A mutációkról

(Vendégmunkásunk, SexComb újabb posztja.)

Gyakran esik szó a mutációról,
mint fogalomról, azonban valahogy az az érzésem, hogy sokaknak elég
ködös ezen változások mibenléte, így úgy gondolom, érdekes lehet
egy összefoglaló jellegű írás erről a kérdésről.

Mutációnak nevezzük a sejt
örökítőanyagának megváltozását. Ennyi. Mivel a földi élet
örökítőanyaga a DNS, így a mutációk az adott sejt DNS bázissorrendjének,
azaz szekvenciájának a megváltozását jelentik. Alapvetően három
különböző fajta mutációt különítünk el, ezek a báziscsere,
a deléció és a duplikáció. A báziscsere, más néven pontmutáció,
mint a neve is mutatja, egy nukleotid megváltozása. Teszem azt egy
ACGTGCCAGCTCTTG szakaszból egy pontmutáció során ACGTGCGAGCTCTTG
válik, azaz egy citozin guaninra változott. Deléciónak nevezzük,
amikor az eredeti nukleotidszekvenciához képest hiányoznak bázisok,
mintegy törlődnek. Például a ACGTGCCAGCTCTTG szakaszból
ACGTGAGCTCTTG lesz egy deléció nyomán. Inszerciónak nevezzük
ha az eredeti szekvenciába fölös bázisok épülnek be, például
a ACGTGCCAGCTCTTG szakaszból ACGTGAACCAGCTCTTG lesz egy
inszerció nyomán.

Megkülönböztetünk ezen
kívül kromoszóma-mutációkat, ekkor a DNS szakaszban akkora méretű
változás következik be, amely már a kromoszóma mikroszkópban látható
szerkezetét is megváltoztatja. Mivel a többsejtűek kromoszómái
tulajdonképpen egyetlen meglehetősen hosszú kettősszálú DNS molekulából
állnak, így ezek a mutációk lényegüket tekintve egyedül az érintett
DNS szakasz méretében különböznek a fentebb leírt változásoktól.

Egy kattintás ide a folytatáshoz….

Önök kérték – Fotoszintetizáló csigák

Hogy gyors ütemben fussunk át a mindenki által egyébként is ismert alapokon: szimbiózisnak nevezzük az élővilág igazán hosszú távú kapcsolatait. Ezek egyik altípusa, a mindkét fél számára egyértelműen előnyös kapcsolat, az ún. mutualizmus. Ilyesmi figyelhető meg pl. egz korallzátonyon élő bohóchal és az őt körbevevő tengeri rózsák közt: míg utóbbiak csípős természetüknél fogva távol tartják a hal ellenségeit, addig a bohóchal elkergeti a tengeri rózsára kiéhezett halakat.

A mutualizmus lehet fakultatív (vagyis alapvetően mindkét szereplőnek jó, ha együtt vannak, de ha mégsem, az még nem a világ vége), vagy obligát (min. egyik szereplő képtelen a másik nélkül meglenni – lásd zuzmók), a bohóchalashoz hasonló “laza” interakció, vagy egészen belsőséges viszony, amikor az egyik szereplő konkrétan a másikban él. Erre az ún. endoszimbiózisra jó példák a növényi gyökerekben élő nitrogén-kötő baktériumok, vagy a termeszek gyomrában élő cellulóz bontó baktériumok és eukarióta egysejtűek.

Utóbbiak közé tartozik a Mixotrichia paradoxa is, amely valószínűleg az endoszimbiózis címlapfaja kellene legyen, hiszen ő maga is számos baktérium otthonaként szolgál. Például energiaellátását nem mitokondriumok biztosítják, hanem gömbalakú baktériumok. És persze ezzel el is jutottunk az endoszimbiózis két leghíresebb példájához: az eukarióta sejtek mitokondriumához, illetve a növények és fotoszintetizáló algák kloroplasztisaihoz. Ezek (valószínűleg) bíbor nem-kén baktériumokból, ill. cianobaktériumokból eredeztethetőek, amelyek (szinte) tökéletesen “összecsiszolódtak” gazdaszervezetükkel.

Ezekben az esetekben az obligát endoszimbiózis eljutott egy olyan pontra, ahol a két szervezet annyira “egy test, egy lélekké” vált, hogy gyakorlatilag az is mindeggyé vált, hogy hol örökítődik tovább az endoszimbionta organellum DNS-e: saját genomjában, vagy a sejtmagban. Ennek megfelelően, bár pl. egy plasztis apró genomján levő összes génnek megvan a cianobaktérium-specifikus párja, visszafele ez már egyáltalán nem igaz. És nemcsak azért mert a sejt belseje olyan kiszámítható környezet, ahol néhány korábban fontos gén feleslegessé válik (így degradálódhat). Van számos olyan gén, ami nélkül ezek a kis organellumok működésképtelenek lennének: ezeket már a sejtmagban rejlő kromoszómákon találjuk. Az általuk kódolt fehérjék is a sejt citoplazmájában készülnek, és csak egy különleges transzport folyamat révén kerülnek a plasztisba.

A növények evolúciós sikeressége is bizonyítja, hogy ez a cirka egy milliárd éve működő kapcsolat mennyire hasznos. Persze, egy olyan rendszernek, ami nagy hatékonysággal képes pusztán fényből és széndioxidból energiát előállítani, mindenki örülne. Lenyúlni mégsem triviális, hiszen mint említettem, a plasztis önmagában nem életképes. Nem is ismerünk túl sok olyan esetet, hogy egy eukarióta szervezet egy másik faj plasztisát nyúlná le. Amilyen példákat mégis fellelhetünk a nagykönyvekben, azok főleg az ún. másodlagos, vagy “komplex” algák közé tartoznak (pl. Euglenid fajok), ahol az történt, hogy egy már fotoszintetizáló algát “nyelt el” egy másik egysejtű, majd a két sejtmag fuzionált, így maradtak fenn a plasztis számára nélkülözhetetlen gének is a létrejövő új fajban.

Arra azonban eddig csak egyetlen példa akadt, hogy egy többsejtű állat sikeresen tudta volna lenyúlni és saját hasznára fordítani egy alga palsztisait. A szóbanforgó állat egy Elysia chlorotica nevű tengeri csigafaj, amely fiatalkorában egy heterokont algafaj, a Vaucheria litorea telepein táplálkozik, de az elfogyasztott sejtek plasztisait nem emészti meg, hanem a folyamatosan növekvő bélcsatornájának kitüremkedéseit borító sejtekben tárolja. Már az is furcsa (és még nem tisztázott), hogy egyáltalán miként kerüli el, a plasztisok megemésztését, de a legérdekesebb a dologban, hogy a plasztisok a csiga teljes életén keresztül (durván 10 hónap) működőképesek maradnak, és energiát termelnek.

Ez a fent említettek miatt nem triviális, hiszen a műdködésükhöz számos olyan génre van elvileg szükségük, amelyek az alga sejtmagjában vannak kódolva, ez viszont elemésztődik a csiga bélrendszerében. Mint arra a npokban fény derült, a helyzet az, hogy a szóbanforgó gének a csiga sejtmagjában is megtalálhatóak! És nem csak a párhuzamos evolúció furcsa mókájaként, valamilyen hasonló gének, hanem konkrétan a Vaucheria génjei – ez a fajok közötti, ún. horizontális gén-transzfer (HGT) egyik legbizarabb példája.

Hogy ez miként történhetett meg, arról most csak homályos ötletelés folyhat. Semmiképpen nem annyira egyszerű a dolog, hogy a csiga bélsejtjei és az algasejtek, a “komplex” algák mintájára fuzionálnak, így helyben biztosítva marad a plasztis ellátása, hiszen a szóbanforgó algagének a csiga összes sejtjében fellelhetőek. Vagyis valahol valamikor, szvsz. nagy valószínűséggel egy vírus közreműködésével, egy még nem “fotoszintetizáló” Elysia faj beleiből, egy darab emésztetlen alga DNS átkerült a közeli ivarsejtekbe és integrálódott azok kromoszómáiba. Ha majd jobban megismerjük az Elyisa genom rejtelmeit, akkor remélhetőleg erre a “mikéntre” is fény derül.

(A borítókép az EOL Learning and Education Group Flickr oldaláról származik.)


Rumpho ME, Worful JM, Lee J, Kannan K, Tyler MS, Bhattacharya D, Moustafa A, Manhart JR (2008) Horizontal gene transfer of the algal nuclear gene psbO to the photosynthetic sea slug Elysia chlorotica. PNAS 105(46): 17867-17871.

Placebo

Amikor 2006 augusztusában a Corcept Therapeutics cég bejelentette, hogy Corlux nevű antidepresszánsának hatásvizsgálata során a vizsgálati személyek 30.5%-ában figyeltek meg pozitív hatást, a cég részvényei zuhanórepülésbe kezdtek. Nem mintha a 30.5% olyan kevésnek számítana, sőt. A zuhanás igazi oka a kísérleti adatsor egy másik oszlopa volt, az amelyikben a placebo-hatást mérték.

A placebo vizsgálatok alatt olyan kísérleteket értünk, amikor pl. a vizsgált személynek adott pirula valójában nem tartalmay hatóanyagot, csak azt mondják a delikvensnek, s ezt követően vizsgálják a hatást. Laikus számára ez fölöslegesnek tűnhet – hiszen "ha nem adtunk gyógyszert, akkor úgysem történik majd semmi" -, de nagyon nem az. Szervezetünk bizonyos esetekben egész fantasztikus mértékben becsapható. A Corlux esetében a placeboval kezelt, ún. "kontroll" vizsgálati alanyok 28.6%-a esetében lehetett gyógyulást észlelni – azaz a hosszú hónapok kutatómunkájával és dollármilliárdok felemésztésével kifejlesztett gyógyszer kvázi hatástalannak bizonyult.

És ezzel nem volt egyedül. Egy áprilisban megjelent felmérés szerint, a legtöbb új-generációs antidepresszáns, köztük a Prozac is, gyakorlatilag csak a legsúlyosabb esetekben képes picit többet nyújtani mint a placebo (és akkor még nem is említettük az esetleges mellékhatásokat).

Mi lehet a biológiai oka a placebo-hatásnak? Teljes válaszunk még nincs, de a rendelkezésünkre álló információk már oszlatják a ködöt. Már pusztán annak a tudata, hogy "kezelést kapunk" – függetlenül attól, hogy közben valójában esetleg csak cukrosvizet ittunk, vagy "gyógypuszit" kaptunk – , agyunk jellegzetes területeinek aktivációját okozza. Az egyik ilyen terület az ún. nucleus accumbens (NAcc), amely idegrendszerünk egyik "élvezeti központja" – számos drog itt fejti ki hatását -, általánosan a jutalomváráshoz köthető aktivitásáról nevezetes. A NAcc aktivitása pedig olyan szisztémás válaszreakciót indít el szervezetünkben, melynek eredményeként általánosan javul a közérzetünk.    

Érdekes módon placebo-hatás és placebo-hatás közt is van különbség, cukrosvíz és mímelt akupunktúra nem azonos mértékben hat. Utóbbi potensebb, mivel – feltehetőleg – látványosabb rituálé szükséges hozzá, ami mind azt érezteti a beteggel, hogy őt és problémáját nagyon komolyan veszik.  

A placebo hatékonyságának ismeretében talán meglepőnek tűnhet, hogy orvosi berkekben komoly vita tárgya, hogy etikus-e az alkalmazása. Az Amerikai Orvosi Kamara (AMA) szerint nem, helyette bíztatás és nyugtatás a megfelelő eljárás – gyakorlatban azonban az orvosok többsége továbbra is alkalmazza.

Van persze a világnak egy olyan szegmense, ahol a placeboval kapcsolatos etikai és praktikus megfontolások nem okoznak koránt sem ekkora gondot. Mára, az ún. "alternatív gyógyászat" keretén belül, sok millió dolláros iparág jött létre a placebo hatás üzleti kiaknázására. Nem azt állítom persze, hogy a jóga, vagy akupunktúra, vagy herbalizmus minden formája sarlatánság. Számos esetben valóban létező, tanulmányozható ezeknek a kúráknak a hatásmechanizmusa (nem mindig eredménnyel). Ezzel teljesen szemben áll a homeopátia hihetetlen népszerűségnek örvendő biznisze, ahol színtisztán az ezoterikus mesével nyakonöntött placebo hatást kapjuk kézhez.

S hogy a homeopaták nagy része nem teljesen cinikus pénzlenyúló, hanem maga is szentül hisz az általa hirdetettekben? Nos, a placebo természeténél fogva, ez csak erősíti a hatást.  

Homeopátia Pécsett

A Szkeptikus blogban hosszan is tárgyalják, de ez annyira hajmeresztő, hogy néhány sort azért mi is szánunk rá.

A Pécsi Tudományegyetem az orvosi kar képzésébe beépíti az ún. "alternatív gyógymódokat". S ha még csak esetleg akupunktúráról lenne szó, akkor talán nem is nagyon fognánk a fejünket, de:

"a tantervben helyet kapnak majd a homeopátia, az Ájurvéda, a tibeti
orvoslás, a biofizikai orvoslás és böjtkúra alapjait bemutató
foglalkozások is."

Igazából talán az lenne a jó kérdés, hogy ugyan a fényevést miért hagyják ki… Mindenesetre, ha ez valóban megtörténik, az alapjaiban ássa alá az összes Pécsett képzett orvos szakmai tekintélyét, arról nem is szólva, hogy milyen tudományegyetem az, ami ilyesmit enged a falai között…? 

Tragikus, hogy miközben a világ homeopata barát sarkaiban is épp ellenkező irányba mozdulnak a dolgok (pl. a brit NHS is végre kezdi belátni, hogy a homeopátia támogatása nem épp a legcélravezetőbb elköltése az egészségügyi járulékoknak), addig Magyarországon ilyen színvonalú "szakmai" érvek szerint döntenek arról, hogy mi fér bele az orvosképzésbe:

"- Mivel a betegek bíznak a természetgyógyászatban, és társadalmi
elfogadottsága is egyértelmű, azt gondolom, ma már egy európai orvostól
is elvárható, hogy tisztában legyen az alternatív gyógymódokkal –
kommentálja a lehetőséget Németh Lívia harmadéves medikus."

Hiszen teljesen mindegy hányan hisznek benne, az még nem változat a tényen, hogy a homeopátia nem működik. Jobb esetben a placebo hatást tisztelhetjük benne, rosszabban pedig a hatékony és szükséges kezelést odázzuk el, némi szemfényvesztés kedvéért.  

Szabályozás és fejlődés

Pontosabban még nem vizsgát okok miatt (ötletelni persze lehet), a paradigmaváltások szele általában nehezen éri el a tudományos ismeretterjesztést. Mással ugyanis nehezen magyarázható, hogy egy olyan korban, amikor szakmai berkekben a "szemét DNS" ("junk DNA") fogalma, max. tudománytörténeti kuriózumként kerül elő, számos cikk, előadás, stb. még mindig olyan drámaian zengi bele a világba, hogy "a tudósok megfejtették a dzsunkdéjenes titkát", mintha azon komolyan meg kellene lepődjön a publikum.

Pedig a valóság az, hogy minimum 30 éve tudjuk, hogy a genom nem fehérje kódoló részei is fontosak az élőlények fejlődése szempontjából. 1975-ben Marie-Claire King és Allan Wilson vette észre először, hogy az emberi és csimpánz genom 98%-ban azonos (persze nem voltak akkor még teljes genomok, de a rendelkezésükre álló szekvenciák alapján extrapoláltak – mint később kiderült, igencsak pontosan) és ez a kevéske különbség sem elsősorban a gének fehérje kódoló részében rejlik. Ebből született az a felismerés, ami az origóját jelentette a későbbi szemléletváltásnak: "[a két faj] makromolekulái annyira hasonlítanak, hogy szabályozó mutációk lehetnek felelősek biológiai különbségeikért."

Egy kattintás ide a folytatáshoz….

Nem értik 3. – Genetika és makroevolúció

(Vendégmunkásunk, SexComb, újra lesújt.)

Cikksorozatunk harmadik részéhez
érkezett (előzmények itt és itt), szerencsére az értelmes tervezés hívei ellátnak bőven
elemeznivalóval. A ma boncasztalra fektetett cikk itt
található, a jelöletlen idézetek ebből az írásból származnak.

Mendelt nem véletlenül tartjuk
a genetika atyjának. Az őáltala végzett kísérleteket a mai napig
tanítják az egyetemeken, éppen azért, mert tiszta kísérleti rendszert
hozott létre, adatokat gyűjtött, majd az eredményeket megfelelően
értékelte ki. Mit is csinált ez a szerzetes? Először is megfelelő
modellszervezetet keresett, amelynek végül is a borsó, azaz a
Pisum sativum
bizonyult. A borsó ugyanis képes önmegtermékenyítésre,
gyorsan nő, kevés helyet igényel, ráadásul, mivel termesztett növény,
rengeteg változata ismert. Mendel harminckét borsótörzsből két
év alatt választotta ki azt a néhány vonalat, amellyel kísérletezni
kezdett. Ezek után hét tulajdonságot választott ki, a további munkája
során ezek öröklődését vizsgálta.

Egy kattintás ide a folytatáshoz….

Szem evolúció, minden mennyiségben

Előre látott és kevésbé látott elfoglaltságok miatt, kicsit poszt-szegényebb időknek néz elébe a blog. De türelem, mert előbb vagy utóbb, visszatérünk a régi rendszereséghez. 🙂

Addig is, egyik kedvenc témánk, a szem evolúció kapcsán ajánlanék némi olvasnivalót minden érdeklődőnek. Az “Evolution: Education and Outreach” közelgő különszáma a szem-diverzitás és a látás evolúciójának lesz szentelve: a fosszilis anyagtól, a biokémiai alapokig minden főbb téma terítékre kerül.

Esik szó olyan furcsaságokról, mint a lepényhal és a nyelesszemű legyek, de a gerinces-, puhatestű-, és különböző ízeltlábú szemtípusok kialakulásáról általánosabban is.     

 

Látni és láttatni – 2.

Mint pár hete a Xiphophorus nemzettségbe tartozó halak, és a bennük levő onkogén kapcsán szóba került, a valóság néha kínál olyan eseteket, amikor a természetes szelekció és a szexuális szelekció egymással ellentétes éredekeket képviselnek.

Azonban ez egyáltalán nem törvényszerű, s gyakran a szexuális szelekció történetesen rájátszik a természetes szelekció által favorizált változásokra. Hogy erre jó példát mutassunk, elég egy másik halnemzettségre tekintenünk.

A Viktória-tóban élő bölcsőszájú halakról van szó, pontosabban azok közül is a Pundamilia fajokról. Ezek a halak a part közelében élnek, viszonylag átfedő életterekben (szakszóval élve szimpatrikus fajok), és bár a fajok tipikus egyedei könnyen elkülöníthetőek, a kinézeti-szórás elég nagy, és lesznek olyan egyedek, amelyekről pusztán kinézet alapján nehéz megmondani, hogy hova is tartoznak. 

A baloldali képen a P. pundamilia és a P. nyererei “nászruhába” öltözött  tipikus hím egyedei láthatóak, felül illetve alul, valamint a kevésbé tipikus hímek (a félreértések elkerülése végett: ezek nem hibridek, hanem nagyon is az egyik, vagy a másik fajhoz tartoznak, molekuláris szinten ez azonosítható). A P. nyererei egyébként átlagosan a mélyebb vizeket kedveli, és ez adta az ötletet a kutatóknak, hogy egy kézenfekvő hipotézist teszteljenek: mivel a Viktória-tóban, a mélység növekedésével arányosan egyre csökken a lejutó fény kék komponensének a mennyisége – ez a vízben úszkáló részecskéknek köszönhető –   (vagyis relatíven a piros komponens mennyisége nő), elképzelhető, hogy a tipikusan itt élő halak esetében a fényérzékelésért felelős opszin fehérjéket kódoló gének úgy változtak, hogy a halak látásának érzékenysége eltolódott ennek a hosszabb hullámhosszú (piros) színtartománynak az irányába. Ez pedig hosszabb távon a hímek nászöltözetét is megváltoztatta, hiszen ha a nőstények jobban látják a pirosat, akkor jobban megéri ilyen színekben pompázni előttük.

Hogy az elméletet teszteljék, közel ezer hímet vizsgáltak meg a Viktória-tó néhány szigete közelében. Az eredmény elég meggyőző. Először is, különösen a fokozatosan mélyülő helyeken, jól megfigyelhető, mint adja át a helyét a fémes-kék forma, a piros színűnek, a parttól egyre távolodva. Ha elég fokozatos a mélyülés (pl. Makobe estében – a függőleges tengely a mélységet jelöli), szinte nincs is átmeneti forma, csak a két “szélső érték” fedezhető fel, jól elkülönülve . (Ezt hivatottak ábrázolni a fekete-fehér oszlopdiagrammok a második sorban.)

Ha pedig ezeknek a halaknak az opszin génjeit is górcső alá vesszük akkor azt láthatjuk, hogy a hosszú hullámhosszú fény érzékeléséért felelős ún. LWS opszin gén esetében a kék színű populációikban egy kék-színre érzékenyebb allél az elterjedtebb, míg a vörös nászruhás halak esetében a piros színre érzékenyebb allélok (lásd harmadik sor,  kördiagrammok).

A Makobe sziget melletti populációk esetében, egy másik opszin gén, a rövid hullámhossz érzékelésében szerepet játszó SWS2 is hasonlóan változott (ezt az utolsó sorban látható, kisebb kördiagrammok mutatják – egyébként a számok, azt jelölik, hogy adott gént hány egyedben szekvenálták meg): a part menti populációban kizárólag a kék színre érzéken allélja van jelen, míg a mélyebb területeken élő, egyedekben már olyan allélikus variánsok is megjelentek, amelyek a vörös színre érzékenyebbek (a fekete és szürke, az “más” allélvariánsokat jelöl – se nem tipikusan “kék-érzékeny”, se nem tipikusan “piros-érzékeny”).

Jól látható tehát, hogy a fokozatosan mélyebb vizek kolonizálásával párhuzamosan zajló speciáció egy várható (és hasznos) élettani változással járt: a szem más hullámhosszra való “hangolásával”. Ez azonban, egy olyan fajban, ahol a hímek nászöltözete kulcsfontosságú reprodukciós sikere szempontjából,    szinte “menetrendszerűen” magával hozta a hímek színének megváltozását is.     

Ha teljesen őszinték vagyunk, az eredmény azért nem sokkolóan újszerű: szűk két éve ugyanez a csoport valami nagyon hasonlót írt le két másik faj esetében – bár ott a mélység helyett a víz zavarossága volt az opszin gének és a nászmintázat evolúcióját hajtó erő.


Seehausen O, Terai Y, Magalhaes IS, Carleton KL, Mrosso HD, et al. (2008) Speciation through sensory drive in cichlid fish. Nature 455: 620-626.