projektben olyan növények vesznek részt, amelyeknek

  • rövid az életciklusa
  • nagy a terméshozama
  • patogénekkel szemben ellenálló
  • az űrbéli körülményekhez könnyen adaptálódik
  • nagy a stressztűrő képessége
  • magas a tápanyagtartalma
  • kevés a “nem ehető” része.

Az ezeknek a feltételeknek megfelelő növények közül kisérleteznek a búza, durum búza, krumpli és a szójabab termesztésével földi, ún. “űrszimulációs” közegben, ahol folyamatosan alacsony kozmikus sugárzásnak teszik ki a növényeket és különböző módszerekkel szimulálják a mikrogravitációt, ám legutóbb két francia séfet arra kértek meg, hogy állitsanak össze egy hosszútávú Mars-menüt a következő hozzávalókból: rizs, hagyma, paradicsom, krumpli, saláta, spenót és spirulina alga.

Az ételek és a termesztendő növények kiválasztásába az iz és kedvelhetőség faktort is belevették: az űrhajósoknak ugyanis ezeket az ételeket kell sokszor egymás után enniük, tehát nem mindegy, mit is találnak ki az űrgasztrológusok. A kóstolást is speciális, zéró-gravitációt szimuláló körülmények között végzik, ugyanis súlytalanság állapotában a vérkeringés megváltozik, és a fejben, nyakban, nyelvtájékon töb nyirok és vér található, mint a földi körülmények között, igy az izérzékelés is potenciálisan más az űrben, mint a földön. Az eddig kipróbált űrételek közül a toplistát a gnocchi vezeti.

Az ételek elkészitése is kihivás pár esetben, ugyanis az űrjárművek sztenderd felszereltségébe általában egy mikrohullámú sütő tartozik, bár a nemzetközi űrállomás fedélzetén már van hűtő is. Képzeljük el, hogy mennyi mindenre lesz szüksége egy űrhajónak ahhoz, hogy a helyben termesztett búzából pizzát tudjon egy lelkes vállalkozó sütni. Az űri közönség főzöcskézése amúgy is sok egyéb érdekes kérdést vet fel: legyen-e plusz személyzet, akik az ételek termesztésével és főzésével lesznek csak megbizva, vagy az alapvetően kutatói feladatokat ellátó legénység főzzön-e. A hogyant már Sandy Magnus úgy-ahogy kipróbálta (nejon zacskóban mikrozta az olajjal összekevert hagymát), de ettől még kihivás számba mehet majd egy olyan egyszerű feladat isa súlytalanságban, mint lisztből és vizből tésztát gyúrni anélkül, hogy a szellőzőrendszer eldugulna.

                                                                                                                                                                     

Saei, Amir Ata, and Abolfazl Barzegari. “The microbiome: the forgotten organ of the astronaut’s body–probiotics beyond terrestrial limits.” Future microbiology 7.9 (2012): 1037-1046.
Mardanov, A. V., et al. “Metagenomic analysis of the dynamic changes in the gut microbiome of the participants of the mars-500 experiment, simulating long term space flight.” Acta Naturae (англоязычная версия) 5.3 (18) (2013).
Wolff, Silje A., et al. “Effects of the extraterrestrial environment on plants: Recommendations for future space experiments for the MELiSSA Higher Plant Compartment.” Life 4.2 (2014): 189-204.

 

 

És ti mit gondoltok a genomszerkesztésről?

crispr_cover_broad_inst.jpg

A blog egyik központi témája a génmódosítás és GMO-kérdés körüli viták, erre tettünk még rá egy lapáttal az utóbbi évben az újgenerációs genomszerkesztési technikákról szóló posztjainkkal. Mivel kevés olyan technológiát ismerünk, ami potenciálisan teljesen felforgathatja a jövőben mindazt, amit a mezőgazdaságról, természetvédelemről, vagy akárcsak magunkról, emberekről gondolunk, mindez eligha volt indokolatlan.

Most azonban, kedves alkalmi, illetve rendszeres olvasóink, rajtatok lenne a sor, hogy elmondjátok ti mit gondoltok a kérdésről. Szeretnénk, ha minél többen kitöltenétek az alábbi kérdőívet (ha nem működne a beillesztett verzió, itt találjátok), és ezzel segítenétek nekünk felmérni, hogy miképp is viszonyul a magyar közvélemény ezekhez a kérdésekhez. Segítségeteket előre is köszönjük!

Egy kattintás ide a folytatáshoz….