Test, alkat – 1.

Az ehavi Nature Reviews Genetics melléklete az állatok tetszerveződésével kapcsolatos alapkérdéseket taglalja (leginkább evolúciós szempontból). Ezek tipikusan olyan kérdések, amely nagyon sok biológus oldalát furdalják, de nehéz kutatásukra pénzt szerezni, mert szinte lehetetlen komolyan megindokolni, hogy a puszta ismereten kívül milyen gyakorlati haszna lehet az így megszerzett tudásnak. Az sem fokozza az ilyenirányú kutatások támogatását, hogy gyakran obskurus, primitív állatok vizsgálatáról van szó, amelyek nem igen jönnek szóba mint bármilyen emberi betegség modellállata.
Na jó, akkor ennyi rinyálás után lássuk a medvét. A cikksorozat utolsó darabja Mark Martindale tollából származik és a többsejtűek tengelyeinek kialakulásával ill. az ezzel kapcsolatos tulajdonságok megjelenésével foglalkozik (“The evolution of Metazoan axial properties”). Amiért különösen érdekes, az nem is az, hogy egy remek összefoglalót ad azokról a tulajdonságokról, amelyek a legkülönbözőbb állatokban közösek, hanem hogy világosan megfogalmazza azokat a nagy kérdéseket amelyeket még nem értünk teljesen vagy egyáltalán.
Jöjjön előbb a már említett közös tulajdonságok közül a két talán legfontosabb, amelyek a hidráktól a gerincesekig sokfajta fajban megfigyelhetők, ezért feltehetően a többsejtűek (metazoák) közös ősében jelen voltak:

  1. – durva általánosításban a megtermékenyített petesejt animális pólusa felel meg az organizmus leendő elülső (anterior) végének, míg a vegetális pólus a leendő hátsó (poszterior) véggel azonosítható;
  2. – a beta-catenin nevű fehérje sejtmagban való lokalizációja, számos gén expressziója (pl. brachyury, forkhead, gata) és a gasztruláció (az a folyamat, amelynek során az addig kvázi labda alakú embrióból egy kétrétegű “sapka” lesz, az embrió egyik részének az elsődleges testüregbe való betűrődésével – közben létrejön a másodlagos testüreg és később a csíralemezek) helye között szoros összefüggés van, annak ellenére, hogy az animális-vegetális tengelyen igencsak különbözik a gasztruláció helye újszájúakban és ősszájúakban.

És akkor lássuk a kérdéseket is (pontosabban csak néhányat, mert elég sok van):

  1. – létezett-e olyan élőlény amelyik az egyszerű blasztula állapotot “testesítette” meg? (Míg a ma ismert legegyszerűbb többsejtű, a Placozoa csoportba tartozó Trichoplax adherens egy többsejtrétegű lapos lemez, amely feltehetően a blastula előtti állapotot tükrözi, az egyszerűségi sorrend következő helyezettjének, a szivacsoknak a lárvái ugyan blastula alkatúak, de a felnőtt egyedek ezekből átalakulással jönnek létre. A kettő közötti átmenetre vonatkozik a kérdés.)
  2. – az anterior-poszterior (AP) tengely vagy a dorso-ventrális (DV) tengely alakult ki előbb? (Ezek minden kétoldali szimmetriájú állatban fellelhetőek; a dorsális oldal a “hátnak” felel meg, míg a ventrális “hasnak” mind gerincesekben, mind rovarokban, bár egyesek szerint dorsálisként azt az oldalt kellene nevezni, amelyikhez közelebb a központi idegrendszer található – ez pedig a hasi oldal lenne a rovarokban és a háti a gerincesekben.)
  3. – mikor alakult ki a kétnyílású bélrendszer?
  4. – mennyire volt a legősibb többsejtű genomja komplex (erre már utaltam a Platynereis kapcsán)? A testalkatok komplexitásának növekedése a gének számának növekedésével, vagy “csak” szabályozásuk és kölcsönhatásaik összetettebbé válásával magyarázható?
  5. – hogyan és mikor jelentek meg az egyes csíralemezek és az új sejttípusok?
  6. – lehet-e köze az egysejtű eukarióták polaritásának a többsejtű állatok polaritásához?
  7. – melyik az ősibb csoport: az ősszájúak vagy az újszájúak? (Az elnevezés mesterséges és egy korabeli felfogást tükröz, valójában nem tudjuk, melyik testtípus jelent meg előbb.)
  8. – létezett-e valaha tökéletesen körkörös szimmetriájú többsejtű állat? (A klasszikus példának tartott csalánozók esetében rendre kiderült, hogy nem minden gén expressziója mutat körkörös szimmetriát, vagyis létezik egy rejtett kétoldaliság.)
  9. – melyek a legrégebbi gén-kölcsönhatási útvonalak?

Szóval kérdés az akad szép számmal. Szerencsére a befutottabb modell-organizmusok genom projectjei lassan lecsengenek, így van rá esély, hogy a felszabaduló szekvenálási kapacitással nekilátnak egy-egy evodevo-s szempontból érdekes élőlény DNS-ének felderítéséhez is. És abból még mókás dolgok is kiderülhetnek …


Martindale, MQ (2005) The evolution of metazoan axial properties. Nat Rev Gen 6, 917-927.

Borneói idegen

Néhány napja jelent meg a hír, hogy Borneón egy új emlősfajt
fedeztek fel. Ez természetesen önmagában is érdekes (hiszen nem
valószínű, hogy tucatnyinál lényegesen több, még mindig ismeretlen emlős
mászkálna a Föld felszínén, sőt), de több újság (és a WWF sajtóközleményének
alcíme is) is készpénzként kezelte, hogy egy új ragadozófajról van szó.
Öszintén szólva nem bírtam rájönni, hogy miért, hiszen csak néhány, nem túl
nagy felbontású kép áll rendelkezésünkre, ott is kitakarja éjszakai
ismeretlen fizimiskáját egy nagy levél. Azért a WWF közlemény szövege
már egy kicsit óvatosabban fogalmaz, és azt írja, hogy a vélemények
megoszlanak, hogy egy új lemurfajról,
vagy egy új ragadozóról van szó. Én, őszintén egyelőre az előbbit
valószínübbnek tartom (ami persze nem sokat jelent, mert nem kenyerem a
rendszertan ;-)), bár kétségteen, hogy eddig lemurokat csak
Madagaszkáron és környékén találtak.

Mú-lik?

A jó hír, hogy a jelek szerint az 1987-es, a chlorofluorocarbon (CFC)
vegyületek betiltását célzó Montreal-i Protokol lassan beérik, és
csökkenőben van az ózonlyuk. A rossz az, hogy az előrejelzéseknél 15 évvel tovább fog tartani,
kb 2065-ig amíg teljesen eltűnik. Ennek az az oka, hogy néhány CFC vegyület még ma
is használatban van, és például a Fehér Ház is a közelmúltban esett áldozatául az
amerikai agrár-lobbi nyomásának, kiharcolva, hogy az amerikai farmerek továbbra is használhassanak rovarirtóikban metil-bromidot.

Eb-adta

Alig két napja írtam “emberiség leghosszabb ideje futó és leglátványosabb eredményeket produkáló genetikai kísérletének” tartható kutyatenyésztésről (egyébként az a hosszú idő uszkve 15.000 év), és újból az ebekről kell írnom. Ez alkalommal azért mert egy olyan eszközt kaptunk a kezünkbe, amellyel még többet kihozhatunk négylábú barátainkból. Ez az eszköz nem más mint egy nagyfelbontású térképe a kutya-genomnak (egy kisebb felbontású verzió már 2003-ban kijött [1], ahhoz egy uszkár szolgáltatta az “alapanyagot”, a mostanihoz egy nőstény boxer), amit a Nature hasábjain közölt egy nemzetközi kutatócsoport [2].
Miért fontos ez? Leginkább azért mert sok kutyafaj annyira beltenyésztett, hogy ideális alanya lehet a legkülönbözőbb genetikai hátterű betegségek (narkolepszia, süketség, rák, stb.) tanulmányozásának. A genom térképpel a kezünkben pedig még könnyebben lehet a betegségek génjeit megtalálni, és pedig azért, mert (mint a cikkből kiderül) az egyes fajtákon belül az ún. haplotípus blokkok relatíve hosszúak, így viszonylag kevés genetikai marker felhasználásával is le lehetett szűkíteni a “gyanúsított” gének körét. (A haplotípus blokkok együtt szegregálódó, vagyis osztódáskor együtt öröklődő genetikai markerekre vonatkoznak. Genetikai térképezés szempontjából annál jobb, minnél hosszabbak, hiszen az együtt szegregálódás miatt egyetlen egy genetikai markerrel lehet jellemezni az adott régiót – így hosszú blokkok esetén kevesebb marker kell a teljes genom lefedéséhez. Normális (azaz nem tenyésztési) körülmények között, hosszú idő alatt, a sejtek meiotikus osztódásakor bekövetkező átkereszteződés (crossing-over) ezeket a haplotípus blokkokat feldarabolja a populációkban – pl. az összes kutyát és nem egyes fajtákat tekintve, a blokkok átlagos hossza kb. ua. mint bennünk, emberekben.)
Az egyéb érdekességek közül még két dolog melengeti meg egy fejlődésbiológus szívét: egyrészt, bár a kutyák genomjában kevesebb repetitív, nem kódoló szekvencia van, mint bennünk emberekben (emiatt genomjuk teljes hossza is lényegesen – kb 500 Mb-al – rövidebb), az egyik ugráló génjük (egy ragadozó specifikus Short INterspersed Element, vagy SINE) igen aktív és egyes betegségeket (például a már említett narkolepszia) az okozza, hogy egy-egy génnek a kódoló szekvenciájba ugrik. A másik pedig az, hogy a jelek szerint az emberi genom kb 5.3%-a igen erős konzerválódást mutat a kutyaéval összehasonlítva. Ez nem tűnik első hallásra soknak, de ha hozzá teszem, hogy az emberi genom csak mintegy 1.5-2%-a kódol fehérjéket, érdekesebb lesz. Ugyanis ez azt jelenti hogy számos olyan nem-kódoló DNS szakasz van, ami valójában nem nagyon változott, vagyis fontos funkciója lehet. (Ilyenekről már eddig is sokat tudtunk, de azért mindig jó egy kicsit újból meggyőződni – ráadásul ez súlyt ad annak az álláspontnak, hogy az evolúció nem elsősorban új gének létrehozásával “üzemel”, hanem a már meglévők szabályozásának változtatgatásával.) Sőt, ezen nem-kódoló, de konzervált DNS szakaszok fele a gének kb 1%-nak szabályozásáért felelős, pont olyanokért (láss csodát ;-)), amelyeknek az egyedfejlődésben van kulcsszerepük.


[1] Kirkness EF, Bafna V, Halpern AL, Levy S, Remington K, Rusch DB, Delcher AL, Pop M, Wang W, Fraser CM, Venter JC. (2003) The dog genome: survey sequencing and comparative analysis. Science 301: 1898-903.
[2] Kerstin Lindblad-Toh, Claire M Wade, Tarjei S. Mikkelsen, Elinor K. Karlsson, David B. Jaffe, Michael Kamal, Michele Clamp, Jean L. Chang, Edward J. Kulbokas, III, Michael C. Zody, Evan Mauceli, Xiaohui Xie, Matthew Breen, Robert K. Wayne, Elaine A. Ostrander, Chris P. Ponting, Francis Galibert, Douglas R. Smith, Pieter J. deJong, Ewen Kirkness, Pablo Alvarez, Tara Biagi, William Brockman, Jonathan Butler, Chee-Wye Chin, April Cook, James Cuff, Mark J. Daly, David DeCaprio, Sante Gnerre, Manfred Grabherr, Manolis Kellis, Michael Kleber, Carolyne Bardeleben, Leo Goodstadt, Andreas Heger, Christophe Hitte, Lisa Kim, Klaus-Peter Koepfli, Heidi G. Parker, John P. Pollinger, Stephen M. J. Searle, Nathan B. Sutter, Rachael Thomas and Caleb Webber, Broad Sequencing Platform members and Eric S. Lander (2005) Genome sequence, comparative analysis and haplotype structure of the domestic dog Nature 438: 803 – 819.

Vérszegény érvek

“A tudomány felfedezi Istent” könyv kapcsán érkezett olvasói levél lényegbevágó kérdéseket intéz a tanulmánykötet szerzőihez…

…olvasom az ÉRTEM
honlapján,s valóban. A kérdező azokat az alapkérdéseket fogalmazza meg,
amelyek a kreacionista-evolucionista vita klasszikus téziseit nem
ismerve, a külső szemlélőben joggal felmerülhetnek.
Tasi István válaszában az a legérdekesebb amiről nem szól. Ez pedig az,
hogy “mivel tudják bizonyítani elméletüket”. A válasz legnagyobb része
(ismét) megpróbálja elkenni a vallás és tudomány közötti különbséget,
egyenlőséget próbál erőltetni a metodológiai- és filozófiai
naturalizmus közé. De “bizonyítékként” megint csak egy ún.
evolúció-cáfolat van megemlítve, ami ha igaz is lenne akkor sem
támasztaná alá az ID-t. Ráadásul nem is igaz.
A véralvadás kaszkádról van szó, ami Michael Behe “lecsökkenthetetlen
komplexitásának” egy második (szintén hibás) példája. (Az első a
bakteriális flagellum volt, a harmadikat pedig még nem lövöm le,
kizárt, hogy levelezésünkben előbb-utóbb ne kerülne elő… ;-))

Egész rövidre fogva: az emlősök véralvadása során a vérlemezkékből és
fibrinszálakból egy háló alakul ki az ér sérülésének helyén, amely
mintegy eldugaszolja a nyílást, elállítva a vérzést. A fibrinszálak
kisebb fibrin molekulák (monomerek) összekapcsolódásából jönnek létre,
amely monomerek fibrinogén molekulákból keletkeznek, miután a trombin
nevű szerin-proteáz enzim lehasít belőle kisebb peptideket. A trombin
maga is egy inaktív előalakból (zimogénből), az ún. protrombinból jön létre egy
másik szerin-proteáz (ún. X-es faktor) segítségével. Az pedig szintén
egy zimogénből jön létre, stb. még vagy három lépcsőfokban. (Az
útvonalról és feltételezett evolúciós kialakulásáról részletesebben itt lehet olvasni.)
A “lecsökkenthetetlen komplexitás” Behe-i tézise szerint ez a
véralvadásrendszer nem működhet bármely komponensének elvétele nélkül,
ahol hiányzik ott halál van, meg szószerint patakvér. Ehhez képest
jelen ismereteink szerint a bálnák és a delfinek 😉 remekül elvannak a
kaszkád egyik első eleme a XII-es vagy Hagemann-faktor nélkül (mert az
működésképtelen pszeudogénné alakult át). Ez az apró, de nem
elhanyagolható tény Behe-t is arra kényszerítette, hogy elismerje a véralvadási kaszkád nem is annyira lecsökkenthetetlenül komplex…

rIDeg fogadtatás

Ha hinni lehet a NYTimes vasárnapi cikkének,
intelligens dizájn (ID) kampány minden zaja ellenére elég eredménytelen
maradt. Nemhogy a világibb egyetemeken nem került be a tananyagba, de
az egyházi iskolák közül is csak a Southern Baptist Theological Seminarium, egy kentucky-i baptista szeminárium (William Dembski munkahelye) vette bele a kurrikulumába. Sőt, a Templeton-alapítvány,
melynek legfőbb célja pont a vallás és tudomány összeboronálása, ezért
lelkesen támogat minden erre irányuló kezdeményezést, eléggé
kiábránudlt az ID-sekből, mert máig nem tudtak egy épkézláb kutatási
tervvel előállni. Vajon miért …. ;-)))

Mitől akkora az arcod?

Ha az emberiség leghosszabb ideje futó és leglátványosabb eredményeket produkáló genetikai kísérletét kellene megnevezni, akkor a kutyatenyésztés igen jó eséllyel pályázhatna a lista első helyére, mint arra az eddigi legteljesebb kutya törzsfát publikáló csapat is rámutat [1]. Az egyik elterjedt vélekedés szerint az első szelidített ebek valahol Ázsiában jelentek meg és innen vándoroltak különböző nomád csoportok oldalán a sarkkör felé, Afrikába illetve végül Európába. Mindenesetre ezt látszik alátámasztani a fent említett tanulmány eredménye is, hiszen a kutyák törzsfáján a farkashoz legközelebbi ebek ősi ázsiai és arktikus fajtákhoz tartoznak (1. Ábra).

1. Ábra: Nyocvanöt kutyafajta és a szürke farkas genetikai összehasonlításából készült törzsfa. Az ázsiai és arktikus fajokat tartalmazzák a legrégebbi elágazások, míg a legtöbb Európában nemesített faj a klasszikus statisztikai módszerekkel nehezen szétválasztható “All other breeds” csoportba került. (Ezen belül érzékenyebb módszerek három nagyobb csoportot különítettek el: az elsőbe elsősorban a pásztorkutyák pl. skótjuhász, komondor, kuvasz kerülnek, de ide tartozik a bernáthegyi és a szürke agár is (ez utóbbi meglepő lehet, hiszen az afgán agár az egyik ősi fajtaként jelenik meg: arról lehet szó, hogy a szürke agarat később nemesítették az afgán névrokonától függetlenül), a másodikba a masztif-félék (masztif, bulldog, boxer, bull-terrier) találhatók (itt külséejében “kakukktojás” a németjuhász) még minden más fajta a harmadik csoportban van.) [1]

Mindenestre a szorgalmas és céltudatos tenyésztgetésnek meglett az eredménye mind genetikailag (a fajták közötti genetikai különbség a különböző kutyák közti variáció közel harmadát teszi ki – összehasonlításként a nagyon elkülönült humán populációk között is max. 5-10% ez az arány), mind mint azt nyilván fölösleges ecsetelnem kinézetileg (fenotípusosan). Mi okozhatott ilyen – viszonylag – gyors fenotípusos változást? Az egyik lehetséges okról, a gének szabályozó szekvenciáiban bekövetkező változásról már írtam korábban, de van egy másik igen érdekes elképzelhető ok is.
A különböző genomokban viszonylag gyakoriak az ún. mikroszatelliták. Ezek általában két vagy három bázis ismétlődéséből állnak (pl. CACACACACACA… vagy CAGCAGCAGCAGCAG…), előbbi főként nem kódoló DNS-re jellemző, míg utóbbi a fehérjéket kódoló DNS-re . Mindmáig nem teljesen tisztázott okokból, de a legvallószínűbbnek a DNS polimeráz “megcsúszását” tartják, az ismétlődések száma gyakran változik különböző egyedek között (ez az oka annak, hogy kódoló szekvenciában triplet ismétlődések vannak, hiszen a genetikai kód is “hárombetűs”, így a csúszás erdeménye egy extra aminosav, míg dinukleotida ismétlődés esetén, az egész “leolvasó keret” eltolódna és a mikroszatellita után levő DNS teljesen mást kódolna). Ezt egyrészt remekül lehet hasznosítani rokonsági vizsgálatokban (ha közeli rokonokban vizsgálunk több mikroszatellitát, azok nagy valószínűséggel egyezni fognak), másrészt azonban a túl hosszúvá váló ismétlődések olyan súlyos betegségeket okozhatnak mint a spinocerebelláris ataxia vagy a Huntington-kór.
Egy texasi kutatócsoport azt kezdte el vizsgálni, hogy összefüggésbe hozhatók-e a mikroszatelliták hossza az egyes kutyák morfológiai tulajdonságaival [2].

2. Ábra: Kutyakoponyák morfológiájának gyors változása: az A panelben fajtiszta bernáthegyi koponyák láthatók ~1850-ből (felül), 1921-ből (középen) és 1967-ből (alul), a B panelen bull-terrier koponyák 1931-ből, 1950-ből és 1967-ből, végül a C panelen újfullandi koponyák 1926-ból, 1964-ből és 1971-ből. A középső terrier-koponya gazdájának runx-2 génjében az egyik mikroszatellita hosszabb mint a modern bull-terrierek azonos génjében. (Ez alátámasztja a kutatók modelljét, de azért egy egyfős minta nem igazi, szóval csak óvatosan lelkesedni… ;-)) [2]

A koponyamorfológiát befolyásoló transzkripciós faktorokat végignézve korellációra leltek a Runx-2 nevű fehérjében levő mikroszatelliták hossza és a koponya alakja között. A Runx-2-ben kétfajta mikroszatellita van egymás után: az egyik egy poli-glutamin (polyQ) szekvenciát kódol, a másik pedig egy poli-alanint (polyA). Általában más kísérleti rendszerekben a polyQ növekedés (bizonyos határok között) a transzkripció aktivációs képességet növelik, míg a polyA növekedés ugyanazt csökkenti. A kimutatott összefüggés szerint a polyQ/polyA arány összefügg a koponya hosszával és hajlásával (2. Ábra).
Hogy egy kis plusz zamata legyen a sztorinak a pireneusi juhászkutyákban jelen levő polidaktíliát (hat lábujjuk van az ebeknek) is hasonló okra tudták visszavezetni. Ezúttal az Alx4 transzkripciós faktorban leltek egy 51 bázispárnyi deléciót (amely semelyik más kutyafajtában nem volt jelen). Ennek okán valószínűleg az Alx4 működésképtelenné válik és nem tudja a célgénjeit aktiválni a fejlődő végtagbimbóban; az Alx4 mutáns allélját hordozó egerek is egy extra lábujj büszke tulajodnosai (3. Ábra).

alx4-dog_mouse.gif
3. Ábra: Az Alx-4 mutációja mind egerekben, min pireneusi juhászkutyákban többujjúságot (polidaktíliát) okoz. [2]


[1] Parker HG, Kim LV, Sutter NB, Carlson S, Lorentzen TD, Malek TB, Johnson GS, DeFrance HB, Ostrander EA, Kruglyak L. (2004) Genetic structure of the purebred domestic dog. Science 304:1160-1164.
[2] Fondon JW 3rd, Garner HR. (2004) Molecular origins of rapid and continuous morphological evolution. Proc Natl Acad Sci USA 101(52):18058-63. Epub 2004 Dec 13.

“This isn’t really, and never has been, a debate about science.”

A Natural History Magazine aktuális száma zanzásított ID vs. evolúció vitát közöl
a téma prominenseinek tollából: Michael Behe vs. Ken Miller, William
Dembski vs. Robert Pennock és Jonathan Wells vs. Eugenie Scott
adok-kapok, valamint Barbara Forrest írása szerepel a lapban.
Emellett az aktuális Darwin kiállítás apropóján Richard Dawkins, Sean Carroll és mások esszéi (vagy azok részei) is olvashatók ugyanott.

ÉRTEM vita – Update

A fair-play szellemében: a napokban kaptam kézhez Farkas Ferenc válaszlevelét előző “viszontválaszomra”.
(Természetesen amint időm engedi válaszolni fogok – remélhetőleg
valamikor az elkövetkezendő két héten belül.) Továbbá Tasi István
biztosított, hogy hamarosan előző leveleim valamilyen formában szintén szerepelni fognak a honlapjukon.

Golf-áram szünet?



A Nature aktuális számában van egy cikk ami a globális
felmelegedés témakörében vet újabb követ a már amúgy sem álló vízbe.
(Részletes populárisabb beszámoló az Economist-tól és egy szakmaibb a RealClimate.org-on.)
A lényeg, hogy nagyon kezd úgy tűnni, hogy a Golf-áramlat lassul, és ha
minden igaz ez a felmelegedés miatt a világóceánba kerülő több édesvíz
miatt van. Ez különösen Ny-Európának rossz hír, mert lényegesen
hűvösebb teleket vetít előre az Atlanti-ócán partvidékére. Mindenestere
lesz miről tárgyalni Montrealban, az éppen folyó ENSZ Klímaváltozás konferencián.