És akkor még egy gyors, archaikus genomi DNS-el megtűzdelt sztori ma estére. Az Elefántfélék családfájának pontos rekonstrukciójához, a korábbi mitokondriális DNS vizsgálatok után most megszekvenálták az ázsiai elefánt, két afrikai elefántpopuláció (szavannai és erdei), valamint egy mamut és egy masztodon teljes genomját.
Ez esetben a korábbi törzsfákat nem a kihalt fajok genomi különlegességei miatt kell átírni, hanem mert a jelek szerint a két afrikai elefánt “populáció” igazából két külön faj: annyira különböznek egymástól, mint a ma már kihalt mamut és legközelebbi élő rokona, az ázsiai elefánt. Mivel azonban ma már ez a két faj gyakran szaporodik egymással (újabb bizonyítékaként a faj-definíció nehézségeinek), az a legvalószínűbb, hogy viszonylag sokáig, ma már nehezen rekonstruálható okból, földrajzilag elkülönülve éltek egymástól, és csak a relatív közelmúlt (már amennyire kb félmillió év még nevezhető így) hozta az élettereik átfedését és az (újra)keveredés esélyét el.
(Az ábrán az Nx, az az x faj effektív populáció méretét saccolja (ezer egyedben), a Txy pedig az x és y közti szétválás idejét (millió évben).)
Rohland N, Reich D, Mallick S, Meyer M, Green RE, et al. (2010) Genomic DNA Sequences from Mastodon and Woolly Mammoth Reveal Deep Speciation of Forest and Savanna Elephants. PLoS Biol 8(12): e1000564. doi:10.1371/journal.pbio.1000564
Tényleg át kell írni a törzsfákat?
Szerintem a három elefántfaj léte nem újdonság.
(Érdemes lenne megnézni pl. a wikipedia szócikkek szerkesztési idejét – emlékeim szerint már évekkel ezelőtt külön kezelték a két afrikai populációt/fajt.)
Érdekesség: van egy 1973-as állatos képeskönyvem. (Vagyis nem szakirodalom, “leszűrt” tudást tartalmaz.) Ott is három elefántfaj szerepel, a fenti három.
Mivel eleve se lehetett volna szó “törzsfáról” hanem “törzsbokorról”, már késő! Annak idején, akkori felfogás alapján ez a hasonlat eléggé plasztikusnak tűnt. Ma már kevésbé.
Hiszen tulajdonképpen a fa koronája is olyan mint egy bokor!-:)))A száraz ágak , hajtások a kihalt taxonok.
a DNS kinyerés technológiája mennyire fejlődik? Kb. mennyi idős leletből lehet még “teljes” genomot kinyerni (gondolom a töredékeket szekvenálják és utólag rakják ki a mozaikot)?
egyébként kettőt pislog az ember, és máris három cikk előbukkan a semmiből!
Csak őslénytani szempontból – a genetikaira genetikus adhat választ – addig lehet kinyerni ép DNS-t , amig a fosszzilizálódásnál nem történik meg az ioncsere! Ekkor a fossziliát körülvevő anyagból ásványi sók -oldatban – itatják át a szerves anyagokat és azokat szervetlenekkel helyettesitik. Megmarad a külalak és a szerkezet, de eltünnek a szerves összetevők. Ergo elkövesedik a fosszilia. Lásd elkovásodott fatörzseket. DE hasonló a helyzet a csontokkal , sőt a lágy szervekkel is. Így találtak már elkövesedett dinoszaurusz szívet, agyat is. Tudtommal, 150-200.000 évnél idősebb fosziliából nem tudtak még kivonni ép DNS molekulát. Ezért is problematikus a “genetikai óra”, mivel csak visszaszámitással működhet, de nem lehet ellenőrizni. Legfeljebb azoknál a fajoknál ahol a fajváltás az utóbbi 150.000 évben történt meg és így mind az ősibb , mind a mostani fajt genetikai szempontból is össze lehet hasonlítani. DE ebben az esetben is csak két láncszem ismert, mig a genetikai taxonómia törzsfákat állit fel (Ld. Sibley&Alquist, Sibley&Moonroe, stb), olyan taxonokat is besorolva, amelyektől nincs értékelhető DNS, rokonsági állapotokat határozva meg, csupán a recens fajok alapján!
Primavis: ez vicces, a törzsbokros kommented kapcscán pont azért nyitottam meg az oldalt, hogy megkérdezzem, mi a véleményed a Sibley-Alquistról.
De azért megkérdezem: mi a véleményed a használhatóságáról, mint madártörzsbokor, illetve milyen cikket, könyvet ajánlanál a témában?
Komavary. tény ami tény, a paleoornitológusok eléggé nagy része elfogadja a DNS szekvencia hibridizáción alapuló S-A rendszert. Többen a nevesebbek közül (pl. Alan Feduccia) viszont komoly kritikákkal illetik. Ezeket teljes mértékben jómagam is aláírom. Bár a morfológusokat sokat birálják azért mert a rokonsági viszonyokat anatómiai hasonlóságokra alapozzák, a genetikai taxonómia sem tesz egyebet, hiszen a genom részletek hasonlóságait veszi figyelembe. Csak a morfológia esetében ott egy jelentős segitség, mivel el lehet különiteni az analóg jellegeket a homológoktól. Ezt a fosszilizálódott vázrendszer vagy részei alapján kimutatható. Ergo egy fosszilia sorozaton keresztül követhető, hogy egy jellegből hogy lesznek eltérő típusok, illetve azt is ha a hasonló életmód esetén különböző típusú jellegekből, hogyan alakul ki valami hasonló. De ezt nem fogjuk összetéveszteni rokoni viszonnyal. A ma élő madárrendek ősi képviselői már minimum 40-50 millió éve jelen vannak az élővilágban. Az akkori típusok igencsak hasonlitanak a maiakra. Kialakulásuk tehát még jóval korábban meg kellett történjen. Ezt a mai fajok genomjának alapján levezetni eléggé kockázatos és főleg bizonytalan vállalkozásnak tűnik. Nem véletlen, hogy az eredeti változatot a kritikák hatására már párszor átírták s ennek eredményeként egyre közelebb kerül a morfológiai jellegeken alapuló rendszerhez.Ugyanúgy kénytelen különválasztani a Rattitae (Melltarajnélküliek= futómadarak) alosztályát a Carinatae-któl,de felállitva egy közös rendet (Struccalkatuak) számukra, nem nagyon tudja hova helyezni a pingvineket, stb. A legnagyobb zsibvásár a Gólyalakatuak (Ciconiiformes) esetében van, ahova számos igencsak eltérő jellegű rendet gyömöszöltök egybe, a viharmadarak, gödény-,buvár-,vöcsök-, lillealkatuak még elmennek úgy ahogy, de a sólyomalkatuak már nehezen, ahogy a pusztai tyúkok (Pteroclidae) sem. Más furcsaság még a baglyoknak és a lappantyúknak a rokonitása, valamint a búbos tyúkoknak (Opisthocomidae) a kakukkfélékhez való besorolása. Tehát nincs óriási eltérés.
A problémát az okozza, hogy a fossziliákat CSAK morfológiai kritériumok alapján lehet hasonlitgatni (a határozás alapja!) és nem lehet kimutatni köztük az esetleges genetikai eltéréseket. Az új foszilis taxonokat meg a régebbről ismert mellé/közé kell besorolni. Ha ezeket szétrobbantjuk,áthelyezgetjük akkor káosz keletkezik a rendszerben (ld. Jiri Mlikovsky, 2002 kisérletét, amikor a palearktikum fosszilis madárvilágára alkalmazza a S&A rendszertant!). Mivel a rendszertan, a taxonómia amúgy is csak arra szolgál, hogy eligazodjunk az élővilágban s mivel fossziliákból ép genomot nemigen lehet nyerni, feleslegesnek tartom egy ellenőrizhetetlen hipotézis ( az én felfogásomban az lenne a bizonyiték, ha pl. olyan fosszilia kerülne elő amelynek a genomjából egyértelműen ki lehetne mutatni, hogy pl. a gólyafélék és a sólyomfélék közös ősétől származik. De mivel ilyen sohasem lesz lehetséges….) alapján felállitott rendszerrel lecserélni azt ami eddig jól bevált.
Ui. azt a vicces részt már nem is kivánom kommentálni, amikor nagyobb egységeket választ külön a S&A, majd a S&Monroe fajlista (http://en.wikipedia.org/wiki/Sibley-Ahlquist_taxonomy_of_birds), ilyen pl. a Passerae csoport, ahova rengeteg különböző típus van berakva.