Bevallom megihletett Deák Péter írása a komplexitásról, szeretnék egy feladatot adni bárkinek, akit érdekel a kortárs kreacionizmus. Mindenhol, ha evolúcióról vitázok, előbb-utóbb nagyon komoly érvként kerül elő ugyanaz a rejtély ezer alakban. Rengeteg változata ismert, az evolúció matematikai cáfolata, információelméleti érv, specifikus összetettség, komplexitás, információkeletkezés és hasonlók. Az alapja mindnek ugyanaz a feltételezés, hogy az élőlények genomjában valamilyen magasabb minőség is létezik, ami objektív módszerekkel mérhető. Erre javasolnék egy kísérletes ellenőrzést minden kreacionistának, hiszen mint tudjuk, a puding próbája az evés! Föltettem ide egy tömörített állományt amely három DNS szekvenciát tartalmaz, ebből az egyik egy létező élőlény létező genomjának egy szakasza. Egy fehérjekódoló génről van szó, amelynek a terméke egy fontos transzkripciós faktor, a sejtdifferenciálódásban játszik szerepet, a gén hiánya halálos, tehát akárhonnan nézzük, muszáj neki komplexnek lenni, specifikus összetettséget mutatni, genetikai információt tartalmazni, egyszóval rendelkezik azzal a csodálatos minőséggel, amit a kreacionisták megkívánnak. A többi kettőt azonban egy szabadon hozzáférhető véletlen DNS szekvencia készítő programmal állítottam elő, ezek nyilván semmilyen tervezést nem tartalmaznak, nincs bennük komplexitás, nem specifikusan összetettek, nem hordoznak genetikai információt vagyis nem rendelkeznek azzal a titokzatos, varázslatos minőséggel, mindegy hogy nevezik éppen.
A feladat roppant egyszerű: Az annyit emlegetett matematikai, statisztikai, információelméleti, akármilyen módszerrel meg kell mérni azt a bizonyos csodálatos minőséget és megmutatni, hogy a létező élőlény létező génje ebből többet tartalmaz, mint a két véletlenszerűen előállított szekvencia. Magyarán meg kell mérni a három szekvencia komplexitását és megmondani, melyik a legkomplexebb. Vagy megmondani a háromból melyik specifikusan összetett. Vagy megmutatni a háromból melyik hordoz információt. Természetesen a mérési módszert is le kell írni, nem elég csak rábökni az egyikre minden magyarázat nélkül, mert BLAST keresést én is tudok csinálni és valahogyan a mérési módszer pont lemarad minden ilyen eszmefuttatás végéről.
Ha ezeknek az elmélkedéseknek van bármi értelme, akkor ez nyilván egy egyszerű csuklógyakorlat, ordító különbséget kell találni a három szekvencia komplexitásában/specifikus összetettségében/információtartalmában/stb. A megfejtéseket a hozzászólások között várom, a dicsőségen kívül más díjat nem ajánlok fel.
Úgy nézem, exponenciálisan nő a jelentkezők száma, és sejtésem szerint ez a trend meg is marad telítődésig. 🙂
Mindharom szekvencia intelligens tervezes eredmenye, ketto eseten az Intelligens Tervezo, es a tervezes modszere is ismert.
@Tom Benko: Azért ne vonjunk le elhamarkodott következtetéseket, még alig pár órája tettem ki a bejegyzést, azért nem várható el, hogy azonnal válaszoljanak. Mondjuk azért nekem van egy tippem, hogy egy év múlva pont így megfejtés nélkül leszünk majd.
@fordulo_bogyo: Akkor neked a véletlenszerűen előállított szekvencia tervezett? Meglepő lenne, mivel sem előtte nem tudtam, milyen szekvenciát fog kidobni a gép, sem most nem tudom, mivel a kivágás-másolás paranccsal illesztettem be. Úgyhogy a tervezés ez esetben teljesen kizárható, még most sem tudom, milyen szekvenciákat tartalmaz a három állomány.
Sajnos rossz hírem van, ez még az ÉRTEM mozgalom meghatározása szerint sem tervezés: “Tervezésen azt értjük, hogy egy tudatos létező előre kigondol valamit, amit létre akar hozni, vagy végre akar hajtani.” evolucio-vs-tervezettseg.blog.hu/2010/12/19/title_1595747#more2527033
Márpedig én hangsúlyozom, hogy utólag sem tudom, mit készített a véletlen szekvencia generáló program, nehogy előre terveztem volna bármit is.
@Sexcomb: Csak ordog ugyvedjet jatszok (devil’s advocate).
Az a ket szekvencia nem jott volna letre, ha valaki nem irja meg a letrehozo algoritmust, nem keszit szamitogepet es Te nem futtatod a programot.
Az eredmeny pontosan az amit terveztel: Te veletlen szekvenciat terveztel. 😉
Volt olyan egyetemistam, aki az in vitro evolucio (SELEX) kiserlete vegen, amikor az kemcsoben az ismetelt szelekcio-szaporitas sorozatok utan megkaptuk a keresett DNS szekvenciat, azt mindta, hogy ez bizonyitek az intelloigens tervezesre: O meg en megterveztuk a es kiviteleztuk a kiserletet.
Mivel az ERTEM semmi reszletet nem mond a tervezesrol, azon kivul, hogy tervezes tortent, lehet, hogy a tervezo nem tudta elore, mit alkot. 😉
@fordulo_bogyo: Addig oké, csak akkor az a tervezés nem értelmes. Értelmetlen, hiszen aki csinálja az sem tudja mit készít. No de az értelmetlen tervezés miben különbözik a véletlentől?
@fordulo_bogyo: Meg a kérdés nem is erre vonatkozott, hanem a komplexitásra/specifikus összetettségre/információtartalomra, aminek az eredete a feladat szempontjából tulajdonképpen mindegy, a kérdés az, hogy létezik -e egyáltalán?
@Sexcomb: Én meg szépen csöndben elkezdtem reklámozni.
Egyetertek veled, de folytatom a szorsalhasogatast, mellebeszelest.
@Sexcomb: Az a tervezes (a tied) ertelmes, tudtad,mit keszitesz: veletlen szekvenciakat kepzeltel el es azt hoztal letre.
Igazad van, nem kulonbozik a veletlentol.
Mi tobb, ha sok ilyen veletlen szekvenciat letrehozol, abbol in vitro szelekcioval (pl egy feherje kotodese) es szaporitassal (pl PCR) ki lehet keresni egy nem veletlen informaciot (pl mi annak a feherjenek az idealis kotohelye a DNS-en).
De ez mar evolucio.
Abban minden igyekezetem ellenere is kenytelen vagyok egyeterteni, hogy komplexitas (barmi legyen is az) szempontjabol nincs kulonbseg a harom szekvenciad kozott.
Az ERTEM / ID Dembski nyoman kepletekkel szamolja a specifikus osszetetteseget (lead pl itt: en.wikipedia.org/wiki/Specified_complexity ) es a kepletek szempontjabaol a harom szekvenciad egyforman komplex.
@fordulo_bogyo: Pontosan erre akartam kilyukadni, a komplexitás/specifikus összetettség/információ stb. egyszerűen nem létezik, nem mérhető, más komplexitásokkal nem összehasonlítahtó. De természetesen nyitott vagyok mindenre, hátha valaki meg tudja mutatni mi is az a komplexitás, amiről folyton beszélnek.
@Sexcomb: Letezik, merheto, osszehasonlithato.
A meres, osszehasonlitas eredmenye az, hogy egy veletlen szekvencia pontosan ugyanannyira specifikus es osszetettet, mint egy vele azonos meretu biologiailag relevans szekvencia.
Egyertertek veled, csak maskepp ervelek.
@fordulo_bogyo:
“Volt olyan egyetemistam, aki az in vitro evolucio (SELEX) kiserlete vegen, amikor az kemcsoben az ismetelt szelekcio-szaporitas sorozatok utan megkaptuk a keresett DNS szekvenciat, azt mindta, hogy ez bizonyitek az intelloigens tervezesre: O meg en megterveztuk a es kiviteleztuk a kiserletet.”
És erre mit válaszoltál?
Tudsz róla valamit, hogy mi történt a hallgató ezen meggyőződésével később?
@fordulo_bogyo: Igazad lehet, persze mérhető, összehasonlítható, csak különbség nincs két tetszőlegesen kiválasztott, azonos hosszúságú szekvencia között, tök mindegy, hogy egy működő gén, vagy egy random szekvencia. De akkor meg minek számolgatni? És mitől komplexitás? Vagy Információ? Vagy specifikus összetettség? Szóval akkor mit takarnak ezek a fogalmak? Ha így fogalmazod meg, akkor természetesen léteznek ezek a mérőszámok, de minek? Mert akkor teljesen értelmetlenné válnak az ÉRTEM szokásos kijelentései, mint “a komplexitás nem nőhet az evolúció során”. HIszen akkor ha ez a komlexitás, akkor bármilyen duplikáció növeli a komplexitást. Ebből gondoltam, hogy van valami más, titkos képlet is, ami alapján ezeket számolják, ami eddig nem került elő.
@Caenorhabditis elegans: “Volt olyan egyetemistam, aki az in vitro evolucio (SELEX) kiserlete vegen, amikor az kemcsoben az ismetelt szelekcio-szaporitas sorozatok utan megkaptuk a keresett DNS szekvenciat, azt mindta, hogy ez bizonyitek az intelloigens tervezesre: O meg en megterveztuk a es kiviteleztuk a kiserletet.”
nekem iróniának tűnik…
@Caenorhabditis elegans: @Untermensch4:
A hallgato nem viccelt, komolyan gondolta, es meggyozodese tudomasom szerint nem valtozott azota sem (mar vezeto kutato egy nagy gyogyszergyarban).
En csak azt valaszoltam, hogy nem ertunk egyet, es nem mentunk melyebben bele, errefele a hallgatok vallasi meggyozdeset es hasonlokat kotelezo tisztelni. O is tiszteletben tartotta az en velemenyemet.
@Sexcomb: amit az ERTEM/ID kapcsan olvastam, a komplexitas egyszeruen a bonyolultsagot jelenti, kb olyan, hogy hanyfelekeppen lehetne osszerakni egy olyan meretu dolgot (pl 1000 bazisparnyi DNS szakasz ugye 4^1000-felekeppen rakhato ossze negyfele bazisbol).
Az egesz vilagegyetemben nincs annyi anyag, hogy mind a 4^1000 valtozatot elkeszitsuk.
Errol jut eszembe: a SELEX kiserletben 40 bazispanyi szakaszt szerettem volna vizsgalni, de gyors szamolas utan belattam, hogy sem hely, sem penz nincs ra. A 4^40 fele veletlen szekvencia 1-1 peldanyban megfizethetetlenul draga es laborban nem kezelheto mennyiseg: tobb mint 1molnyi mennyiseg (ahol a molsuly kb 26 ezer), azaz tobb, mint ket kilogramm lett volna. Ez meg csak 40 bazis hosszu szakasz!
De elobb az elso 20 utana meg a masodik 20-as szakasz randomizalasa egy szabad szemmel lathatatlan mennyisegu DNS-t igenyelt csak, igy csinaltuk.
Ez az, amit az ERTEM nem vesz figyelembe. Nem ugy mukodik az evolucio, hogy egyszerre elkesziti az osszes lehetseges valtozatot es abbol szelektal. Az ERTEM a komplexitas szamolasanal (kimondatlanul) ezt feltetelezi, es igy jut szandekosan(?) teves eredmenyre.
Isten a segítségeddel újra teremtett, alig 6000 év elteltével megint! De mivel te is Isten teremtés egyik eredménye vagy, ahogy a random DNS-eket kidobó algoritmusok tervezői is, emiatt megintcsak tervezett az eredmény! HALLELUJA!
(A szabad akarat meg le van ejtve… :P)
Szerintem a 3-as a kakuktojás.
A tudományos módszr pedig: a file-ok mérete megegyezik, betömörítve viszont a 3-as mérete jelenősen eltér…
Mit nyertem?
@lakatosf: Milyen tömörítőt használtál? Én zippel csomagoltam be, de 5,373 5,326 és 5,177 byte lett a méretük, ez olyan 3,6 % különbség, nem biztos, hogy jelent valamit.
Ez valószínűleg artefaktja annak, hogy a véletlen szekvenciákban az A aránya megegyezik a T -vel és a C aránya megegyezik a G -vel a genomszekvenciában pedig ilyen szabály nyilván nem érvényesül.
De egyébként létezik egy módszer, amivel a genomon belül szoktak működő szakaszokat keresni, megnézik, hogy kisebb szakaszokon a bázisok aránya eltér -e a genom egészén mért átlaguktól.
@fordulo_bogyo: “(mar vezeto kutato egy nagy gyogyszergyarban)”
ugyan nem túl etikus de gerilla-marketinggel konfrontálni lehetne konteó-huszárokkal (messiás-komplexusos kutatók ármánykodnak a gyógyszergyárnál) 🙂
@Untermensch4: Nem, nagyon jo szakember, es a vilagnezere nem befolyasolja a kutato munkajaban legjobb megitelesem szerint.
Es nem o az egyeduli komlyan hivo ember aki nalunk szerzett PhD fokozatot.
@fordulo_bogyo: Tényleg nem lett volna értelme belekötni. Nem “tiszteletből” (ezt a kifejezést amúgy is furcsállom, hiszen nyilvánvalóan nem tisztelitek egymás álláspontját, de ez már kötözködés), hanem mert nem lehetett volna meggyőzni, de még megingatni sem a meggyőződésében. Értelmes ember lehet, ha vezető kutató lett belőle, már az egyetemi évei alatt nyilvánvalóan szembesült az összes ellenbizonyítékkal. Az intelligenciája messze több annál mint ami ezek megértéséhez minimum szükséges, úgyhogy itt valami más ok játszik.
Nekem egyébként ezek a fajta IDsek a legdöbbenetesebbek. Nagyon érdekelne, hogy hogyan lehet az ilyen meggyőződéseket megbillenteni. Nem racionális érvekkel, az biztos.
@Caenorhabditis elegans: Lehet, hogy rosszul haszaltam a kefejezest. Nem tiszteljuk, hanem tiszteletben tartjuk egymas allaspontjat, azaz elfogadjuk, hogy neki az az allaspontja (amivel mi nagyon nem ertunk egyet es viszont, de az egyet nem ertest az egymas kolcsonos tisztelete mellett is meg lehet beszelni).
@Caenorhabditis elegans: én sem értem, ld. pl. a Jeszenszky Ferencet. Ő fizikus, és azt mondogatja, h neki termodinamikai “érvei” vannak az evo ellen. Ha mongyuk le kéne írnia kvalitatíve egy ozmotikus pumpa működését (gyenge (!) középiskolás feladat: entropikusabb konfiguráció-> munkavégzés-> kevésbé entropikus konfiguráció), ezer százalék, h simán megoldja. de amikor ugyanez a kérdés biológiai kontextusban merül fel, akkor átkattan az agya és hablatyolásba kezd.
az egyetlen kérdés vele kapcsolatban, h tényleg elhiszi-e, amiket mond. asszem igen, kikapcsol a kritikai központja, ha az evolúció lesz a téma.
@ppp2:
Jeszenszky Ferenc – ha igaza volt másban is – már tudja mi történt az evolúció alatt/helyett.
De ahogy elnézem más fura ötletei is voltak:
HIX AGYKONTROLL 3797
Copyright (C) HIX
2011-05-05
…
Kedves Lista!
Szomorúan értesítelek Benneteket, hogy 2011.04.21.-én elhunyt Dr. Jeszenszky
Ferenc fizikus. Ferenc utoljára 2010.11.23.-án írt a Listára. …
@fordulo_bogyo: Igazándiból csak kötözködtem. Emberek hajlamosak szinonímaként használni a tisztelést és a tiszteletben tartást, néha ténylegesen is keverik a jelentéseket, engem meg ez idegesít. Szubjektíven 🙂 Voltaképpen nem gondoltam komolyan, hogy te is kevernéd.
Részemről csak a már leírt okból nem szoktam vitázni más véleményűekkel (olyan témában, amihez értek is valamennyire, vagy tudok ellenérveket a másik érveire )
@ppp2: Lehet, hogy az evolúciót nem érti. Persze annak is oka van, hogy miért, ha egyszer sokkal bonyolultabb dolgokat meg mégis ért. Nem szakterülete ugyan, de ha az ember ilyen erős véleményt fogalmaz meg valamiről akkor minimum utánanéz előtte, szerintem.
Amúgy nem olvastam tőle véleményt,szóval csak úgy látatlanban irkálok.
Nem kaptunk választ arra, hogy a tömörített mérettel operáló megoldás helyes választ ad-e?
Én nem vagyok kreacionionista, de ez a “kísérletes” próba több sebtől vérzik! Egyrészt kérdés, hogy a random DNS szekvenciát készítő progi pontosan milyen algoritmust használ? Ha csak minden bázispárt random rakosgat egymástól függetlenül, azaz a valódi DNS-ben lévő statisztikai mintákat nem akarja szimulálni, akkor a statisztikai különbség teljes biztonsággal kimutatható. Időm nincsen rá, hogy most megnézzem, de ez trivialitás, amihez hasonlót mi középiskolában első órán tanultunk, amikor valószínűségszámítás volt. Ha például egy veszel egy száz hosszú random fej-írás sorozatot, és egy ugyanolyan hosszú sorozatot, amit egy ember próbál hamisítani, akkor a kettőt könnyen meg lehet egymástól különböztetni. Azaz az emberi gondolkodásnak jellegzetes statisztikai mintái vannak, csakúgy, mint a DNS-nek, amit relatíve mindenképpen ki lehet mutatni! Azért kérdeztem a tömörítést, hogy jó megoldás volt-e, mert akár lehet is. Az egy fogósabb kérdés lenne, ha minden létező korrelációt figyelembe venne a program, és aszerint generálna hamis DNS-t. De sajnos még akkor sem lenne értelme a kérdésnek, mégpedig azért az elcsépelt frázisért, hogy minden relatív. Azaz önmagában nem lehet a komplexitást értelmezni, ahogy az információt sem lehet értelmezni a kódolás ismerete nélkül. A mára kialakult komplex biológiai szervezetek nem önmagukban komplexek, a komplexitás csak az egymáshoz való viszonyaikban értelmezhető és vizsgálható. Tehát NINCS ÉRTELME egyetlen “komplex” szekvencia komplexitásának mibenlétét keresni.
G.M.E.: Eddig nem érkezett megoldás. A kérdés az volt, hogy aki tudja mi az a komplexitás/specifikus összetettség/fejlettség/stb. amit folyton emlegetnek, mérje meg, mennyi a három szekvencia komplexitása/specifikus összetettsége/fejlettsége/stb. és mutassa meg, hogyan számította ki! Ugyanis ahányszor kreacionistákkal beszélgetek, mindig ugyanezzel jönnek, bármilyen változást mutatok nekik, hogy “de attól nem lett komplexebb/nem fejlődött stb.”. Ezért kérdeztem meg, hogy van -e olyan, aki tudja, hogy mi is az a varázslatos, soknevű mennyiség, amit folyton emlegetnek és meg tudja -e mérni? Amennyire látom, erre válasz nem érkezett azóta sem.
lakatosf csak annyit állított, hogy a hármas számú szekvenciát lehet a legkisebbre tömöríteni, valóban ez volt a genomi szekvencia, de ebből még mindig nem derül ki, hogy akkor mi az a komplexitás/fejlettség/specifikus összetettség, amit a kreacionisták látni vélnek. Főleg, hogy nyilván minél kisebb egy genom mérete, annál kisebbre tömöríthető, tehát akkor az evolúció során a komplexitás éppen hogy folyamatosan csökkent, hiszen egy emberi genom nyilván tömörítve is sokkal nagyobb méretű lesz, mint egy baktérium genomja, tehát valószínűleg nem ez az a bizonyos komplexitás, amit a kreacionisták folyton emlegetnek.
“Én nem vagyok kreacionionista, de ez a “kísérletes” próba több sebtől vérzik!”
Minden javaslatra nyitott vagyok, ha jobb ötleted akad, mutasd meg nyugodtan! Kreacionisták is jöhetnek nyugodtan, ha ők maguk tudják mi az a komplexitás/specifikus összetettség/fejlettség/stb. amiről folyton beszélnek, magyarázzák el nekem is. Sajnos kiterjedt vizsgáataim alapján én még soha egyetlen kreacionistával sem találkoztam, aki tudta volna, hogy ő maga miről beszél, itt sem jelentkezett eddig egy sem.
“Egyrészt kérdés, hogy a random DNS szekvenciát készítő progi pontosan milyen algoritmust használ?”
Őszintén szólva fogalmam sincs. Nyilván két különböző algoritmust használó programmal létrehozott szekvenciák is másképpen tömöríthetőek, ha az lenne a kérdés, hogy háromból melyiket készítettem az A programmal és melyiket a B programmal, azt is meg lehetne mondani ugyanígy, hiszen ha kettőnek a mérete egyezik, az készült az egyik programmal, a harmadik a másikkal. A kérdés, hogy ennek van -e valami köze a komplexitás/specifikus összetettség/fejlettség/stb. kérdéséhez? Mert ugye a kreacionisták azt állítják, hogy ők két élőlény között is különbséget tudnak tenni valahogyan ez alapján, ahol nyilván ez a kérdés föl sem merül, mert két valódi genomról van szó.
“Azaz az emberi gondolkodásnak jellegzetes statisztikai mintái vannak, csakúgy, mint a DNS-nek, amit relatíve mindenképpen ki lehet mutatni! “
De mik ezek a jellegzetes minták? Éppen ez volt a kérdés, hogyha valaki azt állítja, hogy van valami titkos mennyiség, amely az evolúció során nem nőhet, akkor mutassa meg a módszert! Nekem teljesen jó a tömörítés is, ha a kreacionisták elfogadják a végeredményét. Te is azt állítod, hogy vannak valamilyen mintázatok, de nem írsz róluk semmi közelebbit. Mik ezek a mintázatok? Hogyan mutathatóak ki? Mik a tervező gondolkodásának a jellegzetes statisztikai mintázatai? Honnan tudjuk, hogy pont azok? Ezek a mintázatok hogyan viszonyulnak a komplexitáshoz/specifikus összetettséghez/fejlettséghez/stb.?
“Azért kérdeztem a tömörítést, hogy jó megoldás volt-e, mert akár lehet is.”
Én elfogadom a tömörítést is, nekem teljesen mindegy hogyan határozzák meg a kreacionisták a komplexitást/specifikus összetettséget/fejlettséget/stb., csak ők fogadják el a következményeit. Nekem mindegy, hogy ha azt mondják, hogy az a fejlettebb, amit egy adott programmal kisebbre lehet tömöríteni, csak akkor lássák be, hogy e szerint a Carsonella ruddii nevű élősködő sokkal komplexebb/összetettebb/fejlettebb/stb. mint az ember, mert a 160 kilobázis méretű genomját nyilván nagyságrendekkel kisebbre tömöríthetjük, mint az eber három gigabázisnál is nagyobb genomját.
“Azaz önmagában nem lehet a komplexitást értelmezni, ahogy az információt sem lehet értelmezni a kódolás ismerete nélkül.”
“A mára kialakult komplex biológiai szervezetek nem önmagukban komplexek, a komplexitás csak az egymáshoz való viszonyaikban értelmezhető és vizsgálható.”
Akkor kérek mutasd be egy példán keresztül, hogyan vizsgálod két élőlény komplexitását! Mondjuk érdekelne, hogyan számítod ki a P-elemet nem tartalmazó, a P-elemet tartalmazó és a P-elemet és az ugrását gátló elemeket is tartalmazó ecetmuslicák komplexitását! criticalbiomass.blog.hu/2008/10/30/ertelmes_tervezes_a_p_elem
“Tehát NINCS ÉRTELME egyetlen “komplex” szekvencia komplexitásának mibenlétét keresni. “
Szerintem a komplexitás/fejlettség/stb. önmagában értelmetlen hülyeség, Darwin ezt már A fajok eredetében világosan leírta, éppen ezért csodálkozok rajta, miért akarnak ezzel érvelni a kreacionisták.
>>> Eddig nem érkezett megoldás. A kérdés az volt, hogy …
De érkezett! A kérdés az alábbi volt:
“A feladat roppant egyszerű: akármilyen módszerrel meg kell mérni azt a bizonyos akármit és megmutatni, hogy a valódi gén ebből többet tartalmaz, mint a véletlenszerűen előállított szekvenciák.”
Ha csupán annyi a kérdés, hogy a valódi DNS-t különböztessük meg a véletlen szekvenciától, erre számtalan módszer létezik és hatalmas irodalma van, elég rákeresni a “DNS correlations” kifejezésre. Csak néhány cikk, amit ajánlani tudok:
– Order and correlations in genomic DNA sequences. The spectral approach
– Biological origins of long-range correlations and compositional variations in DNA.
– The study of correlation structures of DNA sequences: a critical review.
Az hogy a DNS-ben korrelációk vannak nyilvánvaló, hiszen egyébként nem lennének a fehérjékben hélixek, domain-ek és egyéb stabilabb struktúrák, amik a fehérjék flexibilitása mellett fontos tényezők a működőképességük szempontjából, de ezt nem nekem kéne magyarázni, mert én nem vagyok biológus.
A kérdésre tehát van válasz, de ez semmivel sem visz előrébb a kreacionizmussal kapcsolatban, mert azt se nem erősíti meg, se nem cáfolja!
A kérdésre továbbá érkezett is válasz, mert a tömörítés egy teljesen jó megoldás, ami feltárja a statisztikai különbségeket. Pont erre való! Hogy a válaszadó éppen milyen tömörítési algoritmust használt, nem tudom, de a legegyszerűbb Huffman-kódolás nyilvánvalóan megfelelő. Nem fogom elmagyarázni, nézzen utána, akit érdekel. Az pedig ugyancsak nyilvánvaló, hogy a tömörített fájl mértetét a szekvencia hosszával normálni kell, abban az esetben, ha összehasonlításokat akarunk tenni, de eredetileg csak egy DNS-t adtál feladatnak és vele azonos hosszúságú szekvenciákat, ha jól értettem. A normálás egyébként lényegében az entrópia sűrűség nevű fogalomhoz vezet, aminek ugyancsak érdemes utánanézni, pláne ha valaki ilyen kérdést tesz fel.
Az viszont egy teljesen más kérdés, hogy olyan mértéket/komplexitást definiáljunk, ami nem csak a valódi DNS-t különbözteti meg a véletlen szekvenciáktól, de a valódi DNS-eket komplexitásuk szerint sorba is rendezi és azok mutatják az általunk elképzelt komplexitási sorrendet. Nem ez volt a kérdésed, de lehet hogy te erre gondoltál. Ebben az esetben azonban az a baj, hogy ki határozza meg a kívánatos komplexitás sorrendet. Mondjuk abban megegyezhetünk, hogy az ember komplexebb, mint a hangya, de még ebben is lehet vita. Viszont a kacsa és a liba esetében hogyan egyezünk ki? Ha valaki definiál egy ilyen komplexitási sorrendet, akkor fel lehet tenni a kérdést, hogy van-e olyan mérték, ami pont azt a komplexitási sorrendet adja vissza. Ha azonban ez a komplexitási sorrend szubjektív, akkor tudományos szempontból értelmetlen a kérdés. Ha ez a komplexitási sorrend objektív, például az agytérfogat mérete alapján, akkor akár el is képzelhető, hogy van rá algoritmus, ami csak a szekvencia alapján működik. Bár én ilyent nem tudok, és lehet hogy a kreacionisták sem, de attól még nincs bebizonyítva, hogy nincs igazuk, és ha lenne ilyen mérték, akkor se lenne bebizonyítva, hogy igazuk van. Egyébként pedig kérdés, hogy mit engedünk meg algoritmusnak, mert ha lenne olyan nagy szuperszámítógépünk, hogy a DNS alapján szimulálja a szervezet felépítését, akkor a DNS-hez az agytérfogat is hozzárendelhető lenne, tehát az objektív mérce definiálná az algoritmust is rögtön. Sajnos ilyen számítógép nincs, mert jelenleg még egyetlen fehérje feltekeredésével sem boldogulunk, és hagyományos számítógép nem is lehet, mert nagyobb lenne, mint az Univerzum.
Mint kifejtettem a fenti kérdés nem releváns a kreacionizmus szempontjából, és még az általam általánosított kérdés sem. Lehet, hogy értelmes és releváns kérdést akartál feltenni, csak másra gondoltál és rosszul fogalmaztad meg. A tudománynak (amit szerintem te is képviselni próbálsz) éppen az a feladata, hogy jó kérdéseket tegyen fel (releváns és megválaszolható). A fenti egy mágvalaszolható kérdés, és releváns is információelméleti szempontból, mert alap tananyag, de a kreacionizmus szempontjából egy irreleváns kérdés. Ha tudományos kérdést akarsz feltenni, azt jól át kell gondolni és jól megfogalmazni, pláne akkor, ha a kreacionizmus ellen akarsz fellépni. Ráadásul miután választ kaptál, feltettél még egy tucat másik kérdést, amik ugyan nagyon hasonlóak, de valójában nagyon különböznek. Ha a kérdést állandóan változtatod, akkor senki nem fog már energiát belefeccölni a válaszadásba. A továbbiakban javaslom, hogy gondold át még egyszer, és fogalmazd meg tömören, hogy pontosan mi az, amire választ akarsz kapni, és tedd fel mégegyszer a kérdést.
Egyébként az a gyanúm, hogy nincsen jó kérdés ezzel kapcsolatban, mert a kreacionizmus és a tudomány két eltérő területen működik. Olyan mint a tudomány és a vallás, amik megférnek egymás mellett, mert másról szólnak. Nem véletlen, hogy a kreacionizmusnak vannak vallási vonatkozásai. Persze kérdés, hogy pontosan melyik kreacionizmusról beszélünk, mert sokféle van, és jelentősen eltérőek lehetnek a tudománnyal való keskeny átfedő területet érintően.
>>> Ugyanis ahányszor kreacionistákkal beszélgetek, mindig ugyanezzel jönnek, bármilyen változást mutatok nekik, hogy …
Én nem szoktam kreacionistákkal beszélgetni, és a fenti mondatot nem értem. Mire mutatsz változást? És erre ők mit mondanak pontosan?
Ha az a kérdés, hog mi az a varázslatos, soknevű mennyiség, amire a kreacionisták hivatkoznak, azt nem tudom, azt tényleg tőlük kell megkérdezni.
G.M.E.:
“A kérdésre tehát van válasz, “
Azt kértem, hogy aki tudja, hogyan mérik a kreacionisták a komplexitást, az mérje meg ezen a három példán. Én nem látok olyan hozzászólást itt, ahol valaki ezt megtette volna, tehát megoldás eddig nem érkezett a feladatra.
“Ha csupán annyi a kérdés, hogy a valódi DNS-t különböztessük meg a véletlen szekvenciától,”
A feladat nem ez volt, hanem hogy valaki mutassa be, hogyan méri a komplexitást. Legalább egy tucatnyi módon meg lehet mutatni, hogy ebből a három szekvenciából melyik a valódi genomból származó, végezhetsz egy BLAST keresést mindhármon, kereshetsz bennük nyitott leolvasási kereteket, megnézheted, az egyes szakaszokban mennyire tér el a bázisok eloszlása a teljesen véletlenszerűtől, stb., de én pont nem ezeket akarom látni, azt szeretném, ha ezen a példán keresztül bemutatná valaki, hogy mi a rák az a komplexitás, amivel folyton érvelnek.
“Az pedig ugyancsak nyilvánvaló, hogy a tömörített fájl mértetét a szekvencia hosszával normálni kell, abban az esetben, ha összehasonlításokat akarunk tenni”
Akkor ugyan magyarázd már el nekem, hogyan használható ez a módszer élőlényeken, mivel hogy őszintén meglepődnék ha találnál két, bázispár pontossággal egyező hosszúságú genomú élőlényt. Ha viszont a módszer valódi genomokra pont nem alkalmazható, mert azok nem azonos méretűek, akkor pedig visszajutottunk az alapkérdéhez, hogy mégis hogyan mérik azt a bizonyos komplexitást, amiről folyton beszélnek?
“Ebben az esetben azonban az a baj, hogy ki határozza meg a kívánatos komplexitás sorrendet. Mondjuk abban megegyezhetünk, hogy az ember komplexebb, mint a hangya, de még ebben is lehet vita.”
Ez a százezer forintos kérdés, amit már Darwin is boncolgatott százötven éve a Fajok eredetében, amiért a kérdést föltettem: Mi alapján döntöd el, hogy az egyik élőlény komplexebb, mint a másik? Eddig minden krecionista, akivel vitáztam, állította, hogy ő pont tud ilyet, sőt, mérni is tudja élőlények komplexitását, de sajnos egyikük sem tudta megmondani, hogyan.
“Ha azonban ez a komplexitási sorrend szubjektív, akkor tudományos szempontból értelmetlen a kérdés.”
Pontosan ez volt a kérdés, hogy aki azt állítja, hogy neki objektív mérőmódszere van erre, az ugyan mutassa már meg, mi az!
“Ha ez a komplexitási sorrend objektív, például az agytérfogat mérete alapján,”
Honnan tudod, hogy az agytérfogat nem egy teljesen önkényesen kiválasztott jellemző? Csak mert a Neandervölgyiek átlagos agytérfogata kicsit magasabb volt a miénknél, akkor ők nálunk komplexebbek voltak?
“Bár én ilyent nem tudok, és lehet hogy a kreacionisták sem, de attól még nincs bebizonyítva, hogy nincs igazuk”
Semmi ilyet sem állítottam. Egyedül azt kértem, hogy aki tudja, hogyan mérik a komplexitást, az mutassa meg.
A végére ragasztott arcoskodásra inkább nem akarnék válaszolni, a kérdés ugyanaz maradt, mint ami volt: “A feladat roppant egyszerű: Az annyit emlegetett matematikai, statisztikai, információelméleti, akármilyen módszerrel meg kell mérni azt a bizonyos csodálatos minőséget és megmutatni, hogy a létező élőlény létező génje ebből többet tartalmaz, mint a két véletlenszerűen előállított szekvencia. “
Elnézést kérek, akkor félreértettem.
Ha valóban az volt a kérdés, hogy “aki tudja, hogyan mérik a kreacionisták a komplexitást, az mérje meg” akkor természetesen nem tudok hozzászólni, valószínűleg ezt tőlük kell megkérdezni.
De én többször alaposan átolvastam a bejegyzésedet és nekem egyáltalán nem ez jött le. Azt hittem ez egy részlehajlás nélküli tudományos kérdés akar lenni, és bármilyen komplexitás definíció megfelel neked, ami megoldja a kitűzött problémát, és nem támasztasz olyan elvárásokat felé, hogy csak olyan jó, ami a kreacionisták fejéből pattant ki.
A válaszod végén megint felteszed ugyanazt a kérdést, hogy mutassunk egy mennyiséget, ami a létező élőlény génjére több, mint a két véletlenszerűen előállított szekvenciára. Erre a mennyiségre én nem látok a kérdésedben semmilyen korlátozást, tehát bármilyen jó választ el kéne fogadnod. Azt, amit említettünk, vagy amit te is említettél. Miért zárod ki ezeket? A kérdésedből kiolvasható egyetlen korlátozás arra a bizonyos mennyiségre, hogy ez a mennyiség legyen a “sokat emlegetett” mennyiség. Ez azonban egy értelmezhetetlen feltétel, mert éppen arról van szó, hogy nem ismerjük, hogy mit emlegetnek. Ha ehhez a feltételhez ragaszkodsz, akkor az nem tudományos kérdés, mert senki nem tudja eldönteni az igazságtartalmát. Ez már filozófiai kérdés lenne, és arról kéne dönteni, hogy ki a kreacionista, és mik az elvei.
Összefoglalásul tehát. Lehetséges, hogy félreértettem, de akkor tedd kérlek világossá, hogy ez egy tudományos vagy pedig egy filozófiai kérdés akar lenni. Ha mégis az előbbi, akkor a kérdést olyan formában lehet feltenni, hogy mutassatok egy olyan algoritmust, ami kielégíti az alábbi feltételeket: … Ebben az esetben pontosan mik a feltételek? Mert szerintem az említett megoldások minden feltételnek eleget tesznek, amit említettél. Ha mégsem, akkor kérlek emeld ki, hogy pontosan melyik feltételnek nem tesznek eleget?
De hadd kérdezzek valamit még én is:
A te kérdésed az lenne, hogy mi a rák az a komplexitás, amivel érvelnek. Nem tudom, de tegyük fel, hogy egy kreacionista ad neked egy választ, azaz egy mérési eljárást. Mit kezdenél vele? Milyen következtetéseket tudnál levonni belőle? Milyen tesztnek vetnéd alá és mi célból?
ui: a normálás azt jelenti, hogy a tömörített fájl méretét leosztod a szekvencia hosszával, bármilyen szekvenciára alkalmazható, és a kapott szám releváns módon összehasonlítható bármely más szekvenciából kapott számmal.
G. M. E.:
Akkor elmondom a dolog hátterét is. Ez a titokzatos mennyiség központi elem egy csomó kreacionista érvelésben, minden vitában előkerül előbb-utóbb valami hasonló, például: “A jelenleg ismert élőlényeket az evolúció nem hozhatta létre, mert az evolúció során nem nőhet a komplexitás.” “Irányítatlan folyamatok nem hozhatnak létre genetikai információt.” Ha mutatok egy példát, mint a már említett P-elem bejutását a D. melanogaster genomba vagy az Urf13 fehérje létrejöttét, akkor azonnal jön a kifogás csuklóból: “De attól nem lett komplexebb!” “De attól nem nőtt az információtartalma!” “De attól nem lett fejlettebb!” Ha pedig megkérdezem, hogy oké, akkor mégis mi az a komplexitás vagy fejlettség vagy információ, akkor sajnos sohasem kapok választ. Magyarul a kreacionizmus evolúció elleni legfőbb bizonyítéka az, hogy nem mutatunk nekik példát a komplexitás/információ/fejlettség növekedésére, de ennek az egyedüli oka, hogy ők maguk nem tudják mi az, amit látni akarnak, nem tudják hogyan mérik a komplexitást/információt/fejlettséget. Nyilván tök kézenfekvő lenne példát mutatni a komplexitás növekedésére, fejlődésre, vag információkeletkezésre, ha végre valaki elköpné, hogyan is mérik ezt a titokzatos mennyiséget. Ezért kérdeztem meg, hogy aki tudja mi ez és hogyan mérik, az ugyan mondja már el!
Azért adtam épp ezt a példát, genomi szekvencia és véletlenszerűen előállított szekvencia összehasonlítását, mivel nyilvánvalóan senki sem tudja megmondani, két élőlény közül melyik a komplexebb, de azzal nyilván nem nagyon lehet vitatkozni, hogy a tervezett élőlény tervezett genomja komplexebb kell hogy legyen, mint a véletlenszerű szekvencia.
Nyilván olyan módszerről beszélünk, ami élőlényekre alkalmazható, mivel mondjuk egy egyszerű BLAST keresés is megoldja a kitűzött problémát, mégsincs köze sem a komplexitáshoz. Nem mellesleg lakatosf megoldásának semmi köze sem volt a komplexitáshoz, egyszerűen azon alapult, hogy a két, azonos algoritmussal előállított szekvencia statisztikailag jobban hasonlít egymásra, mint egy nem ezzel az algoritmussal előállított szekvenciára. Például nem működött volna akkor sem, ha nem három, hanem csak kettő szekvenciát adok meg, mert akkor egy ilyen és egy olyan méretű lett volna, nem tudta volna megmondani belőle, melyik a genomi és melyik a véletlenszerű. Tehát az ő válaszának semmi köze sincs a komplexitáshoz, egy artefaktot használt ki, mint ahogyan állítja is.
Szóval a magam részéről a csomagolt méretet nem tartom megoldásnak, mert nem működik ha két szekvenciát adok meg.
“Erre a mennyiségre én nem látok a kérdésedben semmilyen korlátozást, tehát bármilyen jó választ el kéne fogadnod. ”
Bármilyen választ el is fogadok, ahol a válaszoló megmutatja, hogy méri a komplexitást. Akkor szerinted a zip tömörítővel tömörített szöveges állomány mérete fordítottan arányos a komplexitással?
Mert akkor mutatok neked egy másik érdekes dolgot is, készítettem három új véletlenszerű DNS szekvenciát, a 4. 50% GC tartalmú, az 5. 20% GC tartalmú, a hatodik 80% GC tartalmú. A hossza mindnek azonos az előző hároméval, de láss csodát, az eredeti 1. txt állomány zippelve 5373 bájt, a 2. 5326 bájt, a 3. 5177 bájt, az 50% GC tartalmú 4. 5340 bájt, a 20% GC tartalmú 5. állomány viszont kapaszkodj meg, 4768 bájt, a 80% GC tartalmú 6. pedig 4776 bájt, magyarán egyszerűen a GC bázisok arányának változtatásával máris kisebbre csomagolható véletlenszerű szekvenciákat tudok előállítani, mint a létező élőlény létező génje, pedig nyilván megegyezhetünk abban, hogy ezek a véletlenszerűen előállított szekvenciák semmivel sem komplexebbek, mint az előző kettő, vagy mint egy létező élőlény létező génje. (Betettem őket a dropboxba, ha érdekel, megnézheted.)
“Nem tudom, de tegyük fel, hogy egy kreacionista ad neked egy választ, azaz egy mérési eljárást. Mit kezdenél vele? … Milyen tesztnek vetnéd alá és mi célból?”
Megnézném, hogy tényleg megállja -e a helyét az állításuk, miszerint az evolúció során a komplexitás nem növekedhet, fognék egy tucat ismert mutációt, megmérném a komplexitását előtte és utána és ellenőrizném, hogy tényleg így van -e?
“Milyen következtetéseket tudnál levonni belőle?”
Kiderülne, hogy létezik -e olyan mutáció, ami növeli a komplexitást.
“a normálás azt jelenti, hogy a tömörített fájl méretét leosztod a szekvencia hosszával, bármilyen szekvenciára alkalmazható, és a kapott szám releváns módon összehasonlítható bármely más szekvenciából kapott számmal. “
Készítettem két másik szekvenciát is, a 7. 1000 bp hosszú, 50% GC tartalmú, a 8. 100 bp hosszú 50% GC tartalommal. A 4. szekvencia 17929 bp hosszú, a csomagolt mérete 5340 bájt 5340/17929=0,29784 A 7. szekvencia 1000 bp hosszú, csomagolt mérete 459 bájt 459/1000= 0,459. A 8. szekvencia 100 bp hosszú, csomagolt mérete 163 bájt 163/100= 1,63. Nem gondolom, hogy ez az összehasonlítás releváns lenne, mert különböző hosszúságú szekvenciákra végletesen más eredményt ad.
Aludtam még rá egyet, lehet, hogy valamit nem írtam le elég világosan: Ez egy vitairat. Nyilván leírhatnám, hogy az élőlények komplexitása nem igazán mérhető, vagy összehasonlítható más élőlények komplexitásával, de azt a célcsoport úgysem olvasná el, mert elkönyvelné, mint az “evolúcionosták” újabb hazugságát. Azt tapasztaltam, hogy hatásosabb kérdésként megbeszélni ezeket a dolgokat, mint például itt, ugyanis így láthatóvá válnak a problémák:
– A kreacionisták maguk sem tudják mi az a komplexitás, amivel folyton érvelnek, így ezek az érveik egyszerű locsogás.
-Komplexitást meghatározni élőlényeken egyáltalán nem egyszerű. Leginkább azért, mert nem tudjuk, mit akarunk mérni. Például Darwin idejében a fejlettség volt a kulcsszó, amit az élőlény szerveinek differenciáltságával azonosítottak, de Darwin egyik zseniális meglátása éppen az volt, hogy ez tejesen értelmetlen, mert mondjuk egy méh és egy csiga ilyen módon nem hasonlítható össze.
-Rengetegféle egyszerűbb vagy bonyolultabb módszert mondhatunk, amivel valamilyen számértéket adhatunk egy élőlénynek. Az érdekes része a dolognak az, ha meg is beszéljük példákon keresztül, hova vezetnek ezek a mérések. Például egyszer vitáztam egy kreacionistával, aki közölte, hogy szerinte a komplexitás egyenlő a részegységek számának és a köztük lévő kapcsolatoknaka a szorzatával. Erre megmutattam neki a P-elem bejutását a D. melanogaster genomba, ahol nyilvánvalóan nőtt a részegységek száma is és a köztük lévő kapcsolatok száma is, tehát nőtt az ő módszere szerint mért komplexitás is. Erre hirtelen közölte, hogy nem is az a komplexitás, amit az előbb, mondott.
-Nagyon nehéz eldönteni, mi számít genetikai információnak. Az élőlények genomjának jelentős része zaj. Ezt nem véletlen nevezik junk DNS -nek, semmi köze az adott élőlény működéséhez. Például az emberi genom felét kiteszik a különböző ugráló genetikei elemek maradványai, csak Alu elemből olyan ötvenezer példányt tartalmaz mindegyikünk genomja. Ez oké, hogy genetikai információ, mert egy treanszpozon, végülis valamilyen öncélú működés hozzárendelhető, de mégis mi köze van ahhoz, hogy ez a genom egy ember felépítését írja le?
Néhány megjegyzés:
A tömörítés, legalábbis a Huffman-kódolás, a lokális korrelációkra érzékeny, és teljes mértékben alkalmas független eloszlásból generált véletlen szekvenciák és bármilyen lokális korrelációkkal rendelkező szekvenciák közti különbségtételre, ha a szekvenciák hossza és GC tartalma azonos. Amennyiben a hosszuk vagy a GC tartalmuk nem azonos, úgy mindkettővel lehet korrigálni. És a módszer egyetlen szekvenciára ugyanúgy működik, mint többre, de azt tudni kell, hogy itt mindennek van statisztikus szórása, tehát a különbségeket a szóráshoz kell viszonyítani. A szórás nagysága a bázispárok számának gyökével arányos, azaz 100 vagy 1000 hosszú szekvenciák is még relatíve kicsinek számítanak és csak statisztikusan értékelhetjük ki az eredményeket. Több szekvencia csupán azért jó, mert növeli a statisztikát, de egy-egy szekvenciára is elvégezhető az összehasonlítás releváns módon, csak akkor hosszabb szekvenciákat kell tekinteni, hogy konfidencia szinten belüli eredményt kapjunk. A tömörített fájlok méretét kár volt fölsorolni, mert nem tudom a tömörítési algoritmust, és az összehasonlítás is értelmetlen, amíg a szórás nincs kiszámolva.
Azonban szakadjunk el most egy kicsit a tömörítéstől, mert az csak egy egyszerű példa volt. A DNS-ben ugyanis nem csak lokális korrelációk vannak. Alapvetően a DNS és a véletlen szekvenciák közti különbség az, hogy a DNS-ben vannak korrelációk, a random szekvenciában meg nincsenek, ha független eloszlásokból lettek generálva. Ez pedig kimutatható rengeteg matematikai módszerrel, lásd az idézett cikkeket, vagy a Huffman-kódolást, amely a korrelációk egy részét, a lokálisakat, kimutatja. Éppen ez mutat rá arra, hogy az egész kérdésnek csak akkor van értelme, ha a DNS-ben lévő minden statisztikai korrelációt szimulálnánk, azaz nem független eloszlásokból generálnánk a pszeudo-DNS szekvenciát. Elvileg ez megtehető, és akkor valóban nem lehetne különbségeket kimutatni külső információ nélkül. Azaz egy matematikusnak, ha odadnál két ilyen szekvenciákat tartalmazó halmazt, akkor ő nem tudna statisztikus különbségeket kimutatni. Ez persze nem jelenti azt, hogy egy biológus háttér tudást felhasználva ne tudna kimutatni különbségeket. Ez az amit mondtam, hogy önmagában csak a jel értelmetlen, a kódolással nyer információ tartalmat, ami egyben azt is jelenti, hogy legalább egy hierachikus szinttel feljebb kell lépnünk biológiai információk alapján, és például a fehérje interakciós hálózatot megnéznünk. Akár lehetne is egy olyan komplexitás definició, ami a fehérje interakciós hálózatot vagy a génregulációs hálózatot tekinti alapnak, annak sokkal több értelme lenne. Például lehetne komplexitásnak tekinteni a hálózaton kialakuló dinamika attraktorainak számát, vagy az attraktor eloszlás entrópiáját, ami az ún. basin entropy. Ezeregy definiciót el tudnék képzelni, és azt is el tudom képzelni, hogy egy ilyen komplexitásról be lehetne látni, hogy nő az evolúció során, legalábbis statisztikusan. Sőt ezt szerintem már biztos vizsgálták, érdemes lenne utánanézned, mert téged biztos érdekelne, és érvként lehetne használni.
Ha egy rendszer komplexitásáról beszélünk, annak nincs értelme önmagában, ahogy semmilyen jelzőnek. Nagyon elcsépelt leszek, de ide illik az az Einsteini frázis, hogy minden relatív. Nem csak a tér és az idő, de minden más is. Az a kötél, amin egy hangya mászik, az számára két dimenziós felület, de ha messziről nézünk rá, például egy kötéltáncos számára egydimenziós. Ha mondjuk valaminek a merevségéről beszélünk, az is attól függ hogy milyen közelről nézzük és milyen környezetben. Hasonlóan valaminek a komplexitására rákérdezni csak akkor lehet, ha eldöntjük, hogy például a struktúrájának vagy a dinamikájánaka komplexitásáról akarunk beszélni? Ha mondjuk a dinamikájának a komplexitásáról, akkor az függ attól, hogy milyen környezetet engedünk meg neki, milyen peremfeltételeket. Akármilyen komplex is valami, ha rámegyek egy traktorral, akkor nem fogja tudni megmutatni a komplexitását. És végül ne keverjük össze a komplexitást az értelemmel. És ne felejtsük el a normálás sem, mert egy DNS egy sejtben van, de sok sejtünk van. A normálás ebben az esetben egyáltalán nem triviális az említett kapcsolatok miatt. Vannak a szervezetünkben minőségileg és mennyiségileg komplex dolgok is: például az idegsejtjeink nem feltétlenül komplexebbek más emlősökénél, de itt a mennyiség számít leginkább, ugyanakkor mégsem választható szét a kettő, mert a hálózat is lényeges!
G. M. E.:
Látod ezért mondtam, hogy nem egyszerű a kérdés, ugyanis legutóbb még egy szót sem ejtettél a GC tartalomról, sőt egészen pontosan azt állítottad, hogy bármilyen hosszúságú szekvenciára alkalmazható ez a módszer, mutattam egy pár példát, hirtelen kiderült, hogy mégsem, azt hiszem te sem gondoltad át ezt a tömörítéses dolgot egészen eddig.
Megmutatnád, hogyan lehet a GC tartalomra és a hosszra normalizálni? Legutóbb azt állítottad, hogy a tömörített állomány méretét elosztva a szekvencia hosszával már megfelelően normalizál a méretre, de most állítod, hogy nem. Akkor hogyan?
” hogy itt mindennek van statisztikus szórása, tehát a különbségeket a szóráshoz kell viszonyítani.”
Már bocsánat, de a bibi itt nem a szórásban van, hanem egyrészt hogy egy .txt állományt tömörítettünk, a tömörítés és maga az állomány létrehozása is pár bájtnyival növeli a tömörített szekvencia méretét, ezt mutatja ez a drámai különbség. Ez a bár bájt nyilván elhanyagolható, ha a szekvencia több kilobázisnyi, de nagyon is nagy különbséget okoz, ha a szekvencia maga pár bázis összesen. Másrészt egy rövidebb szekvencia mindig rosszabbul tömöríthető, azon egyszerű oknál fogva, hogy kevesebb ismétlődés található benne. Ezért csalóka a tömörített állomány.
“A tömörített fájlok méretét kár volt fölsorolni, mert nem tudom a tömörítési algoritmust, és az összehasonlítás is értelmetlen, amíg a szórás nincs kiszámolva.”
Eddig sem ismerted az algoritmust, de ez nem akadályozott meg benne, hogy 3,6% -nyi méretkülönbségből messzemenő következtetéseket vonj le, itt most 550% -nyi különbségekről beszélünk. Ugye nem azt akarod mondani, hogy a zip tömörítő algoritmus lehetséges, hogy egy száz bázispár hosszúságú betűsort öt kilobájtnál nagyobb állományba tömörít be? De kérlek, ha szórást akarsz számítani, szabadon hozzáférhető a zip tömörítő és a szekvenciageneráló program is, nyugodtan készíts mindből huszat és számold ki a szórást!
“Azaz egy matematikusnak, ha odadnál két ilyen szekvenciákat tartalmazó halmazt, akkor ő nem tudna statisztikus különbségeket kimutatni.”
Ezzel réges-régen eltértünk a tárgytól, vagyis, hogy mi is az a komplexitás? Tök egyszerűen előállíthatóak olyan algortmusok, amik becsapnak egy statisztikai elemzést, példaként kipróbáltam, hogy egy 300 bp hosszúságú véletlen szekvenciát generáltam, majd ezt addig másolgattam egymás után, amíg 17939 bp hosszúságú nem lett. Majd becsomagoltam, meglepő módon 5166 bájt méretű állományt kaptam (9. minta). Aztán készítettem száz bázispárnyi véletlenszerű szekvenciát, ezt is annyiszor másoltam egymás után, hogy 17939 bp hosszúságú legyen, de ez tömörítve 239 bájt (10. minta). Bármi indokolja, hogy ilyen drámai különbséget lássunk e két szekvencia között, csak azért mert az egyikben egy száz bázisnyi szekvencia ismétlődik, a másikban pedig egy háromszáz bázisnyi?
“Például lehetne komplexitásnak tekinteni a hálózaton kialakuló dinamika attraktorainak számát, vagy az attraktor eloszlás entrópiáját, ami az ún. basin entropy.”
Ez a meghatározás tökéletesen használhatatlan, egyszerűen azért, mert egyetlen élőlénynek sem ismerjük ezeket a tulajdonságait teljesen, úgyhogy ugyanoda jutunk vele, mint Darwin kortársai a fejlettséggel: Nem tudjuk mérni, vagy két élőlény között összehasonlítani. Akkor honnan tudjuk, hogy ennek bármi értelme van?
@G. M. E.: Milyen korrelaciok vannak a DNS-ben? Elmagyaraznad, mire gondolsz?
>>> Látod ezért mondtam, hogy nem egyszerű a kérdés, ugyanis legutóbb még egy szót sem ejtettél a GC tartalomról,
A GC tartalomról csak azért nem szóltam, mert természetesnek vettem, hogy arra is korrigálni kell, mert egyébként nincs értelme az összehasonlításnak. Gondolj bele, hogy határesetben mondjuk a GC tartalom zérus, akkor nem tudsz információt közölni, tehát az információ közlési kapacitás függ a GC tartalomtól, vagyis kötelező figyelembe venni, ha összehasonlítást akarsz tenni!
>>> sőt egészen pontosan azt állítottad, hogy bármilyen hosszúságú szekvenciára alkalmazható ez a módszer…
Másodszor is azt állítottam, hogy bármilyen hosszú szekvenciára alkalmazható!
>>> Megmutatnád, hogyan lehet a GC tartalomra és a hosszra normalizálni?
A pontos normalizációs eljárás statisztikai kérdés, amely ekvivalens a cinkelt érmefeldobás problémájával. A normalizálás meghatározása valóban egy kis utánagondolást és számolást igényel, azonban az egyértelműen kikalkulálható. Nem igazán van most időm rá, reméltem, hogy ez számolás nélkül is érthető. Ha mégis igénylitek, akkor majd kicsit később leírom. De addig is: belinkeltem pár cikket, azokat elolvastátok?
>>> Eddig sem ismerted az algoritmust, de ez nem akadályozott meg benne, hogy 3,6% -nyi méretkülönbségből messzemenő következtetéseket vonj le…
NEM vontam le messzemenő következtetéseket, csak azt mondtam, hogy ELVILEG jó lehet. Mivel nem tudtam az algoritmust, ezért kihangsúlyoztam korábban is, hogy a Huffman-kódolásra vonatkoztatom inkább az állításomat, amely kódolást egyébként a legtöbb tömörítő használ, de attól jelentős eltérések lehetnek egyedi esetekben. Lehetséges az is, hogy az adott tömörítő program több potenciális algoritmus közül az adott esetre éppen legoptimálisabbat használja, azaz előfordulhat, hogy például más algoritmust alkalmaz a random szekvenciára, és mást a DNS-szekvenciára, ezért mondtam, hogy NE lovagoljunk a továbbiakban a tömörítő algoritmuson, mert az információ hiányában ellenőrizhetetlen. MARADJUNK a Huffman-kódolásnál! Megjegyzem, ezen a ponton kicsit úgy érzem, hogy a levegőbe beszélek, mert minden megjegyzésembe bele akarsz kötni, akkor is ha nem lehet.
>>> Ezzel réges-régen eltértünk a tárgytól, vagyis, hogy mi is az a komplexitás?
Egyáltalán nem tértünk el a tárgytól, mert ez a probléma gyökere. Csak ismételni tudom magamat: önmagában csak a jel értelmetlen, a kódolással nyer információ tartalmat és komplexitást is. Persze definíció kérdése, hogy egy betűsorozatot mikor nevezünk komplexnek, de ha minden betű például ugyanazt jelentené, akkor a sorozat nem kódolna információt és komplexitása se lenne. Hadd mondjak egy triviális példát. A “lyjjjlyjlyjjlylylylyjlyjjjjlyjlyj” karaktersorozat komplexnek nézhet ki a papíron, de a hang, amit kódol nem komplex. A DNS-ben sem egyforma információ tartalommal rendelkezik minden bázis trió, amik az aminosavakat kódolják.
Egyébként található a neten egy komplexitás lista:
http://www.google.hu/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&ved=0CDIQFjAA&url=http%3A%2F%2Fweb.mit.edu%2Fesd.83%2Fwww%2Fnotebook%2FComplexity.PDF&ei=69G2UeLzMomDOLLGgfAK&usg=AFQjCNHRtx2OyAWjTrHZiRr2u3gMKgscpg&sig2=Cgect2jvz-AFQwqNeGVoIg&bvm=bv.47534661,d.ZWU&cad=rja
Nagy a gyanúm, hogy ezek közül kivétel nélkül mindegyik kimutatja a statisztikus különbséget a véletlen szekvencia és a DNS között! De ezek mind csupán matematikai definíciók, és annak ellenére, hogy különbséget tudnak tenni a véletlen szekvencia és a DNS között, továbbra is azt mondom, hogy nincs értelme, mert a DNS komplexitását nem a karaktersorozat komplexitása adja, hanem plusz biológiai és kémiai információkra van ahhoz szükség, hogy definiálhassuk. Végeredményben természetesen a kifejlett egyed komplexitása adja a komplexitást, aminek a definiálása éppoly problémás.
>>> Például lehetne komplexitásnak tekinteni a hálózaton kialakuló dinamika attraktorainak számát, vagy az attraktor eloszlás entrópiáját, ami az ún. basin entropy.
Attól függ, hogy milyen hálózatot veszünk. Mondjuk a fehérje interakciós hálózatokat sem ismerjük pontosan, de nagyságrendileg és struktúrájukban igen, és a hálózatkutatási eredmények tipikusan nagyon robusztus eredményeket adnak. Az ilyen modellekből számolt eredmények nagyságrendileg elég jól közelítik a valóságot. Csak érzékeltetés céljából: a nagyon primitív Kauffman-modell is nagyságrendileg jól adta vissza például a sejttípusok számát a hálózat nagyságának függvényében már néhány évtizeddel ezelőtt. Mindezek ellenére, ha ezeket a jelenlegi mért adatok alapján mégis használhatatlannak érzi valaki a jelenben, nem biztos hogy a jövőben ne lenne használható, de a legfontosabb, hogyha ma még nem tudjuk mérni, attól még lehet egy jó mérőszám. És a kreacionisták se tudnak mérni semmit, hiszen akkor nem tetted volna fel a kérdést. Ettől függetlenül, lehet, hogy a kreacionisták ráéreztek valamire, amit nem tudnak definiálni 🙂
Sziasztok!
Ehhez az intelligens tervezessel kapcsolatos irashoz mit szoltok?
mindennapi.hu/cikk/tudomany/a-darwinizmus-elakadt-osszeomlik-az-evolucioelmelet-/2012-02-02/1257
Remlik, hogy valamelyik Dawkins konyvben olvastam pl. a bakteriumok flagellumanak problematikajarol, de nem jut eszembe, melyikben.
@G. M. E.: “Ettől függetlenül, lehet, hogy a kreacionisták ráéreztek valamire, amit nem tudnak definiálni :)”
Meg az is lehet, hogy raereztek valamire, aminek semmi alapja, ami egyszeruen butasag.
Hogyan dontsunk a fenti ket allitas kozott?
Kedves bogyó!
Néhány cikket már említettem, de ha túl hosszúak, akkor itt van néhány link, amiken ábrákon van szemléltetve:
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022283604010137#fig5
http://www.xtremweb-hep.org/spip.php?article74
@RagTiger: Ahogy megláttam, hogy a faszi az ID-ről fog papolni, már sejtettem, hogy minden hülyeség lesz benne. A java részéről ebben a blogban is olvastam. Dawkinsnak talán az Önző gén című könyvében van a flagellum-probléma (elég rég olvastam). De a problémát a “God of the Gaps” módszerrel betölteni finoman szólva is baromság.
@RagTiger:
A szokásos hülyeség. Fogtak valami valláskárosultat és megkérdezték, hogy ő tényleg hívő -e? Miután azt válaszolta, hogy igen, megkérdezték, hogy nem gondolja, hogy ez egetverő hülyeség? Erre mi mást válaszolhatott volna, mint hogy dehogyis, sőt, tíz év múlva már mindenki látni fogja, hogy nekem volt igazam.
A flegellumról elég sokat írtunk, meg az egyszerűsíthetetlen összetettségről is:
criticalbiomass.blog.hu/2011/02/13/biokemiai_utak_evolucioja
criticalbiomass.blog.hu/2010/12/30/az_egyszerusithetetlenul_osszetett_rendszerek_kialakulasa
criticalbiomass.blog.hu/2010/10/02/bovulo_flagellum
criticalbiomass.blog.hu/2010/09/18/egyszerusitheto_osszetettseg
criticalbiomass.blog.hu/2010/09/14/flagellin_kolcsonbe
criticalbiomass.blog.hu/2010/09/06/ket_ostor_meseje
criticalbiomass.blog.hu/2010/03/31/nem_ertik_7_re_re_csokkenthetetlen_komplexitas
criticalbiomass.blog.hu/2011/01/08/wolbachiak_es_az_egyszerusithetetlen_osszetettseg
criticalbiomass.blog.hu/2010/10/29/nem_ertik_8_a_labastyuk_legendaja
criticalbiomass.blog.hu/2009/07/21/nem_ertik_4_egyszerusithetetlen_osszetettseg
@G. M. E.:
Nézd, tényleg semmi szükség erre az arcoskodásra, én nem akarlak bántani téged, vagy éppen beléd kötni. Egyszerűen fogom a folyton változó módszeredet és egy-egy példán kipróbálom. Éppen ezért alapvetően röhejesek ezek a becsúszó mentéseid, mint például a GC tartalommal, nyilván eszedbe sem jutott soha ilyesmi, amikor rákérdezek, akkor állítod, hogy annyira magától értetődő a GC tartalomra normalizálás, hogy azért nem említetted, de sajnos pont nem tudod megmondani, hogyan kellene elvégezni, “utánagondolást és számolást” igényel. Akkor kérlek, hogyan lehetne magától értetődő?
Ugyanez a helyzet a szekvenciák hosszával, megkérdeztem, hogyan normalizálnál a hosszra, nagyon magabiztosan állítottad, hogy a tömörített állomány mérete osztva a szekvencia hosszával jól normalizál, kipróbáltam, egyáltalán nem jó a módszer, de másodszorra is állítod, hogy elvégezhető egy ilyen normalizálás, csak éppen azt nem írtad le, hogyan?
Én éppen ezért írtam ki ezt a problémafeladatot, mert gyakorlatilag nulla erőfeszítésbe kerül most azonnal hasraütéses alapon kitalálni valami jól hangzó “komplexitás” meghatározást, de érdekes módon soha senki sem akarja alkalmazni őket, kicsit kipróbálgatni, hogyan működnek, milyen eredményre vezetnek? Tényleg azt javasolnám, hogyha kitalálsz egy újabb módszert, akkor próbáld ki néhány valódi szekvencián, hogy mégis milyen eredményre vezetnek, mert akkor nem kell ilyesfajta arcoskodás mellett visszaszívni a korábbi sziklaszilárd állításaidat.
“ezért mondtam, hogy NE lovagoljunk a továbbiakban a tömörítő algoritmuson, mert az információ hiányában ellenőrizhetetlen. MARADJUNK a Huffman-kódolásnál!”
Ugyanez a helyzet a tömörítőprogrammal. Először állítottad, hogy a zip tömörítő megfelelő, most már azt állítod, hogy csak a tiszta Huffmann tömörítés a megfelelő. Oké, van olyan programod, ami csak ezzel a módszerrel tömörít? Becsomagoltad vele a kérdéses állományokat? Mi lett az eredmény? Ugyanis úgy látom kezdesz belecsúszni a tökéletesen értelmetlen locsogásba, az ugyanis hit kérdése, hogy mi lenne az eredménye, ha egy szöveges állományt becsomagolnánk Huffmann kódolással, ez vajon hogyan viszonyulna egy másik ugyanígy tömörített állományhoz? No most ennek semmi értelme sincs, mert nyilván te sem fogod tudni fejben kiszámolni, mekkora lesz az 1., 2., 3., állomány mérete így csomagolva, sem én, főleg nem 3% pontossággal, úgyhogy teljesen értelmetlen erről bármilyen állítást tenni. Fogj egy pár szekvenciát, próbáld ki! Mi lett az eredménye?
“Nem igazán van most időm rá, reméltem, hogy ez számolás nélkül is érthető.”
Ez valahogyan minden kreacionista közös jellemzője, oldalakat írni bármiről mindig van idejük, csak valamilyen tényekkel alátámasztani az állításukat, arra pont nincs egy percük sem. Nekem például halvány fogalmam sincs róla, hogy te milyen módszerrel akartál GC tartalomra normalizálni, így kiszámolni sincsen lehetőségem. Ez a kisebbik baj, a nagyobbik, hogy erről neked sincs fogalmad sem. Szóval nem érthető, leginkább azért, mert te magad sem érted, csak reméled, hogy biztosan van valami módszer, ami működik.
“önmagában csak a jel értelmetlen, a kódolással nyer információ tartalmat és komplexitást is. “
No, itt van a kutya elásva: Hogyan dekódolod a DNS -t?
“A DNS-ben sem egyforma információ tartalommal rendelkezik minden bázis trió, amik az aminosavakat kódolják.”
Érdekes, ezt pont nem így gondolnám, mivel minden egyes triplet pontosan egy aminosavat határoz meg, illetve három a STOP kodont. Szóval meséld már el, hogy melyik tripletnek kisebb az információtartalma, mint a többinek és miért? Mondjuk melyiknek van magasabb információtartalma az ATG vagy az AAT tripletnek?
“Nagy a gyanúm, hogy ezek közül kivétel nélkül mindegyik kimutatja a statisztikus különbséget a véletlen szekvencia és a DNS között! “
A gyanúdra valami bizonyíték? Esetleg kipróbálnád őket? Ettől problémafeladat.
“Végeredményben természetesen a kifejlett egyed komplexitása adja a komplexitást, aminek a definiálása éppoly problémás.”
No de itt vagyunk, ahol Darwin százötven éve kezdte: Mennyi a kifejlett egyed komplexitása? Ha nem tudod megmérni egy jószág komplexitását, sőt nem tudod összehasonlítani más jószágok komplexitásával, honnan tudod, hogy van neki olyan? És ha minden élőlény komplexitása azonos, 7342 KE (=komplexitás egység)?
“Mondjuk a fehérje interakciós hálózatokat sem ismerjük pontosan, de nagyságrendileg és struktúrájukban igen”
Példa? Mert érdekelne, milyen adatokból állítasz össze egy ilyen hálózatot.
Epp a mai sajttoban volt egy cikk, ami ide kapcsolodhat:
index.hu/tudomany/2013/06/13/megfejtettek_az_emiliania_plankton_genomjat/
Ennek a pici egysejtu alganak “A tudósok szerint a fitoplankton genomja hússzor kisebb, mint az emberé, de legalább egyharmadával több gént tartalmaz.”
Akkor az ember avagy ez a joszag a komplexebb?
@G. M. E.: Arra kernelek, hogy fejtsd ki, sajat szavaiddal, mire gondolsz, milyen korrelacio van a DNS-ben. A cik amit most adtal, azt nem ezt tamaszta ala, hanem ellenkezoleg, azt momdja, hogy HA van ismetlodes AKKOR valamilyen szerkezete lesz, nem pedig azt, hogy VAN ismetlodes (amit te korrelacionak nevezel).
Nem arulok zsakmamacskat szerintem nincs hosszu tavu korrelacio, a helyi DNS szekvenciabol nem tudok kovetkeztetni arra, hogy bizonyos (tetszoleges) tavolsagban mi lesz a szekvencia.
@Sexcomb:
köszi a valaszokat mindenkinek, el is olvasom a linkelt bejegyzeseket!
>>> Egyszerűen fogom a folyton változó módszeredet és egy-egy példán kipróbálom.
Nem az én módszerem változott, hanem a kérdésed változott folyamatosan. Feltettél egy egyszerű kérdést, amire a Huffman-kódolás, és ezeregy másik módszer, lásd a cikkeket, helyes válasz volt. Erre te pontosításként kezdted el a változó hosszt és a változó GC tartalmat, amire ezek a módszerek ugyanúgy válaszok értelemszerű módosítással.
>>> Éppen ezért alapvetően röhejesek ezek a becsúszó mentéseid, mint például a GC tartalommal.
Inkább az a röhejes, hogy nem érted meg, amit mondok. Elmondtam, hogy a GC tartalom változtatásával a kérdésfeltevés veszíti értelmét, és valójában a kérdés feltevőnek kéne korrigálni a kérdést úgy, hogy értelme legyen az összehasonlításnak, nem pedig a válaszadónak. Ennek ellenére ha lesz egy kis időm, majd elvégzem az utánagondolást helyetted, hogy végre tisztába tegyük.
>>> Akkor kérlek, hogyan lehetne magától értetődő?
Az a magától értetődő, hogy normálni lehet, és hogy ez szükséges, mert egyébként értelme sincsen az összehasonlításnak!
>>> …mert akkor nem kell ilyesfajta arcoskodás mellett visszaszívni a korábbi sziklaszilárd állításaidat.
Semmit nem szívtam vissza. Nem tudom ezt hol olvasod. És én nem arcoskodásból írtam, hanem azért mert ez egy érdekes kérdés, csak véleményem szerint rosszul van feltéve, és számomra fontos, hogy tisztába tegyük. Amit feltettél kérdés, nem biológiai volt, hanem matematikai, és én a fizika doktoraként minden állításom mellett kiállok. Ha hülyeséget mondok, arra rá lehet mutatni, de ez egyáltalán nem történt meg eddig. Amiket mondasz, csak folyamatos ismételgetés a válaszomra való érdemi reakció nélkül plusz egy kis személyeskedés, amiből kezd egyre több lenni.
>>> arra pont nincs egy percük sem
>>> te magad sem érted, csak reméled, hogy biztosan van valami módszer, ami működik
Belinkeltem egy csomó cikket és grafikont is amiken látszik a kérdésedre a válasz. Megnézted őket ???
Mi értelme van a te általad készített szekvenciákon szórakoznom, ha erre a kérdésre már tudományos kutatásban megszületett a válasz? Talán hitelesebb lenne blogbejegyzésben igazolni?
>>> No, itt van a kutya elásva: Hogyan dekódolod a DNS -t?
“A DNS-ben sem egyforma információ tartalommal rendelkezik minden bázis trió, amik az aminosavakat kódolják.”
>>> Szóval meséld már el, hogy melyik tripletnek kisebb az információtartalma, mint a többinek és miért?
Információelméleti szempontból annak van nagyobb információtartalma, ami nagyobb meglepetést okoz, azaz ritkább. Alapvető információelméleti fogalom, lásd. például
hu.wikipedia.org/wiki/Shannon-entr%C3%B3piaf%C3%BCggv%C3%A9ny
Mivel az aminosavak előfordulási valószínűsége eltérő, ezért eltérő az egyedi információ tartalmuk is az információelmélet szerint.
>>> A gyanúdra valami bizonyíték?
Igen, az említett cikkekben jónéhányra van.
>>> érdekelne, milyen adatokból állítasz össze egy ilyen hálózatot.
Nem tudom miért érdekel, de nyilván te is ismered a módszereket. Nyilvánvalóan mindegyik nagyon pontatlan, ezért mondtam, hogy nagyságrendileg és struktúrájában. De ha szükséged van a válaszomra, mert abba szeretnél belekötni, akkor felőlem bármelyik módszert szabadon veheted. Összefoglalásul lásd itt:
en.wikipedia.org/wiki/Methods_to_investigate_protein%E2%80%93protein_interactions
“Meg az is lehet, hogy ráéreztek valamire, aminek semmi alapja, ami egyszerűen butaság.”
Nem ez egyáltalán nem így van! Magát az elméletet én is hatalmas butaságnak tartom, de ettől függetlenül rámutat olyan dolgokra, amik ha nem is ingatják meg a jelenlegi tudományt és az evolúciót, mégis egyelőre megválaszolatlan és nagyon fontos kérdések, amikre a tudománynak igenis válaszolnia kell tudni, mert anélkül nem egy kikezdhetetlen elmélet az evolúció sem. Gondolok például az ún. egyszerűsíthetetlen komplexitás fogalmára, amelynek megmagyarázása az evolúciós elmélet feladata. Az egy dolog, hogy az evolúció egy működő irányt definiál, és vannak megfigyeléseink, amik látszólag összhangban vannak vele, azonban azt is meg kell tudni magyarázni elméleti szinten, hogy a rendelkezésre álló idő alatt valóban lezajlódhatott-e, mégpedig bizonyos értelemben “folytonos” módon. Az ilyen típusú kérdések jelenleg is a tudomány élvonalába tartozó kutatásokat érintenek, és még nagyon gyerekcipőben járunk szerintem.
@RagTiger:
William Collier professzor(?) valószínűleg nem ismeri az evolúcióelméletet ha szerinte arról szól, hogy a kutyából macska lesz, mivel a jelenleg élő fajok nem egymássá alakulnak át, ezt csak ő próbálja belemagyarázni az evolúcióelméletbe.
“A darwinizmus elakadt – összeomlik az evolúcióelmélet?”
nem
Senki sem állította, hogy egy kutyából macska lehet vagy egy medúzából cápa az evolúció során. Valahol volt mindkét párnak egy-egy közös őse, amelyből különböző állatok fejlődtek ki. Collier gondolatait senki nem állítja, ezért a mindennapi.hu jól felfogott érdeke lett volna, hogy ne szalmabábokkal vitatkozó tudósokat idézzen
Az ID-sek szeretik lóbálni az E. Coli flagellumát, de azt már nem említik meg valamiért, hogy vannak sokkal egyszerűbb flagellumok is a természetben, például az összes Gram-pozitív baktérium osora, az ő ostorukból hiányzik az FlgI fehérje ami az e. coli flagellumának működéséhez kell, tehát ennek az “EÖ” rendszernek megtalálható egy olyan változata, amelyből hiányzik az egyik alkotórész, mégis működik.
Elfelejtkeznek arról, hogy az ostor alkotó részeinek nem kellett mindig ostort alkotniuk.
“Az evolúció csak lépésről lépésre tud ilyen komplex rendszert összehozni”
Nem igaz, vannak ritka, nagy, a szervezet egészének alapstruktúráját átrendező változások.
@G. M. E.:
“Feltettél egy egyszerű kérdést, amire a Huffman-kódolás, és ezeregy másik módszer, lásd a cikkeket, helyes válasz volt. “
Azt kérdeztem eredetileg is, hogy aki tudja mi az a komplexitás, az mérje meg és mutassa meg az eredményt. Egyetlen egy olyan válasz sem érkezett, amelyben valaki azt állította volna, hogy: “Én így mérem a komplexitást, kiszámoltam és 134 KE, 136 KE és 1234 KE lett a végeredmény.” Előre leszögeztem, hogy a többi, nyilvánvalóan számos módszer nem érdekel.
K001:Akkor azt állítod, egy élőlény genomjából származó szakasz és a vele azonos GC tartalmú, azonos hosszúságú véletlen szekvencia elkülöníthető egymástól úgy, hogy Huffmann kódolással becsomagoljuk, majd a legkisebb méretű állományt eredményező származik élőlényből?
K002: Mekkora lett ez a három így tömörített állomány?
“Erre te pontosításként kezdted el a változó hosszt és a változó GC tartalmat”
Semmi ilyet sem tettem, egyszerűen kipróbáltam a módszeredet három másik szekvencián is, ahol már nem működött. Nyilván az nem túl jó megoldás, ami csak pont erre a három szekvenciára illik, más szekvenciákra meg nem.
K003: Állítod, hogy ez a módszer másik három, tetszőlegesen kiválasztott (az egyszerűség kedvéért azonos hosszúságú és GC tartalmú) szekvenciára is működne? Mert ha nem, akkor nyilván az eredmény egyszerű véletlen, dobókockával is ki lehetett volna dobni, 33% eséllyel az is helyes választ adott volna.
“Belinkeltem egy csomó cikket és grafikont is amiken látszik a kérdésedre a válasz. “
Melyik cikkben számították ki az 1.txt 2.txt és 3.txt szekvenciák komplexitását? Akkor melyikben látszik a válasz?
“Nem tudom miért érdekel, de nyilván te is ismered a módszereket. Nyilvánvalóan mindegyik nagyon pontatlan, ezért mondtam, hogy nagyságrendileg és struktúrájában. “
Pontosan azért érdekel, mert ismerem a módszereket. Például azt is tudom, hogy a “fehérje interakció” bármit jelenthet a világon, azt is hogy a két fehérje komplexet alkot, hogy az egyik mondjuk proteolitikus hasítással aktiválja/inaktiválja a másikat, vagy hogy az egyik enzim terméke a másik szubsztrátja és még vagy ezer dolgot. Mivel hogy hálózatokat bármiből építhetünk, így léteznek például genetikai hálózatok is, amiknek semmi közük sincs a fehérjekomplexekhez.
A hivatkozott oldal alapján te arra gondolhatsz, hogy két fehérje valamilyen komplexet képez egymással. Ezzel az a bibi, hogy ugye ez nem bináris eredmény, hogy két fehérje komplexet képez vagy nem, egy fehéjrekomplex ugyanis csak disszociációs állandóval jellemezhető ( en.wikipedia.org/wiki/Dissociation_constant ). Úgyhogy ha ebből akarsz adatbázist hegeszteni, akkor attól függően, mekkora Kd értéknél húzod meg az “interakció” határát, minden egyes adatbázisból találhatsz interakciót az összes fehérje között és egyik között sem, azaz teljesen tetszőleges eredményeket hozhatsz ki ebből. Ezért érdekelne, hogy te hogyan határoznád meg a Kd értéket, ami alatt “interakcióról” beszélsz és honnan tudod, hogy jó helyen húztad meg ezt a határt?
“Gondolok például az ún. egyszerűsíthetetlen komplexitás fogalmára, amelynek megmagyarázása az evolúciós elmélet feladata. “
És csak ezen a blogon még csak tízszer foglalkoztunk ezzel:
criticalbiomass.blog.hu/2011/02/13/biokemiai_utak_evolucioja
criticalbiomass.blog.hu/2010/12/30/az_egyszerusithetetlenul_osszetett_rendszerek_kialakulasa
criticalbiomass.blog.hu/2010/10/02/bovulo_flagellum
criticalbiomass.blog.hu/2010/09/18/egyszerusitheto_osszetettseg
criticalbiomass.blog.hu/2010/09/14/flagellin_kolcsonbe
criticalbiomass.blog.hu/2010/09/06/ket_ostor_meseje
criticalbiomass.blog.hu/2010/03/31/nem_ertik_7_re_re_csokkenthetetlen_komplexitas
criticalbiomass.blog.hu/2011/01/08/wolbachiak_es_az_egyszerusithetetlen_osszetettseg
criticalbiomass.blog.hu/2010/10/29/nem_ertik_8_a_labastyuk_legendaja
criticalbiomass.blog.hu/2009/07/21/nem_ertik_4_egyszerusithetetlen_osszetettseg
>>> Azt kérdeztem eredetileg is, hogy aki tudja mi az a komplexitás, az mérje meg és mutassa meg az eredményt. Melyik cikkben számították ki az 1.txt 2.txt és 3.txt szekvenciák komplexitását? Akkor melyikben látszik a válasz?
Már mondtam, hogy természetesen NEM tudom, hogy a kreacionisták hogyan mérik a komplexitást, tehát NEM tudok hozzászólni ilyen értelemben a kérdésedhez, és NEM is fogsz rá nagy valószínűséggel senkitől se választ kapni. De ez ilyen formában NEM is tudományos kérdés, hiszen arra kérdezel rá, hogy egy társadalmi/vallási csoport szerint egy fogalom micsoda.
Ha viszont a kérdés az, hogy van-e olyan mérőszám/algoritmus, amely különbséget tesz a random szekvenciák és a valódi DNS-ek között, akkor az tudományos kérdés, és arra számtalan módszer van, te is említettél ilyet, és nem tudom miért zárod ki ezeket. Konkrétan a te három szekvenciádat eddig valóban nem vizsgáltam meg, mert tök fölöslegesnek tartottam, amikor az idézett cikkeben sokkal hosszabb és sokkal több random szekvenciát vizsgáltak, mégpedig dokumentált módon. A te szekvenciáidról azt sem tudjuk, hogy milyen értelemben randomok. Nem mindegy hogy GC karakterek randomok, vagy a triplettek, vagy az egyes aminósavak, és hogy milyen eloszlás szerint. Ezt eddig nem firtattam, de ha konkrét számszerű összehasonlításokat szeretne az ember, akkor nem mindegy. Nagyon unom már ezt az értelmetlen vitát, de csak a kedvedért megvizsgáltam a szekvenciáidat. Kíváncsi leszek, hogy a módszerben mit nem fogadsz majd el.
Ha a szekvenciák biológiai jelentésétől eltekintünk, azaz egy matematikusnak adjuk oda a sorozatokat, akkor a különbség alapja, ahogyan már említettem, csakis a bennük lévő korrelációk. Ezért vegyük most komplexitásnak az ún. serial correlation coefficient nevű mennyiséget. Hangsúlyozom, nem tudom, hogy a kreacionisták ezt gondolják-e komplexitásnak, de ez egyfajta komplexitás mérőszám, amely különbséget tud tenni a kitűzött probléma szekvenciái között, tehát véleményem szerint tökéletes megoldás. Lehet hogy más általad kívánt tulajdonságoknak nem fog eleget tenni, akkor majd kiderül, és végre mi is megtudjuk, hogy mik még azok a tulajdonságok, amiknek még meg kéne felelnie, de nem soroltad őket föl, pedig többször is rákérdeztem.
A serial correlation coefficient mérhető az alábbi oldalról letölthető programocskával:
http://www.fourmilab.ch/random/
ahol a hivatkozások is megtalálhatóak, ha valaki nem ismerné, hogy pontosan mi ez a szám.
A program eredménye az alábbi:
1.txt: Serial correlation coefficient is -0.001949
2.txt: Serial correlation coefficient is -0.003094
3.txt: Serial correlation coefficient is 0.100110
Jól látható, hogy a 3-as lóg ki a sorból, ahogy az korábban is meg lett sejtve. Az előjele is más, és a nagyságrendje is más, mégpedig olyan irányban, amit várunk. A zérus érték felelne meg egyébként a tökéletesen korrelálatlan sorozatnak. Az is jó ebben a módszerben, hogy tetszőleges hosszúságú és GC összetételű szekvenciákra jó, mert a serial correlation coefficient egy olyan mérőszám, amiben az említett normálás már benne van. Azért is választottam ezt a már ismert fogalmat, mert így nem kell most nekem számolgatnom.
Kedves Sexcomb! Nyaralni mentél? 🙂
@G. M. E.: OK, de ugye latod, hogy ez offolas. Mellebeszeles.
Mellesleg, ha az altalad kapott szamokat nezzuk, akkor a veletlen szekvencia eppenseggel magasabb “komplexitas ertekkel” bir mint a valodi elelonyekbol vett szekvenciak.
@G. M. E.: Majdnem. Trónok harcát nézek.
Úgy definiálod, ahogyan akarod. Nyilvánvalóan a pozitív korreláció felel meg nagyobb komplexitásnak, ez összhangban van az elvárásokkal.
@G. M. E.: No, pontosan ezt kérdeztem eddig. Ugye nem volt nehéz?
Ahogy a program leírásából kihámoztam ez a serial correlation coefficient valójában azt jelenti, hogy milyen eséllyel függ egy byte az előzőtől. A leírás alapján a teljesen véletlen szekvencia SCC értéke közel lesz a nullához, az előjele gyakorlatilag mindegy, egy nem-véletlenszerű szekvencia, a saját példájuk szerint egy C program SCC értéke 0,5 míg egy erősen megjósolható adatokból álló állomány, mint egy tömörítetlen bitkép SCC értéke közelít az 1 -hez. Lemértem a többi szekvencia SCC értékét is:
01.txt: -0,001949
02.txt: -0,003094
03.txt: 0,100110
04.txt: 0,003104
05.txt: 0,004780
06.txt: 0,000318
07.txt: 0,007291
08.txt: 0,021192
09.txt: 0,099389
10.txt: 0,120317
Már ennyiből is látszik, hogy a rövid véletlenszerű szakaszok ismétlődéséből álló szekvenciák ugyanolyan (9. minta, 300 bp hosszúságú véletlen szakasz ismétlődése), sőt, magasabb SCC értékűek (10. minta, 100 bp hosszú véletlen szakasz ismétlődése), mint a genomi szakasz, magyarul ismétlődő szakaszok ezt az elemzést simán becsapják.
Közben kerestem még pár gént, az ecetmuslica toll génjének SCC éértéke 0,128075 (11.txt), az ecetmuslica aktin5C génjének az SCC értéke 0,15387 (12.txt), a lozenge gén SCC értéke 0,100738 (13.txt). Kikerestem néhány emberi gént is, az emberi AceI gén SCC értéke 0,039457 (14.txt), az emberi TLR-2 gén SCC -je 0,066899, az emberi Lactoferrin fehérjét kódoló géné pedig 0,058883 (16.txt). Mondjuk ez nem túl meglepő, az emberi génekre általában jellemző, hogy sok apró exonból állnak, a D. melanogaster gének ehhez képest kevés, nagy exont tartalmaznak, nyilván az exonok emelik az SCC értéket, az intronok pedig csökkentik, lévén az intronok eleve közelebb állnak a véletlenszerű szekvenciákhoz, mert nagyrészt szabadon változnak, kevéssé konzerváltak. Kíváncsiságból megmértem az egér Lactoferrin génjének az SCC értékét, az 0,049229 (17.txt), de megnéztem az egér TLR-2 génjét is, ennek az SCC értéke 0,101425 (18.txt), az egér Ace I génjének SCC értéke pedig 0,028972 (19.txt). Ellenben ha egy E. coli flagellin gént nézünk meg, 0,085753 SCC -t ér el (20.txt). Egy másik E. coli gén, a WaaC SCC értéke 0,210474 (21.txt), egy harmadiké, a dinB géné viszont 0,174309 (22.txt). Akkor ebből milyen következtetés vonható le? Ezek valamilyen módon összehasonlíthatóak ezzel a módszerrel?
“és arra számtalan módszer van, te is említettél ilyet, és nem tudom miért zárod ki ezeket”
A kérdésed magában hordozza a választ: Mert én is el tudom különíteni a véletlen szekvenciát a genomitól vagy ötféleképpen. De a komplexitását nem tudom megmérni, ezért kértem, hogy aki tudja, hogyan kell, mutassa meg. Nyugodtan azt válaszolhatod megint, hogy te nem tudod mi az a komplexitás, de tudsz olyan algoritmust ami különbséget tesz a három szekvencia között, de arra megint csak azt tudom mondani, hogy ilyet én is tudok. Olyat nem tudok, ami alapján el lehetene dönteni, hogy egy adott mutáció növeli vagy csökkenti az élőlény komplexitását.
“Nem mindegy hogy GC karakterek randomok, vagy a triplettek, vagy az egyes aminósavak, és hogy milyen eloszlás szerint”
A négyféle bázist jelképező négy betűt teszi a program egymás után, valamilyen véletlenszám-generáló algoritmussal, nem tudom melyikkel, de mint ahogy a saját mérésedből is látszik az SCC értékük alapján elég jól közelítik a véletlenszerű szekvenciákat. Tripletekről csak fehérjekódoló szakaszok esetén beszélhetünk, nyilván azokhoz semmi köze a programnak, aminosavakból pedig fehérjék épülnek föl, nem DNS, mint ahogy magad is meggyőződhetsz róla a szekvenciák csak a négy nukleotidot jelképező négy betűt tartalmazzák, nem húszféle aminosavat jelképező húsz betűt.
Ami pedig a komplexitás méréshez szükséges:
a DNS-ek nyelvtanának ismerete (vagy legalábbis a valódi szakaszt leíró szakaszt leíró résznyelvtan) és a szemantika ismerete.
Ahogy ismert a DNS-ek nyeltvana és szemantikája, el lehet kezdeni a bonyolultságmértéken gondolkozni. Egyelőre még elég messzinek tűnik egy kromoszóma bonyolultságáról beszélni pl.
Ez még a jövő zenéje.
Szerintem G. M. E. a korrelációkkal kapcsolatban jó irányban keresgél, de a long range correlation (LRC) metrika alkalmazása lenne az igazán érdekes. (ez a metrika sem becsaphatatlan, de a teljesen random DNS aligha okoz gondot neki).
Az LRC metrika a nyelvészetből jön és a számítástudományban is felmerült az alkalmazása a szoftver bonyolultsággal kapcsolatban. Ld. pl. patakino.web.elte.hu/IKKK/metrika.pdf
Százával születtek cikkek a DNS LRC-metrikájával kapcsolatban, a “long range correlation” dna keresőkifejezés a googleben kb. 189000 találatot mutat.
Az egyik érdekes talán a
perso.ens-lyon.fr/francoise.argoul/Francoise%20Argoul%20%7C%20Mechanogenetics%20of%20the%20cell_fichiers/Arneodo_PhysicsReport2011.pdf
link alatt található. A 2. fejezetet ha jól értem, a DNS kettős hélix formája eleve feltételez long range korrelációt, a random DNS valószínűleg eleve nem lehetne kettős hélix alakú. Éppen ezért a korrelációk alapján alighanem korrektül lehet kiválasztani a három mintából a valódi DNS-t.
Sajnos nem ismerek progit ami LRC metrikát számol, majd keresek…
Nagyon régen volt már, nem olvasom újra az egészet, és úgy tűnt az ide vonatkozó matematikai módszereket mindenki ismeri, csak filozófiai illetve ismeretelméleti vita volt.
“A feladat roppant egyszerű: … megmondani a háromból melyik specifikusan összetett.”
Ezt könnyen meg lehet mutatni, ahogy a szerző is meg tudja csinálni és itt több módszer is ismertetésre került. Hogy magát a módszert komplexitásmérésnek nevezzük-e vagy mások annak nevezik-e és az milyen más releváns tulajdonságokkal bír, az nem volt kérdés, de a vita ehhez kapcsolódott.
Én csak azt mondtam, hogy ez a feladat így megfogalmazva nem elegendő a kreacionizmus bármilyen megítélésére. Egy kreacionista bármelyik matematikai módszert kiválaszthatja a feladat megoldására, és azt el kell fogadni. Belekötni csak egyéb plusz megkívánt feltételekkel lehet, ami jogos, de nem volt leírva. És szerintem nem is könnyű jól fogalmazni, sok a kiskapu.
“Ha ezeknek az elmélkedéseknek van bármi értelme, akkor ez nyilván egy egyszerű csuklógyakorlat, ordító különbséget kell találni a három szekvencia komplexitásában/specifikus összetettségében/információtartalmában/stb.”
Erre mondtam, hogy ordító különbséget találni könnyű, de ennek az elmélethez nem sok köze van.
De ami a lényeg a cél szempontjából rosszul megfogalmazott kérdésen kívül, hogy most valójában mi lenne az adekvált megközelítés, ha valaki komolyan gondolja ezt a komplexitás dolgot.
Azt gondolom, hogy semmiképpen sem egy olyan komplexitást keresünk, amely a DNS betüsorára vonatkozik önmagában, hanem egy olyant, ami a környezethez való viszonyát is definiálja. De szerintem erről már írtam.
@dzsaszper: A DNS-nek nincs nyeltvana és szemantikája, igy el sem lehet kezdeni a bonyolultságmértéken gondolkozni ezekbol kiindulva.
@dzsaszper:
Oké, de ki beszél DNSül, hogy meghatározza a nyelvtanát?
Ezzel a feladattal egy valamire szerettem volna rávilágítani: Az ezerszer hangoztatott érv, miszerint “nem lett komplexebb” egyszerű hazugság, soha senki sem mérte még meg egy élőlény komplexitását. Éppen ezért G.M.E. -nek abban igaza van, hogy egy kreacionista bármelyik módszert választhatná, de a valóság az, hogy egyiket sem választja, mert akkor lehetne neki olyan mutációt mutatni, ami növeli a komplexitást.
@Sexcomb:
De ha az igaz amit leírsz, akkor gondolom a te érved az volt, hogy valami komplexebb lesz, de ezek szerint neked sincs igazad… olyat kérsz számon amit te magad se definiálsz. Valamire rámondod, hogy komplexebb, bár te se tudod hogy mi az, és erre egy kreacionista rámondja, hogy nem az és ő se tudja… elég szélmalom harcot vívsz saját magaddal. Vagy egyszerűen csak szeretsz értelmetlen feszültséget kelteni?
Az biztos hogy ilyen értelemben G.M.E-vel kell egyetértenem, hogy magadat járatod le az ilyen feladványokkal, mert nem az észérvek, tudományosság számít, hanem az, hogy kit hogyan járatsz le, mert csak azt fogadod el önkényesen tudományos alap nélkül. Ez szerintem nem méltó a blogodhoz, de te tudod.
@Veszt:
Az én érvem elg régóta az, hogy a “komplexitás” úgy hülyeség, ahogy van, egy DNS szekvenciából nyugodtan számíthatsz egy indexszámot, aminek továbbra sem lesz semmi értelme sem.
A komplexitást én sohasem használtam érvként, ellenben gyakorlatilag minden vitában a kreacionisták előhozták, mindannyiszor megkérdeztem tőlük, hogy ugyan mi az, de eddig még soha egyik sem válaszolt erre az egyszerű kérdésre.
Én eleve megmondtam, hogy bármilyen számítási módszert elfogadok, amire egy kreacionista azt mondja, hogy szerinte az a komplexitás. Eddig egy sem jelentkezett, maga G.M.E. is onnan indult ki, hogy ő sem tudja, mit nevezne egy kreacionista komplexitásnak. Mint ahogy a feladatból is látszik, három szekvenciából meg lehet mondani, melyik kettő a teljesen véletlenszerű és melyik egy genom része, erre előkerült itt több különböző módszer is, a kérdés az, hogy ez komplexitás -e?
Nézd én senkit sem járatok le, van egy érv, amit minden kreacionista kívülről fúj, ebből gondoltam, hogy értik is, mit mondanak, csak ide kellene jönni és elmondani, hogy mi az a komplexitás, máris elkezdhetnénk vizsgálódni, hogy akkor látunk -e olyan mutációkat, amik ezt a mennyiséget növelik? G.M.E. módszerével egyértelműen lehet ilyet mutatni, a semmilyen információt nem hordozó repetitív szakaszok messze magasabb SSC értéket érnek el, mint a genomi DNS szekvencia.
@Sexcomb:
Tehát szerinted van olyan mutáció ami információt nem hordozó repetitív szekvenciát hoz létre?
Mert oké, hogy te számítógéppel legyártasz ilyet, de azt hittem élő rendszerektől van szó. És a tesztelés tárgya azokra vonatkozik. Mesterségesen bármit legyárthatsz, hogy igazold a feltevésed.
@Veszt: Van. Az emberi genom fele-kétharmada ismétlődő szekvenciákból áll, ez a természetben kifejezetten gyakori.
Szó nem volt arról, hogy mesterségesen akarok bármit legyártani, azt mondtam, hogy ha valaki végre elmondja, hogy mi az a komplexitás, akkor el lehetne kezdeni ellenőrizni, hogy akad -e olyan mutáció, ami ezt a mennyiséget növeli.
@Sexcomb:
És ezeket a szekvenciákat ismert mutáció hozta létre? Milyen mutáció képes erre? Illetve ezek funkció nélküliek, nem hordoznak információt?
De éppen azt mondtad, hogy G.M.E mondott egy számítást, ami a feladványodban az élőlényi szekvenciában nagyobb volt mint a randomban, de te egy mesterséges repetitív szekvenciával igazoltad, hogy szép, szép, de mégse komplexitás, mert mesterségesn tudod növelni ezt a számot. Ami most tehát a kérdésem, hogy természetben ez a szám növelhető-e? És lám ahogy te is írtad növekszik egy random szekvenciához képest az emberi genom több mint felében. Tehát ezek szerint az SSC érték jó arra, hogy egy szekvenciáról megmondja, hogy élőlénytől származik-e vagy sem.
Ha “komplexitást” akarnál vizsgálni, javasolnám, hogy a kreacionistákkal megegyezve, tehát nem ilyen szóló rambó akciókat elvégezve, egy általuk és általad megnevezett “komplex” és “kevésbé komplex” élőlény genomját vagy annak egy részét nézzétek meg és úgy már lehet beszélni “komplexitás” növekedésről, csökkenésről.
@Veszt:
“És ezeket a szekvenciákat ismert mutáció hozta létre?”
Nem, ezeket a jóistenke teremtette ilyenre.
“Milyen mutáció képes erre? “
Inszerciók, duplikációk, mozgékony genetikai elemek beépülése. Például az emberi genom csak Alu elemből egymillió példányt tartalmaz.
“Illetve ezek funkció nélküliek, nem hordoznak információt?”
Mint minden mozgékony genetikai elemnél a kérdés azon áll vagy bukik, hogy mi a genetikai információ? (Ezzel is sokszor érvel az ÉRTEM, de még sohasem mondták meg, mi is az.) Ha ugyanis genetikai információnak azt veszed, ami ahhoz kell, hogy te ember legyél, ne tengeri csillag, akkor nem. Ha az genetikai információnak számít, hogy “egyszer ez egy mozgékony genetikai elem volt, de tízmillió évek óta nem működik, csak hever a genomban a régen beépült akárhány működésképtelen példány”, akkor van, csak akkor meg semmi értelme genetikai információról beszélni, mert egyenlő a bázissorrenddel.
Pl: criticalbiomass.blog.hu/2012/06/08/csipkerozsika_411
Te valamit nagyon félreértettél. A probléma az, hogy ha ez a komplexitás, akkor például az emberi genomnak a legkomplexebb részei az egymás után punnyadó Alu elemek, amik semmit sem csinálnak, a legkevésbé komplex részei pedig a fehérjekódoló gének, amik úgy kb. az összes biokémiai működésedhez szükséges enzimet kódolják. Ez éppen ellentétes azzal, amit a komplexitástól várnánk, magyarul, hogy a genom működő részeiben magas, a nem-működő részeiben alacsony.
A másik dolog, hogy ez esetben a komplexitás minden további nélkül növelhető, ha az emberi genomba az egymillió Alu elem mellé beépülne még százezer, máris nőne a komplexitás, a nélkül, hogy bármi megváltozna benned. Ez megint ellentmondana annak, amit a komplexitásról gondolunk, hiszen így a genom komplexitása gyakorlatilag végtelenül növelhető, a nélkül, hogy az élőlény működése bármiben megváltozna, újabb működésképtelen mozgékony enetikai elemek hozzáadásával.
“És lám ahogy te is írtad növekszik egy random szekvenciához képest az emberi genom több mint felében.”
Abban a felében, ami csak genetikai hordalék, semmilyen funkciója sincs. Ez éppen az ellentéte a komplexitásnak, ha a nem működő részekben magas, a működő részekben alacsony.
“Tehát ezek szerint az SSC érték jó arra, hogy egy szekvenciáról megmondja, hogy élőlénytől származik-e vagy sem.”
Ezt már hosszasan kiveséztük, ez az érték, meg még ezer más arra jó, hogy megmondja egyenletes -e a bázisok eloszlása egy szekvenciában. A véletlenszerű szekvenciában nyilván nagyrészt egyenletes lesz, egy élőlény genomjában meg nagyrészt nem.
“Ha “komplexitást” akarnál vizsgálni, javasolnám, hogy a kreacionistákkal megegyezve”
Évekkel előtted járok: evolucio-vs-tervezettseg.blog.hu/2011/02/13/title_1605443#more2657336 A probléma, hogy a kreacionisták inkább szégyenszemre feladták a vitát, mert ők maguk sem tudták megmondani, mi az a komplexitás, amiről beszélnek. Úgyhogy, mivel a kreacionisták nem válaszolnak, maradnak ezek az akciók, hátha egyszer idetéved valaki, aki tudja mi az a komplexitás.
“egy általuk és általad megnevezett “komplex” és “kevésbé komplex” élőlény”
Na itt a probléma: Melyik élőlény komplexebb? Mitől komplexebb egyik, mint a másik? Visszajutottunk az alapkérdéshez.
@Sexcomb:
Arra akartam kilyukadni, hogy spontán pont mutáció kialakulhat környezeti hatásra. A genetikai ugrálóelemek már eleve szekvenciájukban hordozzák az ugráló tulajdonságukat. Az Alu elemek létrejötte is egy retrotranszpozon elemet feltételez. Tehát a te általad kreált repetitív elemek és a természetben talált repetitív elemek eredete elég messze van a teljesen random szekvenciától. Tehát valaminek meg kellett előznie azok létrejöttét. Tehát ha a teljesen random szakaszhoz képest az SSC érték nagyobb egy repetitív szakasznál az már mutat valami hátteret, hogy már egy önszaporító struktúrát feltételez és ez a semmihez képest már valami 🙂
És itt jön képbe az általad helyesen felvetett dolog, hogy mit nevezünk információnak. És éppen néhány hozzászólással korábban felvetették, a DNS mint nyelv problematikáját. Ha ebben a kontextusban nézzük akkor egyértelmű, hogy mi az információ, mégpedig az ami jelentést hordoz. Ha már nem íródik át róla fehérje, nincs start vagy stop kodon jelentése, nem okoz DNS kivágódást, vagy nem kötőhelye valamilyen fehérjének. Mert az emberlétet is csak ez határozza meg és nem az ami nem jelenik meg. Tehát én azt nevezném információnak, ami az élet folyamán hatással bír, legyen az pozitív vagy negatív.
Amit hangsúlyozni akartam, hogy a teljesen random szekvenciához képest a repetitív komplexebb, de persze egy teljesen funkcióképes fehérjéhez képest vagy egy élőlény teljes genomjához képest nem. De te mégis olyan utalást tettél, hogy a randomhoz képest a repetitív nem komplexebb, pedig éppen amiatt, hogy egy bizonyos alap motívumot hordoz. De ahogy helyesen írtad is, egy repetitív szakasz, már egy eleve működőképes genomhoz nem hozzátesz, hanem nem változtat rajta, rossz esetben ronthatja azt, ha rossz helyre épül be.
Te mit mondasz, szerinted van komplexebb és kevésbé komplex élőlény? Egysejtű-többsejtű? Ha másnem az egyik már feltételez egy olyan plusz dolgot, hogy a sejtek közötti kommunikáció magasabb szinten lehet mint az előzőnél, hiszen fizikai kontaktus jön létre köztük? Ez jó kiindulási alap lehet, nem? De ha te azt mondod, hogy ilyen nincs és felesleges bármilyen komplexitásbeli különbségről beszélni azt is megértem.
@Veszt:
Vannak autonóm és nem-autonóm motgékony genetikai elemek. Az előbbiek valóban maguktól is mozognak, az utóbbak nem. Azért hoztam példának a csipkerózsika elemet, mert az több tízmillió éve nem mozdul, mindegyik példánya működésképtelen. Akkor az most valami a semmihez képest? Mert nem szaporítja magát, de ettől függetlenül az SSC értéket ugyanúgy növeli. Ekkor viszont az SSC növelés a világon a legegyszerűbb, minden duplikáció, ami csipkerózsika elemet érint növeli az SSC értéket, máris megvan a komplexitásnövekedés a természetben.
Ráadásul akkor elég egyszerűen megkereshetőek a legkomplexebb élőlények, az egyik tüdőshal genomja például csekély negyvenszerese az emberének, nyilván ennyivel komplexebb is.
” Tehát én azt nevezném információnak, ami az élet folyamán hatással bír, legyen az pozitív vagy negatív.”
Akkor például az Alu elemek egy az egyben kihagyhatóak, mert semmit sem csinálnak. Ezért mondtam, hogy ha az SSC értéket a repetitív szakaszok növelik, akkor baj van, mert éppen a nem működő szakaszok lesznek a legkomplexebbek.
“Amit hangsúlyozni akartam, hogy a teljesen random szekvenciához képest a repetitív komplexebb”
De a módszert arra akarnánk használni, hogy élőlények komplexitását hasonlítsuk össze vele. Ezért mondtam, hogy egy csomó módszerrel megkülönböztethetőek az egyenletes báziseloszlású szakaszok a nem-egyenletesektől, de kérdés, hogy ez mit jelent?
“De te mégis olyan utalást tettél, hogy a randomhoz képest a repetitív nem komplexebb”
Akkor te tudod mi a komplexitás? Onnan indultunk ki, hogy nem. A másik kérdés, hogy ha egy véletlenszerű DNS szakasz duplikálódik, máris növeli a komplexitást, holott továbbra sem csinál semmit sem. Én csak annyit kérdeztem, hogy a változó SSC értéknek van -e köze bármihez a világon?
“Te mit mondasz, szerinted van komplexebb és kevésbé komplex élőlény?”
Szerintem teljesen fölösleges komplexitásról beszélni, mivel egymással össze nem hasonlítható dolgokat nem is lehet összehasonlítani. Például egy többsejtű bonyolultabb, mint egy egysejtű? Miért? Ha a sejtek számát nézed, valóban több sejtből áll, nyilván több génje is akad, ami a sejtek közti kapcsolatot szabályozza. De egy amőbának meg mondjuk száz scavenger receptora van, ha ezt veszed, akkor meg éppen az amőba komplexebb. A kérdés az, mit hasonlítasz mihez? A sejtek számát? Akkor a kékbálna a legkomplexebb emlős. A szervek kiegyénültségét? Az mi a frász? Az egyes terminálisan differenciálódott sejttípusok számát? Azt meg hogy méred?
Egyébként ha éppen az egysejtű-többsejtű már komplexitásnövekedés, akkor két példát is tudok rá mutatni, amikor egy egysejtűből többsejtű lett:
criticalbiomass.blog.hu/2012/01/17/a_tobbsejtuek_eredete_ii
criticalbiomass.blog.hu/2011/02/06/a_tobbsejtuek_eredete
Én egyébként ezért mondom, hogy bármilyen komplexitás meghatározást elfogadok, amit a kitalálója mérni tud és aminek elfogadja a következményeit, tehát ha például az jön ki a számításából, hogy a medvehagyma tízszer komplexebb az embernél, akkor elfogadja ezt az eredményt.
Lehet nagyon ugráltak a gondolataim, megpróbálom érthetőbben leírni, hátha megérted mire gondolok.
Én nem azt mondom, hogy maga a genom méret vagy maga a repetitív tulajdonság hordozza a komplexitást, bármit is értsünk rajta. De ha hozol egy teljesen random szekvenciát, ahhoz képest a repetitív az már komplexebb, hiszen megjelenik egy olyan tulajdonság ami korábban nem volt. Erre szerintem jó példa a fehérjék béta-redője vagy alfa-hélix struktúrája. Ezek genomi megfelelője repetitív hiszen csak így jöhet létre megfelelő ismétlődő struktúra, míg egy random DNS szekvenciából nem lesz semmi, mert a belőle előállított AS sorrend nem képes semmilyen struktúrát felvenni (és akkor még a fehérje képződéshez szükséges start és stop kodonokról még nem is beszéltünk.) Tehát én csak azt akartam mondani a repetitív szekvenciákkal kapcsolatban, hogy a random szekvenciához képest komplexebbek; valamint azt, hogy szintén egy random szekvenciához képest minden valós, élőlényekben található genom rendelkezik struktúrával, így azokhoz képest komplexebb. Ezért volt az a kérésem, hogyha meg akarod érteni az élőlények komplexitásának lényegét, akkor élőlények genomját kell összehasonlítanod és úgy keresni a megoldást, mert egy random szekvenciához képest bármi komplexebb lesz. Ezért is tartottam értelmetlennek a feladványodat. Én se tudom még, hogy mi az a komplexitás amit te keresel, de így biztos nem tudod megtalálni. Nem feltétlen rossz módszerrel, de rossz helyen kereskedsz.
Köszönöm a többsejtűséggel kapcsolatos írásaidat. Ha lenne genomi szekvencia akkor érdemes lenne mondjuk a Chlorellánál megnézni, hogy genetikai változás, mutáció történt-e vagy szimplán már csak egy meglévő allél gyakorisága növekedett meg a szelekció hatására. És ha új mutáció történt, akkor meglehetne nézni számításokkal, hogy ki lehet-e mutatni. Illetve az írásaidból nagyon hiányolom a mutáció megnevezését ami létrehozta a többsejtűséget, mert ahogy utaltam is rá, lehet hogy régen megvolt, csak nem volt megfelelő szelekciós nyomás a megfelelő egyedek túlszaporodására.
Azért terelem ebbe az irányba a beszélgetést, mert nekem van egy olyan feltevésem, hogy az új funkciók megjelenése lehet a komplexitás definíciója. Márpedig ha létezik evolúció, mármint ahogy elképzelik, hogy egy közös őse van az élőlényeknek ami egy önmagát szaporítani képes nukleinsavból jött létre, prokarióta, majd egysejtű, majd több sejtű, majd így tovább. Abban teljesen igazad van, hogy mivel a ma megfigyelhető lények állítólag több milliárd év folyamata során jött létre és ezen idő alatt mindegyik formálódott alakult, ezért egy mai amőba lehet ugyan olyan komplex mint egy ember. De ha megnézzük a kérdést akkor mégis azt látjuk, hogy bizonyos új funkciók, tulajdonságok jelentek meg, amik lehetővé tették az alkalmazkodást. Ilyen lehet a többsejtűség. Az őslevesben, megjelent ez a tulajdonság és ez előnyt jelentett. Namármost, szerintem az ilyen eseteket genetikailag nyomon lehetne követni és keresni az új tulajdonságok megjelenését és egymással összehasonlítani az adott genetikai szakaszokat. De ha te azt mondod, hogy genetikailag ezek az ugrások nem vizsgálhatóak akkor azt is elfogadom.
Az utolsó állításod az, hogy az ember szerinted komploexebb a medvehagymánál? ezek szerint te neked is van egy komplexitás foglamad, ha nem gond megoszthatnád velünk.
És még egy szösszenet, ami lehet a kreacionisták ebbe kapaszkodnak, amikor is Antony Flew beszélt a természet komplexitásáról.
“a deity or a ‘super-intelligence’ [is] the only good explanation for the origin of life and the complexity of nature,”
@Veszt:
“míg egy random DNS szekvenciából nem lesz semmi, mert a belőle előállított AS sorrend nem képes semmilyen struktúrát felvenni “
Tegyük hozzá, hogy a lehetséges 64 kodonból három is STOP, vagyis egy véletlenszerűen előállított szekvenciát lefordítva statisztikailag minden huszadik aminosavnál leáll a transzláció.
“Ezért volt az a kérésem, hogyha meg akarod érteni az élőlények komplexitásának lényegét, akkor élőlények genomját kell összehasonlítanod és úgy keresni a megoldást, mert egy random szekvenciához képest bármi komplexebb lesz.”
Éppen ezért gondoltam, hogy kezdetnek tök jó módszer lenne véletlenszerű szekvenciákon vizsgálni a módszert, mert ezen biztosan tudjuk milyen eredményt kapunk. Ezt hívják pozitív illetve negatív kontrollnak.
“Én se tudom még, hogy mi az a komplexitás amit te keresel, de így biztos nem tudod megtalálni.”
Na de a kérdés az, hogy lehet megtalálni? Bármelyik fórumon kerül szóba az evolúció, minden gyalogkreacionista azonnal odavágja csuklóból bármilyen példára, hogy ez nem számít, mert a komplexitás attól nem nőtt. Ezek szerint vagy hazudnak, vagy mindenki tudja mi az a komplexitás, csak pont azok nem, akik itt hozzászóltak. De miért ilyen egyenetlen ennek a tudásnak az eloszlása? Miért nem hajlandóak még azok a kreacionisták sem elmondani, mi is az a komplexitás, akik éppen erre építik az érvelésüket?
“Ha lenne genomi szekvencia akkor érdemes lenne mondjuk a Chlorellánál megnézni, hogy genetikai változás, mutáció történt-e vagy szimplán már csak egy meglévő allél gyakorisága növekedett meg a szelekció hatására.”
Leírták, hogy a Chlorellák nagy része mindig egysejtű volt, ezeket egyesével szaporítva is egysejtűeket kaptak, de időnként megjelenik egy-egy telepes egyed, amelyek tovább szaporítva is telepesek maradnak. Ez azt mutatja, hogy egy ritka mutáció eredménye.
“Illetve az írásaidból nagyon hiányolom a mutáció megnevezését ami létrehozta a többsejtűséget”
Mivel én soha életemben nem láttam ezeket az algákat, fogalma sincs, csak a cikket olvastam róluk. Abban nem írták le, vélhetőleg ők maguk sem tudják, milyen mutáció történt.
“az új funkciók megjelenése lehet a komplexitás definíciója”
Akkor viszont egy rakás példát tudok mutatni új funkciók megjelenésére:
criticalbiomass.blog.hu/2011/02/13/biokemiai_utak_evolucioja
criticalbiomass.blog.hu/2011/08/15/a_citromsavemeszto_e_coli_genomja
criticalbiomass.blog.hu/2013/02/08/hogyan_alakult_ki_a_citromsavemeszto_e_coli
“De ha megnézzük a kérdést akkor mégis azt látjuk, hogy bizonyos új funkciók, tulajdonságok jelentek meg, amik lehetővé tették az alkalmazkodást. “
Na de az amőba kihalt? Mert ha nem, akkor azért mégiscsak arra kell következtetnünk, hogy alkalmazkodott minden változáshoz, csak éppen nem lett belőle többsejtű, hanem egészen más módokon.
“prokarióta, majd egysejtű, majd több sejtű, majd így tovább”
No de ez annak a felsorolása, hogy melyik hasonlít rád jobban? Akad egy csomó baktérium, ami a mai napig prokarióta, akad egy csomó eukarióta egysejtű is, akik vígan élnek ahogy voltak a nélkül, hogy a tőbbsejtűek irányába bármilyen lépést tettek volna.
“Namármost, szerintem az ilyen eseteket genetikailag nyomon lehetne követni és keresni az új tulajdonságok megjelenését és egymással összehasonlítani az adott genetikai szakaszokat.”
Kérlek, egy csomó ilyenről írtunk már:
criticalbiomass.blog.hu/2013/07/30/a_hagyomanyos_novenytermesztes_veszelyei
criticalbiomass.blog.hu/2008/10/30/ertelmes_tervezes_a_p_elem
criticalbiomass.blog.hu/2012/05/27/kaveevok
criticalbiomass.blog.hu/2014/03/01/a_kullancsok_kolcsonzott_ertagitoi
criticalbiomass.blog.hu/2013/05/11/virusok_a_mehlepenyben
Ezért mondom, hogy ha valaki elmondja, mi az a komplexitásnövekedés, azonnal példát is lehet rá mutatni, mert onnantól tudom, mit keresek. Addig elég nehéz, mert nem igazán lehet arra válaszolni, hogy: “Mutass valamit!”
“Az utolsó állításod az, hogy az ember szerinted komploexebb a medvehagymánál?”
Nem állítom, kérdezem.
@Veszt: “a fehérjék béta-redője vagy alfa-hélix struktúrája. Ezek genomi megfelelője repetitív hiszen csak így jöhet létre megfelelő ismétlődő struktúra”
Nem, nem az.
Nezd meg ezt a szekvenciat:
MQEGQNRKTS SLSILAIAGV EPYQEKPGEE YMNEAQLAHF RRILEAWRNQ LRDEVDRTVT
HMQDEAANFP DPVDRAAQEE EFSLELRNRD RERKLIKKIE KTLKKVEDED FGYCESCGVE
IGIRRLEARP TADLCIDCKT LAEIREKQMA G
Van benne ket hosszu alfa helix. Hol az ismetlodes?
Itt a genje:
ttagccagccatctgtttttcgcgaatttcagccagcgttttgcagtcgatgcacagatc
ggctgtcgggcgcgcttccagacggcgaataccaatttcaacaccgcaggattcgcagta
gccgaaatcttcgtcttccacttttttcagcgtcttctcgatctttttgatcagcttacg
ctcgcgatcgcggttacgcagttcgaggctgaactcttcttcctgggctgcacggtctac
cgggtccgggaagttggctgcttcatcctgcatatgtgtaacggtgcgatcgacttcatc
cctgagttgattacgccatgcttccagaatacgacggaagtgcgccagctgggcttcatt
catatactcttcgcccggcttctcctgatatggttccaccccagcgatggcgagaatact
cagggacgatgttttacggttttgcccttcttgcat
Hol van a ket hosszu alfa helix 9es hol vannak a rovidebbek?
Ennyi.
“egy random DNS szekvenciából nem lesz semmi, mert a belőle előállított AS sorrend nem képes semmilyen struktúrát felvenni” – hogyne lenne kepes. Miert ne lenne? Lesz valamilyen strukturaja.
“hogyha meg akarod érteni az élőlények komplexitásának lényegét, akkor élőlények genomját kell összehasonlítanod és úgy keresni a megoldást”
Olvastal, lattal valahol ilyen osszehasonlitast? mar nagyon sok eloleny teljes genomja nyilvanosan elerheto. En meg nem lattam olyan osszehasonlitast, hogy melyik komplexebb, maga a kerdes ertelmetlen, nincs semmi definicioja annak, hogy mit jelent az, hogy komplex.
Ures frazis.
@Sexcomb:
Jó meglátás. Tehát a 20AS-nál hosszabb fehérjeláncok létezése is a rendezettség felé mutat.
“Éppen ezért gondoltam, hogy kezdetnek tök jó módszer lenne véletlenszerű szekvenciákon vizsgálni a módszert, mert ezen biztosan tudjuk milyen eredményt kapunk. Ezt hívják pozitív illetve negatív kontrollnak.”
Valóban, ha egy kísérletben desztvizet használsz vakként, és speciel mondjuk nitrát reduktáz aktivitást akarsz mérni, a deszt vizes eppendorf csőbe tehetsz DNáz enzimet is és nitrát reduktázt is és ugyan azt az eredményt kapod a nagy semmit. És ha a másik csőben egy reakció elegy van, bármilyen ami színreakciót ad, már nem tudod megmondani, hogy a vakhoz képest te DNáz aktivitást vagy nitrát reduktáz aktivitást mértél. Ezért javasoltam, hogy jobban gondold át a kísérletedet.
Ha nem hajlandóak megmondani, hogy mi a komplexitás, akkor biztos, hogy nem egy ilyen rosszul felépített kísérlettel bírod őket szóra. Kérdezd meg nyíltan, de ennek a posztnak így ebben a formában nincs értelme, mert te se a komplexitásra keresed vele a választ, bármi is legyen az, mert rossz a kísérleti felépítésed.
“Leírták, hogy a Chlorellák nagy része mindig egysejtű volt, ezeket egyesével szaporítva is egysejtűeket kaptak, de időnként megjelenik egy-egy telepes egyed, amelyek tovább szaporítva is telepesek maradnak. Ez azt mutatja, hogy egy ritka mutáció eredménye.”
Ez sajnos nem azt mutatja, szimplán csak azt, hogy genetikailag öröklődik a telepes felépítés. Nem tudjuk hány fehérjét érint, nem tudjuk milyen fehérjéket és ha szó szerint vesszük amit leírtál, már a lombikba rakás előtt is jelen lehettek a telepes egyedek, azaz valóban a ragadozó jelenléte valóban csak allél gyakoriságot növelt, de nem járult hozzá egy a lombikban megjelenő mutáció konzerválásához.
Fantasztikus, hogy mennyi helyen jelent meg új funkció, tehát javaslom, hogy ezeknek a esetekben szereplő fehérjéknek a szekvenciáit hírdesd meg egy jól felépített kísérletben, már ha te elfogadod komplexitásnak az új tulajdonságok megjelenését.
“Ezért mondom, hogy ha valaki elmondja, mi az a komplexitásnövekedés, azonnal példát is lehet rá mutatni, mert onnantól tudom, mit keresek. Addig elég nehéz, mert nem igazán lehet arra válaszolni, hogy: “Mutass valamit!””
Teljes mértékben egyetértek!
(“Nem állítom, kérdezem. “
“Én egyébként ezért mondom, hogy bármilyen komplexitás meghatározást elfogadok, amit a kitalálója mérni tud és aminek elfogadja a következményeit, tehát ha például az jön ki a számításából, hogy a medvehagyma tízszer komplexebb az embernél, akkor elfogadja ezt az eredményt. “)
Elnézést, de itt nem látok kérdő jelet… és ha figyelembe vesszük a magyar nyelv szabályait sem látok itt kérdést. Bocsánat de így nem tudom értelmezni azt a válaszodat, hogy itt kérdeznél. Illetve hogy az ember és a medvehagyma komplexitására lennél kíváncsi, inkább úgy értelmezem, hogy az illető eredményeket elfogadó képességét vonod kétségbe.
@fordulo_bogyo:
Ha igaz lenne az állításod, akkor nem lehetne AS vagy nukleotid sorrend alapján fehérje szerkezetet megmondani. Minden negyedik aminosav az alfa hélixben proton donorként működik tehát az az alfahélix struktúra ahol minden negyedik aminosav ilyen (M,A,L,E,K). A prolin töri a hélixet ez által meghatározható, hogy hol a vége.
Ezen ismeretek birtokában felismerhető az általad rendszertelennek hitt aminosav tömegben az alfahélixek struktúrája: MNEAQLAHFRRILEAWRNQ LRDEVDRTVTMQDEAANF és DPVDRAAQEE EFSLELRNRD RERKLIKKIE KTLKKVEDED FGYCESCGVEIGIRRLEAR
Véleményem szerint ez a két hosszú alfahélixet alkotó szekvencia plussz minusz néhány AS. A repetitív tulajdonság nem az aminosav maga, hanem az aminosav kémiai tulajdonsága szabja meg H-donornak kell lennie).
Köszönöm, hogy rávilágítottál a felületességemre. természetesen a random AS-ből felépülő peptidnek (ami nagy valószínűséggel nem lesz 20 AS-nál hosszabb) is lesz struktúrája. Én rendezett struktúrára gondoltam, de nem írtam le.
Egyet értek, hogy amíg nem töltik meg jelentéssel a komplexitás szót üres frázis. De ennek ellenére ahogy idéztem is az élőlényekkel kapcsolatban használják és nem csak kreacionisták.
Pl. en.wikipedia.org/wiki/Evolution_of_biological_complexity
@Veszt:
“Ha igaz lenne az állításod, akkor nem lehetne AS vagy nukleotid sorrend alapján fehérje szerkezetet megmondani.”
Nem egészen. fordulo_bogyo arra akart utalni, hogy a genetikai kód degenerált, vagyis egy aminosavat több triplet is kódolhat. Magyarul egy nukleinsavszekvenciából egyértelműen megmondható, milyen aminosavszekvenciát kódol, de visszafelé ez nem működik. Például a prolint kódolhatja a ccu, cca, ccg, ccc is. De megpróbálhatod te is a dolgot, próbáld ki, hényféleképpen tudod leírni az általad példaként hozott aminosavszekvenciát kódoló DNS szakaszt!
@Veszt:
Oké, ez a kísérleti rendszer rossz. Mi lenne a jó?
“Ez sajnos nem azt mutatja, szimplán csak azt, hogy genetikailag öröklődik a telepes felépítés.”
A mutáció az örökítőanyag megváltozása. Ha egy tulajdonság öröklődik és megváltozik, akkor az azt jelenti, hogy valahol az örökítőanyag megváltozott, vagyis mutáció történt.
“már a lombikba rakás előtt is jelen lehettek a telepes egyedek, azaz valóban a ragadozó jelenléte valóban csak allél gyakoriságot növelt, de nem járult hozzá egy a lombikban megjelenő mutáció konzerválásához”
Kérlek, akkor vedd a másik példát, az élesztőt, ahol biztosan tudjuk, hogy a lombikban jelent meg az új mutáció. criticalbiomass.blog.hu/2012/01/17/a_tobbsejtuek_eredete_ii
“Fantasztikus, hogy mennyi helyen jelent meg új funkció, tehát javaslom, hogy ezeknek a esetekben szereplő fehérjéknek a szekvenciáit hírdesd meg egy jól felépített kísérletben, már ha te elfogadod komplexitásnak az új tulajdonságok megjelenését”
A kreacionista válasz roppant egyszerű: Mvel lombikban történt, az nem is természetes folyamat, így nem is fogadható el példaként, illetve az nem is új tulajdonság! Régebben még fenn volt az ÉRTEm honlapján erről egy fejtegetés, azóta ahogy látom levették az összes írást az oldalukról, csak a könyv/DVD reklámok maradtak. Nagyon röviden írtak róla a vitábn is: evolucio-vs-tervezettseg.blog.hu/2010/12/19/title_1595747#more2527033
“inkább úgy értelmezem, hogy az illető eredményeket elfogadó képességét vonod kétségbe. “
Nem vonom kétségbe élből, de sajnos eddig mindig csalódnom kellett, úgyhogy előre próbálom figyelmeztetni a próbálkozókat, hogy néhány mintán gyakorolják a komplexitásmérést, nehogy őket is meglepje az eredmény. A kedvencem az a fickó volt, aki egyszer közölte, hogy a komplexitás a részegységek száma és a köztük lévő kapcsolatok számának szorzata. Erre megutattam neki, hogy például a p-elem bejutása az ecetmuslica genomjába pont ilyen eset, a részegységek száma és a köztük lévő kapcsolatok száma is nőtt. Erre hirtelen közölte, hogy ja, először rosszul mondta, nem is az a komplexitás. Ezért mondom, hogy olyat szeretnék, amit az első két példa után maga az elméletalkotó is még mindig vállalhatónak tart.
@Veszt: “Ha igaz lenne az állításod, akkor nem lehetne AS vagy nukleotid sorrend alapján fehérje szerkezetet megmondani.”
Nem lehet megmondani. Vannak programok, akik josoljak, kozepes hatekonysaggal.
“Minden negyedik aminosav az alfa hélixben proton donorként működik tehát az az alfahélix struktúra ahol minden negyedik aminosav ilyen (M,A,L,E,K). A prolin töri a hélixet ez által meghatározható, hogy hol a vége.
Ezen ismeretek birtokában felismerhető az általad rendszertelennek hitt aminosav tömegben az alfahélixek struktúrája: “
Feltordeltem, minden negyedik a sor elejen van, nem latom az altalad feltetelezett szabalyt.
MNE
AQL
AHF
RRI
LEA
WRN
QLR
DEV
DRT
VTM
QDE
AAN
F
“Nem lehet megmondani. Vannak programok, akik josoljak, kozepes hatekonysaggal.”
Ez csak modell/számolókapacitás kérdése, nem?
Itt szerintem egyértelműen arról van szó, hogy technikai, és nem elméleti korlát van.
@Komavary: Lehet, hogy ezek a korlatok: a teljes modell hianya es a szmitokapacitas.
A lenyeg: mai technikaval, mai gepeken mai szoftverrel nem mukodik.
Egyszer majd bizonyara fog mukodni, elvegre nem boszorkanysag. Egyetertek, nem elmeleti a korlat, hanem gyakorlati.
Addig is: minden aminosav sorrend meghataroz egy (vagy tobb) terszerkezetet, fuggetlenul attol, hogy mi ki tudjuk elore szamolni, vagy sem. (Nem tudjuk)
@fordulo_bogyo: akkor egy lépéssel menjünk vissza: Veszt tippje jó volt vagy rossz?
(Egyébként nálad nem minden negyedik van a sor elején)
Szerintem inkább működnek a modellek mint nem.
@Komavary: Ha harmasval tordelem, akkor nem mindig a negyedik jut a sor elejere? Lehet, hogy valamit rosszul gondolok?
A kristalyszerkezet szerint ez a ket helix:
QLAHFRRILEAWRNQLRDEVDRTVTHMQDEAAN
AAQEEEFSLELRNRDRERKLIKKIEKTLKKVEDE
Hivatkozas: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867404006270#gr1
Veszt ezeknel hosszabb (ha jol szamolom 30 aminosavval hosszabb!) helixeket josolt.
@fordulo_bogyo:
Ahhoz négyesével kéne tördelni:
MNE
123
AQL
412
AHF
341
RRI
234
LEA
123
vs.
MNEA
1234
QLAH
1234
FRRI
1234
LEA
123
(illetve kell négy változat, attól függően, hogy hol kezdjük a számolást :))
Az alfa hélixre is fogok válaszolni.
@fordulo_bogyo:
Szóval a becslésről:
Nem tudom, Veszt mivel számolt, én megnéztem három programot, amit 1. elsőre kiadott a google a “secondary structure prediction”-ra. 2. és nem kellett hozzá regisztrálni.
(Illetve a npsa-pbil.ibcp.fr nekem most nem elérhető, mert azzal (az ott lévő modellekkel) kezdtem volna).
Nem ellenőriztem pontosan a végeket, plusz-minusz egy-két aminosav emiatt bárhol lehet. (Plusz tényleg csak vakon kattintottam, úgyhogy a hasonlóság alapja lehet az is, hogy pont ugyanazt a modellt használják.)
Kristályszerkezet, amit linkeltél:
36 – 68
76 – 109
Predict protein open:
34-67
73-107
ppopen.informatik.tu-muenchen.de
Psipred v3.3:
34 – 64
72 – 107
bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/result/12aa0406-1ea8-11e4-8b5f-00163e110593
Jpred 3
(Szólt, hogy ismeri a proteint, de mondtam neki, számoljon csak)
http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/
Jnet (két, nagyjából egymást fedő becslés összegzése):
33-63
73-107
Ennek fényében szerintem a “nem működik”től már messze vagyunk. (És a modellek zöme a kilencvenes évek végén készült.)
@Komavary: Nem ertek egyet, ha minden negyediknek a sor elejen kell lenni, akkor,
elso, masodik, harmadik
negyedik=uj elso, uj masodik, uj harmadik,
uj negyedik=ujuj elso, ujuj masodik, ujuj harmadik… stb
Ha negyesevel tordelsz, akkor az otodik kerul az uj sor elejere.
Rosszul gondolom?
Mashol ugy fogalmaznak, hogy i-edik es az i+3-adik aminosav kepez hidrogenhidat, ha i=1 akkor i+3=4, azaz 1-4 kozott van H-hid, nalam az 1. van a sor elejen, utana 4. stb…
De mindegy, a te tordelesedben sem M,A,L,E,K a kezdet, hanem M,Q,F,L, csak ket betu stimmel, ez rosszabb illeszkedes, mint az enyemben ahol a M,A,A,R,L-bol csak az R ami nem stimmel.
@fordulo_bogyo:
Mindegy, hogy hol van a sorban (az csak tördelés kérdése, hogy nálam a végén volt a “negyedik”).
-MNE
1234
AQLA
1234
HFRR
1234
ILEA
stb.
A hidrogénkötések (|) pedig kb, | | | |:
-MNE
| | | |
AQLA
| | | |
HFRR
| | | |
ILEA
Az i plusz 3 egy másik hélix: en.wikipedia.org/wiki/310_helix
Ami pedig a MALEK-et illeti: ez nem kizárólagos.
Ha megnézed ezt a táblázatot ( en.wikipedia.org/wiki/Alpha_helix#Amino-acid_propensities ), akkor láthatod, hogy a táblázat legkisebb értékeit nem a MALEK ötöse foglalja el. (Az első öt: ARLMK, vagyis négy a MALEKből, ha lemegyünk a hetedik helyen lévő glutaminsavig (E), akkor ott van még előtte a glutamát (Q).
Vagyis az MQFL sort simán várhatnánk egy alfahélixben.
@Komavary: OK, Koszi!
Sziasztok!
Én a becslésemre semmilyen számítógépes algoritmust nem használtam, csak azt a szakaszt adtam meg ahol a leggyakoribb volt minden negyedik aminosavnak a jelenléte a “MALEK” aminosavak közül.
Nyílván ha van megfelelő számító kapacitás és ismert a hidrogénhíd létrehozási képesség még jobban meghatározható a hélix helyzete, hossza. A fentebb belinkelt programok is ezt bizonyítják.
Maga a proteomika tudományának egy részterülete is ezzel foglalkozik. Azt gondoltam, hogy ennek ismerete bevett a mai tudományos életben és megfelelő hivatkozási alap lehet. Hogy DNS vagy AS szekvenciából felépíthető a fehérje struktúrája, harmadlagos és negyedleges szerkezete és az messze túlmutat egy random szekvencián.
Így már értem, hogy nem arra válaszoltál amire rákérdeztem. Te szerinted akkor nincs komplexitása az élőlényeknek, még annak ellenére sem, hogy az evolúció biológiával foglalkozók körében ez egy létező fogalom?
Megnéztem részletesebben és ott valóban a lombikban jön létre a többsejtűség. És akár mesterséges a körülmény akár nem valóban egy egysejtű élőlényből jön létre a többsejtű.
@Veszt: Egy veletlen aminosav-szekvencianak is van valamilyen szerkezete. Nem random szerkezete lesz.
Masfelol egy mukodo feherjeben az aminosavak jelentos reszet egyenkent ki lehet cserelni szinte barmelyik masikra, es a feherje tovabbra is ugyanugy mukodik (ugyanazt csinalja, a hatasfok kicsit veltozhat).
Tovabbra is fenntartom, hogy csak gyenge kozelites van az aminosav-sorrend es a feherje szerkezete kozotti kapcsolat szamitasara.
Megbizhato szerkezetet csak rontgen krisztallografiai uton lehet megismerni, kovetkezo, nem annyira jo modszer az NMR, autan az EM…
A laborunk fele ezzel foglalkozik – csak, hogy legyen tekintelyerv is a hozzaszolasban 😉
@fordulo_bogyo:
Kár, hogy a tekintély elvűség irányába viszed el a témát… ez folytja meg a tudományt leginkább.
Ahogy ki is javítottam magam a javaslatodra, teljesen igazad van abban, hogy egy random szekvenciának is van szerkezete. De én működőképes, bizonyos szempontból rendezett struktúrára gondoltam, amit csak egy meghatározott szekvencia képes létrehozni, ami a szekvencia alapján felismerhető. Abban is igazad van, hogy abszolút tökéletes szerkezeti képet csak úgy lehet megismerni hogy magánt a fehérjét vizsgáljátok. De szintén a proteomikai gyakorlat azt mutatja, hogy egy fehérjének a szerkezete nagyon nagy pontossággal (de valóban nem abszolút értékben) megadható a szekvencia ismeretében. De ha te ennyit sem fogadsz el megértem, de ez szembe megy a szintén tekintélyes jelenlegi tudományos ismerettel és közgondolkodással, ha már a tekintélyelvűségnél tartunk.
A fehérjék működésével kapcsolatban pedig nem általánosítanék ilyen pongyola módon, fontos melyik aminosavat mire cseréled ki, mert ugyan ilyen módon az aktivitás meg is szűnhet, működésképtelenné is válhat az enzim. Bizonyos esetekre igaz amit mondasz, de bizonyos esetekre pedig nem igaz.