Egy csipet önfényezés ;-)

Hát kéremszépen, egy élő bizonyíték arra, hogy Amerikában azért még működik, amit a közgáz könyvekben tanítanak arról a bizonyos kereslet-kínálat dologról ;-). Néhány napja PZ Myers Pharynguláján, a már itt is említett Darwin-kiállítás kapcsán született bejegyzés hozzászólásai között, néhányan felvetettük, hogy milyen jó lenne ha Darwin evolúciós fájával illusztrált pólókat lehetne kapni. És tessék, az óhaj és sóhaj nem hiába szállt ;-), egy YellowIbis nevű társaság gyorsan lecsapott a felkínálkozó lehetőségre és elkészítette a designt.

X-aktánk

Minden szexuális úton szaporodó faj számára értelemszerűen igencsak fontos, hogy a szaporodáshoz szükséges mindkét nem képviseltesse magát egy-egy populációban. Ergo nem elhanyagolható kérdés, hogy a szex-determináció (azaz a nem-meghatározás) hogyan működik az adott fajban, mert ha gallyra megy, akkor a populáció rövid úton múlt időben találja magát. Érdekes módon e téren (kis túlzással) ahány ház annyi szokás, mert az állatvilágban rendkívül sok fajta megoldás született a nemek meghatározására. A számunkra jól ismert Y kromoszóma alapú (vagyis az Y kromoszóma jelenléte mindig hím identitást okoz) csak az egyik variáció a témára, madaraknál (az emlőssel nem rokon) nemi kromoszómák épp fordítva működnek (azaz ZZ kombináció hímet, míg ZW nőstényt definiál), Drosophila esetében egyszerűen az X és Y kromoszómák aránya számít, egyes halfajoknál a nemi jellegek az élet során megváltozhatnak, sok hüllő esetében a tojásokat kikeltető homok hőmérséklete határozza meg a fejlődő embrió nemét (van is így gondjuk a klímaváltozás apropóján) és a sor még folytatható lenne.



1. Ábra: A humán X kromoszóma rövidebb karja erős homológiát mutat az 1. csirke kromoszómával (ehhez szükség van azonban a legalul szemléltetett átrendeződésre – az 1. csirke kromoszóma gyűrűvé zárul, majd egy új helyen eltörik), míg a hosszabbik kar a 4. csirke kromoszómával mutat hasonlóságot (bár számos inverzió figyelhető meg). (Ahol balról jobbra lejt a szekvenciák közötti megfeleltetés grafikonja, ott azonos irányban “fut” a szekvencia, ahol pedig jobbról balra, ott ellenkező irányba, azaz valahol egy inverzió következett be). [1]

S bár az említett példák mindegyike megér egy misét, most kivételesen a bennünket legjobban érintővel foglalkoznék, pontosabban annak a sztorinak is csak a felével, az X kromoszómával. Utóbbi nemcsak azért érdekes, mert a hím emlősök sejtjeiben egy van belőle, hanem azért is mert a női sejtekben hiába van kettő, csak az egyik működik, s hogy melyik az (jelen tudásunk szerint) egy jobbára véletlen folyamat eredménye. Az X kromoszómának tavaly márciusban lett kész a térképe [1], amely számos érdekességre derített fényt. Bár a kromoszóma csak az emberi genom kb. 4%-át tartalmazza (durván 1100 gént és számos nem kódoló RNS-t), mégis a genetikailag öröklött betegségek közel 10%-a hozható vele kapcsolatba. Ennek az az oka, hogy mivel az Y kromoszómán csak az X génjeinek szűkös töredéke található, az X-en lelhető számos génre nézve a férfiak szervezete nem diploid, vagyis a génekből csak egyetlen kópia van a sejtben (a többi kromoszómánkból egy-egy pár van, így az azokon levő minden gén 2x fordul elő). Így ha az elromlik, annak meg is lesz a hatása, hiszen még véletlenül sincs hogyan kompenzálni a hibát.
A térkép továbbá igen jól bizonyítja a nemi kromoszómák autoszómális eredetét, azaz valamikor az emlősök őseinek X és Y kromoszómája egyáltalán nem volt annyira különböző mint napjainkban, hanem éppen olyan egymással szinte identikus párost alkottak mint a maradék 22 pár kromoszóma bármelyike (és ebből kifolyólag akkoriban nem is lehetett sok közük a nemi identitás kialakításához). Azonban az idők folyamán elsőrorban az Y kromoszómán lejátszódó genomi átrendeződések hatására, a két kromoszóma egre inkább elkezdett különbözni és emiatt nagy ütemben elvesztették rekombinálódási képességüket. Az autoszómális eredetet jól szemlélteti, hogy az X kromoszóma két karja igen szépen illeszthető az 1. és 4. csirke autoszómával (nem nemi kromoszómával) (1. Ábra), valamint az is, hogy az X és az Y rövid karján még ma is felfedezhetőek olyan homológ régiók amelyek azonos géneket kódolnak. Ezeket a rövid szakaszokat “pszeudoautoszómális régióknak” nevezzük, mert értelemszerűen az itt található génekből mégiscsak kettő van, vagyis úgy viselkednek mint a nem nemi kromoszómák génjei.



2. Ábra: Az X-kromoszóma inaktiváció során a női sejtek két X kromoszómája a XIC szekvenciák mentén rövid időre “összesimul”.  (A kék folt a sejtmag, a lila paca az X kromoszómát jelöli és a zöldes-sárgás pöttyök a XIC-t.) [2]

Fentebb már utaltam röviden az X kromoszómához köthető egyik érdekes jelenségre, a női sejtekben megfigyelhető ún. X-kromoszóma inaktivációra. Ennek a véletlenszerű folyamatnak az eredményeként a két X kromoszóma egyike “kikapcsolódik”, így a hím sejtekhez hasonlóan (és a többi kromoszómától eltérően) a női sejtekben is az X kromoszómán levő génekből csak egyetlen kópia íródik át. Az inaktiváció folyamatában a kromoszóma egy speciális régiója az X-inactivation center (XIC) játszik benne kulcsszerepet, egyebek mellett itt található a Xist (X-(inactive) specific transcript) nem kódoló RNS szekvenciája. A Xist transzkriptumok az inaktiváció során a kromoszómát szabályosan beborítják, így mintegy fizikailag is lehetetlenné téve, hogy róla gének íródjanak át. De a legfrissebb jelek szerint a XIC szerepe nem merül ki ennyiben. Szinte teljesen egyszerre két külön csoport is arra a felismerésre jutott, hogy az inaktiváció során, a sejtben lelhető két X kromoszóma egymás mellé igazodik (2. Ábra), és valahogy ezen folyamat során játszák le, hogy melyikük működik tovább és melyikük vonja ki magát a forgalomból [2,3]. A jelenség igen érdekes és valószínűleg közelebb visz ahhoz, hogy megértsük az inaktiváció eleddig kicsit misztikus mechanizmusát.
És legvégül, hogy teljes legyen a kép, még egy érdekes adat: közelebbi vizsgálatok szerint mint számos biológiai jelenségre, az inaktivációra is vannak kivételek. Az X kromoszóma génjeinek kb 15%-a nem mindig kerül inaktiválásra [4]. Logikusnak tűnne, hogy a pszeudoautoszómális génekről legyen szó, de mint kiderül nemcsak ezek esnek ebbe a kategóriába. Érdekes lesz majd megérteni, hogy pontosan miért nem kapcsolódnak ki ezek a gének, és milyen hatása van a női szervezetre, hogy egyes gének transzkriptumaiból kétszer annyit hordoz sejtjeiben, mint a hímek.



[1] Ross et al. (2005) The DNA sequence of the human X chromosome. Nature 434: 3253-37.
[2] Bacher CP, Guggiari M, Brors B, Augui S, Clerc P, Avner P, Eils R, Heard E. (2006) Transient colocalization of X-inactivation centres accompanies the initiation of X inactivation. Nat Cell Biol. DOI: 10.1038/ncb1365
[3] Xu N, Tsai CL, Lee JT. (2006) Transient Homologous Chromosome Pairing Marks the Onset of X Inactivation. Science DOI: 10.1126/science.1122984
[4] Carrel L, Willard HF. (2005) X-inactivation profile reveals extensive variability in X-linked gene expression in females. Nature 434: 400-404.

Ékes bizonyíték


Az evolucionista-kreacionista párharc egyik, már-már mitikus tárgya az ún. “The Wedge” dokumentum. Ez a pár lapos iromány (az evolucionisták szerint) egyértleműen dokumentálja, hogy az ID-t propagáló Discovery Institute-nak esze ágában sincs valódi tudományos kutatást folytatni/támogatni, hanem egyszerűen az ID-n keresztül próbálja a kreacionizmust tudományos köntösbe öltöztetni. Bár a témával foglalkozók közül sokan tudják, hogy miről is szól a papíros, nem sokan vehették eddig közvetlenül szemügyre. Kérem szépen, hát íme itt van, a maga teljes valójában, a híres-hírhedt “The Wedge”, ha valakinek még lettek volna kétségei, miről is szól ez az egész vita.

I’m not fat, I’m big boned infected (?)


Baktériumok
okoztak már meglepetéseket
olyan betegségek terén ahol senki nem számított mikrobiális összetevőre, és lehet, hogy hamarosan a néhány adenovírusról is kiderülnek huncut dolgok.
Jómagam kategorikusan azok közé tartozom, akik csak idegesek lesznek amikor veszélyesen túlsúlyos emberek arra hivatkoznak, hogy “ők betegek” és azért kénytelenek szinte folyamatosan enni. Minimális önmegtartóztatás kaja ügyben és rendszeres mozgás általában pont elég ahhoz, hogy az ember normális keretek között tartsa a súlyát. Azonban, ha egy új kutatás megerősítést nyer, akkor lehet, hogy némi revidiálásra szorul a nézetem, mert az elhízásnak is lehet egy fertőzéses komponense. A Scientific American honlapja számol be egy olyan kutatásról, ahol elég meggyőző összefüggés mutatkozott bizonyos adenovírussal (Ad-36 és Ad-37) való fertőzöttség és a szervezetben felhalmozott zsír között. A kísérletben vizsgált túlsúlyos emberek általában (de nem mindig) Ad-36-al fertőzöttnek bizonyultak, ráadasául amikor fiatal csirkéket fertőztek meg a Ad-37-el, három és fél hét után a fertőzött állatok testében kétszer annyi zsír halmozódott fel, mint a nem fertőzött kortársaikban.
Namost, ha az eredmények megerősítést is nyernek, ez azért koránt sem jelenti azt, hogy nyugodtan hátradőlhetünk, mert mindegy. A vírus max. az elhízásra való hajlamot növeli, de még így is kettőn áll a vásár: a valódi elhízáshoz szükség van jópár kiadós zabálásra is….

Töpörödünk …

Ehhez nem tudok és nem is akarok semmit hozzáfűzni (a faszi tényleg komolyan gondolja).



“The fossil record shows that EVERYTHING that grew in the pre-Flood world was “bigger” — and this would include the people! Adam was the most “perfect” person ever created, so it would make sense that he was probably the largest! And then mankind deteriorated . . .”

Jim Pinkoski

Influenza-para – 4

A médiában jókora hírverést kapott tegnap egy új influenzás cikk, amely a Science elektronikus előpublikációi között jelent meg. Az MTI tudósítása (amit aztán mindenki átvett) külön is megér egy misét, de előbb lássuk csak miről is van szó.

A memphisi kutatócsoport 169 db. madárinfluenza genomot szekvenálva végig arra a felismerésre jutott, hogy az eddig különösen sok figyelmet kapott hemagglutinin (H) és neuraminidáz (N) felszíni fehérjék mellett (amelyekről a különböző infulenza törzsek a nevüket is kapják – HxNy) a maradék nyolc influenza fehérje egyike, az NS1 is kiemelten ludas lehet a vírus virulenciájának fokozásában. Ez a fehérje a sejteken belül az immunválasz fékézésével segíti a vírus terjedését, és a humán és szárnyas vírusok szekvenciája néhány jellegzetes ponton különbözik. Ezek a különbségek fontosak lehetnek a virulencia szempontjából, ugyanis az influenza letális variánsait vizsgálgatva, elég egyértelműnek tűnik, hogy az ember számára veszélyesebb törzsekben a madárinfluenzára jellemző szekvencia tűnik fel. (Bár a korreláció valós, mint arra néhányan figyelmeztetnek, ez még nem 100%-os bizonyíték. Utóbbihoz be kell bizonyítani sejtkultúrákban vagy egerekben a virulencia csökkenését, ha az adott fehérjét megváltoztatják.)

Na most, ez egy viszonylag egyszerű eredmény, de az MTI “szakértői” sajnos ezt sem voltak képesek értelmezni (sőt, nyomukban a hvg.hu, a FigyelőNet, az InfóRádió és még ki tudja ki mindenki sem…), ezért a magyar médiát az a hír járta be, hogy:

“Mint a csoport megállapította, valamennyi madárinfluenza-vírusban megtalálható a fenti gén, amely viszont hiányzik (sic!!) a szokásos szezonális influenzát okozó emberi vírusokból.”

Azaz, a hír magyar szerkesztőjének fogalma sincs a gén és az allélikus variáció fogalma között, ráadásul azt is hamisan terjesztik, hogy ez “gyilkos gén”. A pandémikus influenzához egy adott gén-kombináció kell és akkor az valóban “gyilkos” lehet. De az NS1 semmivel sem “gyilkosabb” mint a H5 vagy az N1 fehérjék. Emellett csak hab a tortán, hogy a úgy van beállítva, mintha most jöttek volna csak rá, hogy a spanyolnátha is madárinfluenza eredtű volt, közben egyáltalán nem. Szóval már megint azon kapom magam, hogy félhangosan azon töprengek, hogy az ilyen “hírszerkesztők” pontosan miért is kapják a fizetésüket … ?



Obenauer J.C., et al. (2006) Large-Scale Sequence Analysis of Avian Influenza Isolates. Science 10.1126 /science.1121586.

Referencia-menedzserek

ha
az ember cikket ír, akkor hivatkoznia is kell, ugyebár, merthogy sok
okosságot nem a saját kútfejéből merít, hanem olvas az istenadta,
információt gyűjt, azok alapján pattan ki fejéből az isteni szikra, a
tudományos pallaszaténé, és hát ezekre az ötletadó cikkekre hivatkozni
kell, mindamellett egyidejűleg ezzel a cikket az adott tudományos
nichbe is behelyezzük.
namármost
ha az ember hivatkozik, akkor persze a legegyszerűbb megkérni az ember
péhádé-hallgatóját, hogy csinálja meg a referencia-listát, merthát ez
egy elég pepecs része a cikkírásnak. még akkor is, ha az embernek van
mindenféle referencialista- illetve irodalomjegyzék-kezelő programja,
ami a szövegszerkesztőhöz feltelepíthető, és isteien megkönnyíti az
ember életét.
merthogy
alapesetben az ember írja a cikket, és ha egy info nem tőle származik,
akkor odarak zárójelben egy számot, aztán a cikk végén pedig a számokat
felsorjázza, és felsorolja a cikkeket. vagy szám helyett a szerzőt és a
megjelenés évét. ez újságtól függ. bocsánat, tudományos folyóirattól.
merthogy ezeknek megvan a saját stílusuk, mindegyiknek más. például
alapvetően más a cikkre való hivatkozás formája. Valahol a szerzők
nevén, a folyóirat címét, évfolyamát, számát, az oldalszámot kell
feltűntetni, valahol még a cikk címét is, és persze a betűstílus,
formátum, központozás is szépen variál újságról újságra. és ha az ember
elküldi egyhez, aztán azok visszaküldik, és beküldi egy másikhoz,
írhatja át az egész irodalomjegyzéket (jóesetben csak azt).
ám ezek a csodaprogramok
lehetővé teszik azt, hogy az ember cikkírás közben online megkeresse az
adott cikkeket, kigyűjtse őket egy külön irodalomjegyzékbe, írás közben
beszúrja az idézetet, a referencialistát az adott folyóirat formátumára
egy kattintással átalakítsa. egy probláma van csak velük: az áruk. egy
ilyen program most téli árleszállításkor 224 eurót kóstál adóval,
mindennel. persze akadémiai intézmények és diákok kaphatnak rá
kezvezményt, nade ez mégsem az a szofver, ami nélkül nem megy az ember
gépe, és ehhez képest…

Hülye angolok, angol hülyék (?)

Eggyel több ok
az elgondolkodásra azoknak, akik szerint a kreacionizmus széleskörű
elfogadottsága speciális amerikai “vívmány”. Egy friss BBC felmérés
szerint a brittek mindössze 48%-a hisz az evolúcióban, 39% pedig kreacionista/ID
hívő (a maradék nem tudja). Öröm az ürömben, hogy elsősorban az 55 év
felettiek választották az evolúciót a kérdőíven (bár ezzel kapcsolatban
volt egy kis kavarodás a BBCNews honlapján is), de ha Darwin,
Attenborough, Dawkins és a BBC hazájában ez van, igen borúlátó vagyok,
hogy mi lehet például Magyarországon…. 🙁

Füstbe ment füst


És ha már aktuális Economist: egy másik rövid hírecske
a dohányosok érdeklődésére tarthat számot. A nikotin addiktív hatásáról
már szinte mindent elmondtak amit lehet, de azt még nem értjük
pontosan, hogy miért van az, hogy egyes dohányosok néhány szál cigivel
megelégszenek egy nap, még mások egy-két dobozig meg sem állnak. Nos,
egy japán csoport szerint a válasz egy CYP2A6 nevű enzimben rejlik. A
szóbanforgó fehérje egyfajta citokróm, amely az amúgy nemcsak addiktív,
de mérgező nitokin detoxifikálásában játszik szerepet, azt egy
ártalmatlan vegyületté, kotininné alakítva. (Utóbbi aztán gond nélkül
kiürül a szervezetből.) Természetesen minnél hamarabb lebomlik
a bevitt nikotin, a hozzászokott szervezet annál hamarabb kíván egy
újabb adaggal és a delikvens máris enerváltan tapogatja a zsebeit. Így
aztán nem is (annyira) meglepő, hogy a kutatás eredménye szerint azok a
dohányosok akik génjeikben a CYP2A6 allélikus változatai közül az
aktívabbat (és egyben legelterjedtebbet) hordozzák sokkal gyakrabban
gyújtanak rá, mint a kevésbé aktív variánsokat hordozók. A természet
groteszk fintora, hogy az addikció révén a nikotinnal könnyebben
megbírkózó emberek mérgezik vele jobban magukat.