A biotechnológiai kutatások egyik Szent Grálja napjainkban a "minimális bakteriális genom" leírása, illetve szintetizálása. Egy ilyen genom csak azokat a géneket foglalná magába, amelyek elengedhetetlenek egy baktárium életben maradásához. Hogy melyek ezek a gének az természetesen önmagában is érdekes kérdés, de a kutatásoknak van egy jelentős anyagi vonzata is: a minimálgenomú baktérium ideális alanya lenne a biotechnológiai módosításoknak. Például új útvonalakat "beletáplálva" képes lehetne szemét lebontásával hidrogént előállítani, amit aztán üzemanyagként lehetne tovább hasznosítani – na persze nem ingyen. Talán nem is véletlen, hogy a nem éppen altruizmusáról híres Craig Venter már évek óta próbálozik egy ilyen genom előállításával.
A fentiek miatt övezi mindig izgalom egy-egy viszonylag kisméretű bakteriális genom megszekvenálását: hátha az új ismeret közelebb visz a mágikus "minimál genom" felismeréséhez. Most éppen egy új rekordert köszönthetünk: a levélbolhák (Psyllidae) egyik endoszimbiontája a Carsonella rudii mindössze 160.000 bázispár hosszúságú genetikai állománnyal rendelkezik, ami mindössze a harmada az eddig ismert legrövidebb genomnak.
A baktérium jelenléte egyébként igen fontos a rovar számára is, hiszen saját diétája híján van jópár fontos aminosavnak és más tápanyagnak, ezeket pedig az "albérletért" cserében a baktérium állítja elő. Ennek megfelelően "megbecsülésnek" is örvend, hiszen a rovar specializált sejteket, ún. bakteriocitákat hoz létre a baci tenyésztésére (a mellékelt ábrán látható egy ilyen: a világoskék sejtmag körül sötétkében sorakoznak a sejtben lakó bakétriumok).
A minimális genom nem nagyon enged pazarlást, nem nagyon van nyoma nem kódoló szakaszoknak a Crasonella genomjában: 97%-a kódoló funkciót tölt be (egész pontosan 182 különböző fehérjét kódol – csak iránymutatóként: az elméleti minimum ma 151 körül van).
Nakabachi, A, Yamashita, A, Toh, H, Ishikawa, H, Dunbar, HE, Moran, NA, Hattori, M (2006) The 160-Kilobase Genome of the Bacterial Endosymbiont Carsonella. Science 314: 267.
azt hiszem (origo.hu/tudomany/elet/20061016eltunt.html)Pellionisz Andrásék felfedezése nagyot lendíthet ezen a területen is.
jut eszembe: a erről az új junk DNS olvasásról is írhatnátok egy cikket (mondjuk olyat ami kicsit részletesebben taglalja mint az origo).
érdekelne 😉
Nincs szándékomban Pellionisz András érdemeit kétségbevonni, de azért 2006-ban nem számít földrengetőnek azt mondani, hogy “a “junk” DNS is fontos”.
Ez min. egy évtizede teljesen elfogadott és a kutatások jelentős része arról szól, hogy a nem kódoló DNS-ben rejlő szabályozó régiókat vizsgálják. A “genetika posztmodern korszakáról” beszélni pedig (szerintem) egyszerű PR fogás. Remekül hangzik, de nincs sok értelme.
Összefoglaló cikket nem merek ígérni atémáról, mert az egész biztos meghaladja a rendelkezésemre álló ídőt. De szerintem gyakran lesz szó ezek után is nem kódoló DNS szakaszokról.
én úgy hallottam (tehát nem biztos, hogy így van), hogy most meg is fejtették a junk DNS rejtélyét.
ha jól tudom a lényeg, hogy nem lineárisan kell olvasni a szekvenciát, hanem egy fraktálgeometriai módszerrel meghatározott sorrend szerint.
tehát itt nem arról van szó, hogy értékes infó tartalmaz-e a hulladéknak mondott szaksz, hanem most már le tudjuk fordítani a részeket.
nekem legalábbis ez jött le, meg ezeket hallottam, de javíts ki ha tévedek. 🙂
Sajnos másodszori végigolvasás után sem bírtam rájönni, hogy Pellioniszék konkrétan mit fedeztek fel a fraktálgeometria segítségével – értsd: mivel tudunk most többet a junk DNS-ről, mint a fraktál módszer alkalmazása előtt. Sajnos ezen a téren semmilyen publikációjuk nincs, így a szakirodalom sem tudott kisegíteni (ennek több oka is lehet, ha jóindulatú vagyok, azért mert amíg nem kapja meg a szabadalmat addig nem meri lepublikálni, nehogy valaki lenyúlja, ha rosszindulatú, akkor azért nincs, mert még egy újság sem fogadta el), de az is lehet, hogy bennem van a hiba, hogy nem látom a lényeget.
A cikkben említett legtöbb dolog (konzervált nem kódoló régiók, miRNS, antiszensz technológián alapuló transzláció szabályozás) ma már tényleg nem újdonság, ezekhez nem volt szükség fraktál matematikára. Az egyetlen ami számomra részben ismeretlen az a piknonok fogalma. Ezekről szintén nem leltem egy cikket sem, de maga a gondolat (nem kódoló régiókban levő ismétlődő motívumok vizsgálata) szintén nem teljesen új. Pl. ha emlékeim nem csalnak valami hasonlóval foglalkozott olyan 7-8 éve az ELTE genetika tanszékén Tóth Gábor is.
volt szerencsém (?) meghallgatni Pellionisz úr előadását. nem benned van a hiba, dolphin…
Aki ott volt az eloadason, megkerdezhette, milyen kozlemenyek allnak rendelkezesre. Sot, aki nem is volt ott, pl. a PubMed-ben megtalalalhatja a FractoGene kvantitativ predikciojanak kiserletes alatamasztasanak kozleset
http://www.junkdna.com/fractogene/05_simons_pellionisz.pdf
Szivesen allok a magyar erdeklodok rendelekezesere
pellionisz@junkdna.com
Tisztelt Pellionisz Úr,
mivel nem volt lehetőségem személyesen résztvenni a konferencián, így ezúton tenném fel kérdéseimet az elméletével kapcsolatban.
1.) Jól értem-e, hogy a FractoGene lényege röviden az, hogy a fraktálstruktúrájú szervek/sejtek bonyolultságát az adott szerv/sejt fejlődésében kulcsfontosságú molekula(ák) szabályozórégiójában fellelhető ismétlődő szakaszok száma határozza meg?
2.) Amennyiben így van, mi ennek az elgondolásnak az empirikus alapja? (Személyszerint valóban meg lennék lepődve, ha ez ilyen egyszerű lenne. Ismereteim szerint egy ismétlődő szabályozórégió, az csak egy ismétlődő szabályozó régió lenne, míg egy komplex “fraktálszerkezet” létrehozásához, időben és térben eltérő helyeken kell tudni be- és kikapcsolni ua. a molekulákat, ami az én logikám szerint eltérő enhancereket igényelne.) Léteznek-e hasonló ismétlődő szekvenciák pl. a tüdőbimbók kialakulásában kulcsfontosságú fgf10 szabályozó-régióiban?
(folyt köv.)
3.) Ha jól értem, cikkében arra utal, hogy minnél nagyobb genomú egy gerinces, valószínűleg bonyolultabb Purkinje sejt struktúrával rendelkezik. Meg kell azonban jegyezzem, hogy az említett fajok nem feltételnül reprezentatívak ebből a szempontból. A különböző rendszertani osztályokba tartozó fajok elég változó genommérettel rendelkezhetnek ( http://www.genomesize.com/statistics.php ), néha hatalmas elétérsek léteznek egyetlen rendszertani osztályon belül. Pl. a szalamandrák és tüdőshalak genomja nagyságrendileg nagyobb az emberi genomnál, mégis igencsak meglepne (bár természetesen tévedhetek), ha bármelyikük esetében bonyolultabb Purkinje sejtekkel találkoznánk mint az ember esetében.
4.) Cikkük tetemes részében foglalkoznak a Pcp2/L7 molekulával, ami meglepő annak a fényében, hogy mint vegül meg is említik, a fehérje hiánya nem okoz jól látható rendellenességeket az egerek kisagyában. Ez esetben miért gondolják úgy, hogy a fehérjének kapcsolata van a Purkinje sejtek szerkezetének bonyolultságával? Kicsit ehhez kapcsolódik az is, hogy ha nem szekvencia homológia alapján, akkor hogyan lehetne megállapítani egy Danio v. Fugu v. Xenopus fehérjéről, hogy az egy Pcp2 homológ (ezt azért kérdezem, mert diszkussziójuk egy része ezt tárgyalja)?
Köszönettel,
Varga Máté
Tisztelt dolphin (Varga Máté) Úr,
Mind a Nakabachi et al. (2006), mind a PostGenetics (PosztGenetika), mind pedig a FractoGene koncepció (priority date 2002) taglalását igen lényegesnek tartom, de vegyük észre, hogy a népszerüsítés szintjén (blog, origo) csak tömör válaszokra, ill. a nyilvánvaló “nem látom a lényeget” helyreigazításokra lehet szorítkozni. Ez nem jelenti, hogy pl. a cikkek vagy blog megbeszélés nem lennének jók, de sommás megjegyzésektől információ hiányában talán jobb lenne tartózkodni. Az idézett origo ismertetés pl. egy (szerintem) igen jó, de NÉPSZERÜSÍTŐ cikk. Az “European Inaugural of the International PostGenetics Society”-n max. félórás angol előadásom után, még a pár nappal későbbi 2-órás magyar előadás (plusz kb. egy óra kérdés-felelet) előtt a cikkírók azt jelezték, hogy addig kb. 60 ezren töltötték le – most nem tudom, hol tartunk.
A PostGenetics-ről (PosztGenetika) való sommás véleményt „A “genetika posztmodern korszakáról” beszélni pedig (szerintem) egyszerű PR fogás. Remekül hangzik, de nincs sok értelme” nem oszthatom. Különösen azért, mert aki két nyitott budapesti előadás közül egyiken sem vesz részt és alapértesülésekről sincs tisztában, pl.láthatólag nincs tudatában az origo-t nagyságrendekkel meghaladó rendelkezésre álló információknak, az nem értheti, miről is van szó, mi is a lényeg – de ilyenkor célszerü sommás ítéletek ELŐTT tájékozódni http://www.fractogene.com, http://www.junkdna.com/new_citations.html http://www.junkdna.com/junkdna_diseases.html http://www.postgenetics.org
http://www.pyknon.com (stb, stb).
A „genetika posztmodern korszaka” (PostGenetics) pontosan egy lényegbeli változtatás (paradigm shift), melyhez tudni kell, mi is a lényeg. A genómika (preklasszikus Mendel-i, klasszikus Bateson-i majd Watson és Crick utáni molekuláris biológiai modern korszak után az “alapkérdés” (lényeg) megváltozott, amely mellett nem tanácsos lekezelően elsétálni.
A PosztGenetika axiomatikusan túlhalad egy ma már legtöbbek által bevallottan dogmatikus, naivnak bizonyult elképzelésen, hogy a Genetikában kizárólag a „gének”-re kell szorítkozni. Ezt persze egy óvatos eltolódás a „Genetikától a Genómika felé” már egy ideje valamelyest kifejezte (az IPGS bp-i Nyitó Kongresszusán is előadó ausztrál kutató, Malcolm Simons már 1987-ben világosan kifejezte a prioritásváltozást), de csak mostanság jött el az ideje, hogy nemzetközi szervezet testületileg szembenézzen azzal a rendkívüli kihívással, amit a „putting number one priority on non-genic human 98.7% of DNA” (formerly “Junk” DNA) gyakorlati okokból kiosztott azoknak, akik felvállalják a kihívást. (Még messze nem mindenki, bár sokan, és gyorsuló módon egyre többen).
Mit jelent a dogmatikus “génre fókuszáló” korszakon való túllépés gyakorlatilag és konkrétan?
Pl. azt, hogy újra kell (illetve lehet) gondolni az elméleti alapokat, valamint új prioritássorendet kell (illetve lehet) megvalósítani egyes társadalmak kutató-fejlesztő forráselosztásában.
Kezdjük az utóbbival. A “nagy gyógyszergyárak” (Big Pharma) évente milliárd dollárokat költenek “génhalászatra” – abból az alapfeltevésből, hogy rendkívül súlyos örökletes betegségek “génjét”, ha elég pénzt költünk, megtaláljuk.
Mi van, ha az alapfeltevés téves? Lehetséges, hogy egy öröklődő betegség “non-coding” (intronic, ill. intergenic) eredetü?
Ha igen (és ez már tényként ismert), akkor bizony súlyos döntés-struktúrákat kell alapvetően megváltoztatni, esetleg dollármilliárdokat átirányítani. Pl. „gene discovery” helyett prioritást kell adni a „postgene discovery”-nek. Mint minden paradigmaváltáskor, most is pl. egyes cégek (pl. gyógyszergyárak), intézmények, országok, régiók sikeresek lehetnek ha “kiugranak” (ld. Juan Enriquez Harvard professzor sikerkönyvét, „As the future catches you”) , míg (egy másik Harvard közgazdaságprofesszor Christiansen sikerkönyve szerint “The innovator’s dilemma”) többnyire a minél nagyobbak, merevebbek és ezért nagyobb tehetetlenségüek „nem veszik jól a paradigmaváltást”, így lemaradnak, kiesnek.
Hasonló a helyzet pl. a különböző fajok DNS-ének szekvenálásával (hogy nagy költségtényezős feladatoknál maradjunk). Hogy milyen élőlények DNS-ét szekvenálják (hiszen szelektívnek kell lenni, ismét dollármilliárdokról van szó), azt még mindig többnyire a „gén-központú” modern genetika, s nem pedig a PostGenetics új tudománya szerint válogatják. Ez tükröződik pl. a blog indítócikként lefordított „minimum essential gene” törekvésben. Valóban, Venter 1995-ben még „génekben gondolkodott”, ezért szekvenálta a Mycoplasma Genitalium akkor legkisebb génszámúnak gondolt szervezetet. A Carsonella rudii még kisebb – de közben “változott a koncepció”, és nem az látszik lényegnek, hogy hány gén van, hanem hogy minden ismert előlényben vannak “nem-gének”, vajon hogyan müködik ezekkel együtt a teljes genóm? (Carsonella-ban 3%, Mycoplasma-ban 8% – sőt az ember és a csimpánz genómjában 0,1% különbség van a génekben, de negyvenszer annyi a különbség a “nem-génekben”). Tehát a lényegi kérdés nem a gének száma, sőt nem is az, hogy mi a “coding” ill. “non-coding” (hiszen egyes “non-coding”-nak gondolt szekvenciákról is kiderült hogy igenis kódolhatnak aminosavakat, mellesleg a „gén” definiciója az, hogy „protein kódoló”, ugyankkor az egyre zavarosabbá váló genetikai terminológia „non-coding gene”-ekről is beszél).
Most jön az elmélet – pl. „non-coding” örökletes betegségek hatásmechanizmusának, újfajta (pl. regulációt le- ill. felszabályzó) gyógyszerek kigondolásának, a kísérletes adathalmazok (szekvenálás) felállításának, valamint (elsősorban) olyan új kísérlettel alátámasztható, illetve elvethető hipotézisek felállítása céljából.
Míg a modern Genetika többnyire elkerüli az (alapvetően információelméleti) szembenézést, hogy müködik a genóm-müködés (illetve hogyan modifikálható, akár élettani célból, pl. hidrogént-gyártva, akár gyógyító, ill. növekedést leszabályzó, pl. ráknövekedést megállító, a regulációval újfajta antibiotikum gyógyszereket feltalálva) – a PosztGenetika elsőszámú feladata az „elméleti vákum” betöltése. Tökéletes elmélet persze soha nincs, és elméletként csak olyan eszmerendszer fogadható el, amelyik kvantitatív predikciókra képes, és azok kisérletesen valószínüsithetők, illetve valószínüetleníthetők.
Az origo-ban, ismeretterjesztő cikk lévén, kevés szó esett a FractoGene elméletről, annál is kevésbé, hiszen fraktálelméleti (matematikai – geometriai – információelméleti ismeretek is szükségesek). Különösen az Informatika Kar-i bővebb előadásban ezen volt a hangsúly – beleértve a szoftverfejlesztési lehetőségeket is.
Ennyit talán a „népszerüsítés” kiegyengetésére.
Varga Máté azonban szak-kérdéseket vet fel, melyekre itt a válasz. (Ezek röviden nem mindig intézhetőek el, ugyanakkor nem mindenkit érdekelnek, így többet magánban).
2006. 10. 18. 12:01
Q: Összefoglaló cikket nem merek ígérni atémáról, mert az egész biztos meghaladja a rendelkezésemre álló ídőt. De szerintem gyakran lesz szó ezek után is nem kódoló DNS szakaszokról.
A: Valóban meghaladja. Nem csak “nem kódoló DNS szakaszokról” lesz szó (egyre gyakrabban), hiszen a legtöbbjükről sejlik, hogy átírásuk nem céltalan, sok “nem kódoló” DNS igenis kódol(hat).
2006. 10. 18. 21:27
Q: de az is lehet, hogy bennem van a hiba, hogy nem látom a lényeget…. Az egyetlen ami számomra részben ismeretlen az a piknonok fogalma. Ezekről szintén nem leltem egy cikket sem, de maga a gondolat (nem kódoló régiókban levő ismétlődő motívumok vizsgálata) szintén nem teljesen új.
A: Információ nélkül nem lehet látni a lényeget (ld. fennt). A piknon-nál két fontos megjegyzés: A terminológiát az origo pyknon-ról piknon-ra magyarította. Az http://www.pyknon.com lapról egy kapcsolat vezet Rigoutsos et al. (IBM, Watson Ctr) májusi PNAS cikkére. Sokkal fontosabb, hogy az ismétlődő pyknon-ok egyáltalán nem korlátozódnak sem a “kódoló”, sem a “nem kódoló” régiókra. Ez talán a legfontosabb “üzenet”, hogy a genóm “gén” ill. “junk” dogmája lehet alapvetően téves. Ugyanakkor Rigoutsos et al. nem értelmezte a pyknon-okat egységes (matematikai) módon, míg a FractoGene nem csak elméletileg értelmezi, de fraktálstruktúrákat azonosít a DNS fraktális szerkezetéből fakadó fraktális organellumok ill. organizmusok kapcsolatát vizsgálandó.
2006. 11. 13. 16:11 (részletes szakkérdések)
1) Nem jól érti. A fraktálelméletben (FractoGene-ben is) nem a “szakaszok száma” a domináns, hanem a rekurzív ALGORITMUS adja meg a mintázat komplexitását. Pl. egy Mandelbrot-set-ben ugyanaz az algoritmus, z=z^2 + C futtatható kevés számú, vagy (elméletileg) végtelen számú iterációval. (Mivel az 1)-re a válasz „nem”, ez a kérdés „not applicable”. Ugyanakkor az egy érdekes kérdés, hogy az fgf10 regióban található-e FractoGem (az eddig azonositott FractoGem-eket ld. http://www.fractogem.com ).
3) „mi[n]nél nagyobb genomú egy gerinces, valószínűleg bonyolultabb Purkinje sejt struktúrával rendelkezik”. Ez az u.n. „C-value paradox”-ra utal, amely egyike azoknak, melyre a FractoGene igen frappáns magyarázatot ad (más matematikai algoritmikus magyarázatról nem tudok). Egy adott fraktál algoritmus gyorsabban konvergál, aránylag csekély változtatás a paraméter(ek)ben egy igen gyorsan konvergáló algoritmust eredményezhet. A „szalamandra” felvetése Richard Dawkins-tól származik (óriási különbséggel két fajta szalamandra között a genóm méretben). Ez mindjárt nem is egy, hanem két rendkívül praktikus projektet prediktál. A kézenfekvő az, hogy ilyen fajták teljes DNS szekvenálására kéne koncentrálni, melyek elméleti (matematikai) predikciók tesztel(hető)ségéhez vezetnek. Pl. ugyanaz a Venter máris rájött, hogy a másfél éves világkörüli halászatban begyüjtött DNS-eket praktikusan képtelenség mind szekvenálni. Hogyan döntsük el, melyiket igen, melyiket nem, ha nem valamilyen elméleti alapon? Másik projekt a két rendkívül nagy DNS méretkülönbségü szalamandra-fajta összehasonlító analizise, pl. a FractoGem-ek (fraktális DNS struktúrák) szempontjából. További válasz a felvetett témára, hogy „Pl. a szalamandrák és tüdőshalak genomja nagyságrendileg nagyobb az emberi genomnál, mégis igencsak meglepne (bár természetesen tévedhetek), ha bármelyikük e
1.) Rendben, akkor arra kernem, adjon egy teljes peldat. A honlapjain levo FractoGemeket termeszetesen lattam, de egyik esetben sem kovetheto, hogy pontosan milyen szakaszokat jelolnek a betuk. Ha nem is akarja az egesz folyamatot bemutatni, legalabb egy kiindulasi szekvenciat adjon valamelyik FractoGem melle.
Egyebkent, ha jol ertem pl itt fractogene.com/full_genome/r_evolution.html az intronok szamatol teszi fuggove a Purkinje sejtek fraktalmelyseget. Nem vagyok biztos benne, hogy jol ertelmezen a szabalyt, de pl. a pcp2 eseteben, mig az emberben es a kilencoves tatuban levo homolog gen egyarant 3 intront tartalmaz, addig az eger csak egyet. (Az fgf10 eseteben pedig az emberi, beka ill hal gen egyarant 2-2 intronnal buszkelkedhet.)
Udvozlettel,
Varga Mate
Tisztelt Varga úr!
Sajnálom, hogy mind a blogozásban, mind magánválaszaimmal kommunikációs zavarokat látok. Igyekszem ezért rövidre fogni. Részleteket magánban.
Örülök, hogy a Genomikában zajló paradima-váltás tényében egyetértünk: “Abban egyetertek, hogy egyfajta paradigma valtas kellett tortenjen”. Ez a lényeg. A többi ízlés dolga – de gustibus non est disputandum.
Nem tudom, hány paradigma-váltásban vett részt alkotó tudományos és tudományszervezői tevékenységével. Nekem a PostGenetics nem az első. Egy korábbi korszak (Mesterséges Intelligencia, AI) később dogmatikusnak minősült axiomája volt, hogy értelmes rendszereket az (idegtudományok által megismerhető) értelem megértése nélkül, illetve megértése előtt is érdemes komoly forrásráfordítással társadalmi feladattá tenni. Hazánkban a Szentágothai iskolában kezdett munkásság vezetett arra, hogy paradigma-váltás volt szükséges; a prioritások megfordítása kellett. Alapvető, tényleges neuronhálózatok matematikai (algoritmikus) átértése tette lehetővé, hogy a kisagy neuronhálózati alapműködés matematizálása (szorosabban, geometrizálása) egy megelőző lépés lehessen gyakorlati célok eléréséhez, mondjuk egy F15 vadászgép mesterséges cerebellummal való koordinációjához.
Paradigma-váltások esetében nem az elnevezés a lényeg (pl. amikor 1986-ban Utah-ban végül is mi, a tényleges úttörők “Neural Networks” néven neveztük a gyereket, a név hasonlóan nem kivétel nélkül tetszett mindenkinek, mint most a „PostGenetics” esetében is messze túlnyomó a tetszés – mindig vannak kivételek). Mivel azonban a paradigma-váltáshoz praktikus okokból szervezeti áttörés kell (pl. a Neural Networks is akkor kapott igazán szárnyra, amint elsőrendű prioritással célzott forrásokhoz jutott) olykor még a kezdetben kétkedőknek is érdeke lehet csatlakozni. IPGS-csatlakozáshoz a http://www.postgenetics.org “about us” lapja ad útmutatást.
Olyan bélyegzéssel, mint “értelmetlen” vigyáznék, hiszen egy komoly tudós ilyen bélyeget akkor alkalmazhat (ha egyáltalán…), ha: a) Valamit nem ért. (Ezen lehet segíteni, pl. több információval; javasolnám a texasi ill. kaliforniai professzorok könyveit, legfrisebb a „The Postmodern Adventure: Science, Technology, and Cultural Studies at the Third Millennium”, Paperback by Best & Kellner. Elkerülhette figyelmét az ajánlott honlapok tanulmányozásakor, hogy nem csak természettudományokban, de még a szoftverfejlesztésben (!) is van “PostModern” korszak…) b) Valami alapvetően önellentmondásos. (Ilyen állítást viszont bizonyítani szükséges, de semmi ilyesmit nem látok – utalást, hogy ki milyen szóval „incselkedett” semmiképpen sem tudok bizonyításnak tekinteni, hiszen nem hinném, hogy létezik bármilyen kifejezés, mellyel valaki, valahol esetleg nem „incselkedett” volna“; Honi soit qui mal y pense” ). c) Egyéb, pl. érzelmi ok vezet valakit egy irreleváns kijelentésre.
A lényeg pl. a valós neuronhálózatok saját matematikai nyelvének, a tenzorgeometriának átértése volt, vagy pl. a most a PosztGenetikában a DNS fraktálgeometriai értelmezése. Tudományokban lényeges lépések akkor következnek be, ha egy új paradigma matematikai alapokat nyer, és mérhető predikciók születnek, melyek elvégezhető kísérletekkel vagy alátamasztottak – melyre a FractoGene esetében hivatkoztam; http://www.junkdna.com/fractogene/05_simons_pellionisz.html – ill. kevéssé valószínűsíthetők, esetleg más elméleti alapok javára elvetendők. (A tudomány tudásra alapozott elméletek versenye).
Minthogy e blog technikai állapota nem a legalkalmasabb, részletes válaszokat magánban küldtem, és várok.
Dr. Pellionisz
Pellionisz Andras elozo (9-es) hozzaszolasanak a vege:
“3) “mi[n]nél nagyobb genomú egy gerinces, valószínuleg bonyolultabb
Purkinje sejt struktúrával rendelkezik”. Ez a kérdés az u.n. “C-value
paradox”-ra utal, amely egyike azoknak, melyre a FractoGene frappáns
magyarázatot ad (más matematikai algoritmikus magyarázatról nem tudok). Egy
adott fraktál algoritmus esetleg lassan konvergálhat, viszont aránylag
csekély változtatás a paraméter(ek)ben egy sokkal gyorsabban konvergáló
(kevesebb repeticios segedinformaciot igenylo) algoritmust eredményezhet.
Ez a “szalamandra” kerdesnek a felvetése Richard Dawkins-tól származik
(ramutatva az óriási különbségre két fajta szalamandra között a genóm
méretben). Ez mindjárt nem is egy, hanem két rendkívül praktikus projektet
prediktál a PosztGenetikában. A kézenfekvo az, hogy ilyen fajták teljes DNS
szekvenálására kell koncentrálni, melyek elméleti (matematikai) predikciók
tesztel(heto)ségéhez vezetnek. Pl. ugyanaz a Venter máris rájött, hogy a
másfél éves világkörüli halászatban begyüjtött DNS-eket praktikusan
képtelenség mind szekvenálni. Hogyan döntsük el, melyiket igen, melyiket
nem, ha nem valamilyen elméleti alapon? Másik projekt a két rendkívül nagy
DNS méretkülönbségü szalamandra-fajta összehasonlító analizise, pl. a
FractoGem-ek (fraktális DNS struktúrák) szempontjából. További válasz a
felvetett témára, hogy “Pl. a szalamandrák és tüdoshalak genomja
nagyságrendileg nagyobb az emberi genomnál, mégis igencsak meglepne (bár
természetesen tévedhetek), ha bármelyikük esetében bonyolultabb Purkinje
sejtekkel találkoznánk mint az ember esetében”.
Valóban vannak ilyen meglepo dolgok, melyek tévedésre vezethetnek. Pl.
ismert, hogy a Mormyrid (elektromos hal) Purkinje sejtje látványosan
gigantikusabb a törzsfejlodésben sokkal frisebb emberhez képest. A Mormyrid
azonban azt hiszem meg mindig nincs szekvenálva, pedig pont ilyen ok miatt
ezt is kéne, ez talan fontosabb is lehetne, mint egyes szekvenalasok “pet
project” jelleggel. (Ha ismert, hogy szekvenaltak, megkoszonnem az
iranymutatast). Szekvenálás hiányában egyelore nehéz megválaszolni, hogy mi
keszteti a Mormyrid gigantocerebellumat.
4) “Cikkük tetemes részében foglalkoznak a Pcp2/L7 molekulával, ami meglepo
annak a fényében, hogy mint vegül meg is említik, a fehérje hiánya nem okoz
jól látható rendellenességeket az egerek kisagyában”.
A Pcp2/L7 kérdése (amely nem külön molekula, “csak” egy szekvencia…)
egyrészt elég egyszerü, másrészt rendkívül mély, ha figyelmesen olvassa a
cikket. Kétféle magyarázat lehetséges ugyanis hogy egyes fajokban miért nem
(könnyen) lehet fellelni a Pcp2/L7-t. Mint rendesen, egy új irányzatban a
kérdések újabb kérdésekhez vezetnek, de a folyamat sokkal irányítottabb,
mint elmélet NÉLKÜL. Az egyszerubb magyarazat arra alapul, hogy a cikk
említi az ismert tényt, hogy az ötféle kisagyi sejt közül egyes
neuronfajtak (a kosársejt és az u.n. Golgi-sejt) nem minden fajnál lelheto
fel (mindketto hatással van a mindig jelenlevo Purkinje sejtek müködésére).
Az egyszerubb magyarázat tehát az lehet, hogy ilyen faji különbségek miatt
nem (könnyü) fellelni a Pcp2/L7-t. (Egyébként miért kellene minden
fehérje-hiánynak “jól látható rendellenességet” okoznia? Sok olyan
rendellenesség van, ami “nem jól látható”!). A másik magyarázat, és ezért
itt is egy komoly projekt leledzik, hogy ha nem dogmatikusan tekintünk a
DNS-re, akkor lehetséges hogy a “csakis szekvencia számít” dogma esetleg
nem is igaz.
Q: “ha nem szekvencia homológia alapján, akkor hogyan lehetne megállapítani
egy Danio v. Fugu v. Xenopus fehérjérol, hogy az egy Pcp2 homológ (ezt
azért kérdezem, mert diszkussziójuk egy része ezt tárgyalja)?”).
A: Vajon elgondolkodott-e azon, hogy a DNS fraktalitása esetleg hasonlóan
lényeges, mint a szekvenciája? (Itt van a különbség “lineáris” ill.
“fraktális” olvasás között…). Azok számára, akiknek ez a gondolatmenet
talán túl meredek, képzeljük el, hogy egy Marslakó egy földi könyvet
vizsgálgat. Vajon hogyan érti meg (legkönnyebben)? Ha csak egy iszonyú
hosszú betüsort tekint, talán nem találja a lényeget. Esetleg segít, ha
felfedez “szavakat” (mondjuk pyknon-okat…)? Jobb, ha megérti, vagy
legalábbis rákerdez arra, hogy melyik egy “kulcsmondat” a szövegben?
Középiskolai latin tanárnonk (Apáczai gimn) klasszikusokat fordíttatott
velünk, SZÓTÁR HASZNÁLATA NÉLKÜL. A szavakat úgy-ahogy ismergettük – az
ismeretlen szöveg szerkezete kényszerített ra minket arra, hogy rátaláljunk
“kulcsmondatra”, a szó-eloszlás markáns tulajdonsagai szerint. A cikk
“diszkussziója” jelzi, hogy a “sima szekvenciát vizsgáló eszközökön tul,
pl. BLAST”, újfajta szofver-eszközök szükségesek – de ez már egy külön blog
lenne …”
Akkor eredeti idorendi sorrendben a megjegyzeseim:
#3.) A genom meret – komplexitas osszefugges kapcsan maximalisan szkeptikus maradtam, egyebek mellet azert, mert az on altal emlitett elefanthal (ha jol ertem a szobanforgo mormyrid ugyanis a Gnathonemus petersii) genomja (www.genomesize.com/result_species.php?id=2605) ugyanis csak 60%-a a zebrahal genomjanak (www.genomesize.com/result_species.php?id=2245), amelynek Purkinje sejtje, mint az az on cikkebol is kiderul, nem kozeliti meg komplexitasaban az emberet. (A kovetkezo napokban megprobalok a szalamandrak Purkinje sejtjeinek is utanna nezni.)
#4.) Hogy a homologiak mibenletenel maradjak, az on hasonlatat parafrazalva: a latin szoveg lenyege nem valtozona attol, hogy adott helyen egy szo helyett annak a szinonimaja szerepelne. Ezek funkcionalisan azonosak, de betuszerint nem. Hasonloan, ha valamilyen modon lelne egy funckionalis v. “fraktal” homologjat a Pcp2-nek zebrahalban, az nem jelentene azt, hogy az a Pcp2 zebrahal homologja. Csak annyit, hogy a halban egy masik feherje kepes ua. a funkciot betolteni.
A 12-es hozzaszolasra:
Csak ismetelni tudom: a PosztGenetika azert ertelmetlen, mert a nem kodolo DNS rejtelmeinek megfejteset jobbara ugyanugy a genetika segitsegevel fogjuk megejteni, mint a kodolo DNS-et. Ketsegtelen, hogy a bioinformatika segitsegre lesz ebben, de az in silico predikciok onmagukban semmit sem ernek, ha elettudomanyrol van szo. A vegso bizonyitek in vivo kell megszulessen, marpedig ma aligha talalunk a biologianak olyan teruletet ahol a genetikanak ilyen vagy olyan formaban nem lenne szerepe a kiserletekben.
Akkor a szalamandrak Purkinje sejtjei, pontosabban a mexikoi axolotl, mert csak arrol talaltam informaciot (Ide et al., J Comp Neur 176, 373-386).
Bar nem vagyok neuroanatomus, szerintem ennek a fajnak a Purkinje sejtjei (criticalbiomass.freeblog.hu/files/2006_11/axolotl-Purkinje.jpg) sokkal inkabb tukrozik a filogenetikai poziciojat, mintsem genom meretet (www.genomesize.com/result_species.php?id=503), amely nagysagrendnyivel nagyobb az emberenel (www.genomesize.com/result_species.php?id=4420).
Kedves Varga úr!
C-value paradox.
Paradoxonokkal szembenezve igen helyénvaló a szkepticizmus. Mondjon azonban egy jobb magyarázatot, mint a FractoGene-e… (Részletek magánban a mormyrid Purkinje sejtjéről – nem hiszem, hogy megnézte milyen is a mormyrid Purkinje sejtjenek dendritfája…)
Homológiák mibenléte.
(Nem latinból, hanem görögből, de ez most mindegy). Azt hiszem, kezd derengeni, hogy a “homológia” szekvenciára korlátozása máris önkényesnek tűnik, a PosztGenetikából kicsit hátrapillantva. Az eredeti fogalom sokkal tágabb. A szekvencia hasonlóképpen egy beszűkült értelmezés, mint egy könyvet puszta “betüszekvenciának” tekinteni. (Ld. a http://www.junkdna.com/new_citations.html legújabb híreit).
PosztGenetika:
“Csak ismetelni tudom” c. válasza nem önismétlő, hanem önhasonló (hasonlóan a fraktális iterációkhoz, az ismétlésekben új elemek vannak; pl. a Mandelbrot-Set egyes “örvényei”-nek pl. sem a helyzete, sem a mérete egyáltalán nem ugyanaz…).
Csúsztatása a “vitában” az előző “érvekről” szerencsére igencsak az egyetértés irányába látszik konvergálni. A “nem kódoló DNS rejtelmeinek megfejtését jobbára ugyanúgy a genetika segítségével fogjuk megejteni, mint a kódoló DNS-ét” megjegyzésével Varga úr beérkezett ugyanoda, ami a PosztGenetika lényege. (Nem más, mint a genetika Mendel-i preklasszikus, Bateson-i klasszikus, Watson-Crick-től modern korszaka utáni következő, “postmodern” korszaka). Ugyanakkor a genetikán belül az egyes korszakok között igen komoly prioritas-sorrendbeli változások vannak, messzemenő világgazdasági és egyéb kihatással. Mindez igen hasonló a fizikán belül rámutatni pl. Newton, Maxwell, Curie, Einstein idejével jelzett korszakokra, melyekben alapvető prioritássorend-változások történtek, pl. amikor a klasszikus mechanikáról a villamosságtanra, az atomhasadás elméletére, majd az atomhasadás világformálására tolódott a hangsúly. Ugyancsak egyetértő az “in silico predikciók önmagukban semmit sem érnek, ha élettudományról van szó” c. “ellenérv”. Kell-e az elméleti és kisérletes megközelítések szintézisének érdemeit pont nekem címezve, a Szentágothai-iskola alakja számára “méltatni”? Közleményeim alapján az olvasó döntse el: http://www.usa-siliconvalley.com
Ez viszont érdekes és fontos: “A végső bizonyíték in vivo kell megszülessen”. Hát persze, (mondaná Szentágothai is) kísérletes természettudományok nélkül aligha lehetne megadni a „végső bizonyítékot”. Bizonyítékot? Vajon mire? Hát a természettudományok kérdéses elméletére! Szentágothai nagysága abban (is) volt, hogy bár olyan velejében kísérletes temészettudománynak volt hatalmas oszlopa, mint az anatómia, tökéletesen tudatában volt annak is, hogy pl. a neuronhálózatok szerkezete önmagában nem elég a működés megértéséhez egy megfelelő (igen, matematikai) elmélet nélkül (Székely akadémikus, az IPGS egyik alapítója tud talán legjobban visszaemlékezni, hogy még a mátrixok alkalmazásával is próbálkoztak). Az „öreg” mindig tökéletesen tisztában volt azzal, hogy a matematikával és számítógépekkel túl kell lépnie „saját portáján”. Aki erre tudományban nem képes, nem lehet megközelítően sem hasonlóan nagy, mint Szentágothai. Ez volt anatómiai iskolájának egyik legnagyobb üzenete. A Szentágothai-szellemiség lángoszlopként él a magyar tudományban. A genetikában is, az alkalmazott matematikában is. Talán ezzel is magyarázható a PosztGenetika hazai sikere.
Dr. Pellionisz
Tisztelt Pellionisz ur,
azt kell mondanom, hogy on teved. A C-ertek mereseben semmi paradox nincs, hiszen a haploid sejten beluli DNS mennyiseget jeloli. Ez pedig egy kiserletesen meghatarozhato mennyiseg. Azt valoban nehanyan rejtelyesebbnek tartjak, hogy miert nem fugg ossze a genom meret a komplexitas novekedesevel. (Ennek sokfele oka lehet, az egyik, hogy pusztan a genom novekedese nem kotelezoen jelenti, a benne kodolt informacio mennyisegenek novekedeset is. Pl. egy-egy retrotranszpozon onmagat fogja szorgalmasan masolni, de ez a folyamat csak elvetve hoz letre minosegileg uj informaciot.)
Termeszetesen elfogadom, hogy ez a megfigyeles nem hozhato osszhangba a FractoGene predikcioival, de ettol az a teny nem valtozik meg, hogy (mint azt a fent hozott peldak is illusztraljak), a genom meret es a Purkinje sejt komplexitas sem linearisan, sem maskepp nem korrelal.
Megismetelnem korabbi keresemet is: segitsen megertenunk a FractoGene mukodeset es mutassa be egy konkret peldan keresztul, mikent juthatunk el adott szekvenciatol a hozzarendelheto FractoGem-ig.
Az allitolagos csusztatasaim kapcsan:
a #10-es hozzaszolasban ezt irtam:
“szerintem nem ketseges, hogy a forward- es reverse- genetikai modszerek lesznek a legfontosabbak ezek [enhancerek es mas szabalyozo regiok] meghatarozasaban is. A bioinformatika termeszetesen ertekes segedeszkoz, hiszen segiti a hipotezisfelallitast, de a vegso valasz elettudomanyrol reven szo, csak egy elo rendszerbol johet.”
a #14-esben pedig ezt:
“a nem kodolo DNS rejtelmeinek megfejteset jobbara ugyanugy a genetika segitsegevel fogjuk megejteni, mint a kodolo DNS-et. Ketsegtelen, hogy a bioinformatika segitsegre lesz ebben, de az in silico predikciok onmagukban semmit sem ernek, ha elettudomanyrol van szo. A vegso bizonyitek in vivo kell megszulessen, marpedig ma aligha talalunk a biologianak olyan teruletet ahol a genetikanak ilyen vagy olyan formaban nem lenne szerepe a kiserletekben.”
Kerem segitsen, hogyan csusztattam…?
Udvozlettel.
“Azt kell mondanom, hogy on teved. A C-ertek mereseben semmi paradox nincs, hiszen a haploid sejten beluli DNS mennyiseget jeloli. Ez pedig egy kiserletesen meghatarozhato mennyiseg.”
Rendkívül sajnálatosnak és időráfordítási okokból elkerülendőnek tartok csúsztatásokon alapuló és felületes “vita”-stílust, amely ráadásul minduntalan valami bélyegzésre lyukad ki. Nem hinném, hogy ez építő jellegű. A “C-value paradox” említésénél azt adja a szájamba (amit én soha sem mondtam), hogy a C-érték MÉRÉSÉBEN van a paradox. (A paradox az általános trendtől eltérő MÉRÉSEK ÉRTELMEZÉSÉBEN van). Olyan felületes szinten még kevésbé igényelhető egy partner idejének igénylése, hogy a “C-value paradox” témájában magát a paradox jelleget “vitatja” (megengedve, hogy “néhányan rejtélyesebbnek tartják”), holott triviális Google kereséssel minden olvasó meggyőződhet arról, hogy a “C-value paradox” string több mint tizenhétezer találatot ad. Persze lehet, hogy tizenhétezren mind tévedünk és Önnek van igaza, hogy nincs semmi paradox a C-értékek értelmezésénél – de akkor miért vitatja Ön éppen a C-értékek értelmezését (ráadásul az Ön számára most rohammunkában megismerendő Purkinje neuronok témájában, melyre én már számos tucat közleményben néhány évtized munkájával elég alaposan felkészültem) ? A csúsztatáson és felületességen túl van itt egy önellentmondás is… esetleg egy “rush to judgement”…
Az alapvető “vitatémában” – “Kerem segitsen, hogyan csusztattam…?” – szintén azt hiszem, hogy az olvasók könnyen észreveszik vitastílusának jellegét. Blog megjegyzésem azzal kezdődött, hogy Ön “értelmetlennek” bélyegezte a PosztGenetikát, majd erről gondolom letéve “csúsztatott”, és #10, #14-ben olyan érvelésekre kanyarodik, melyek az értelmetlenséget egyáltalán nem bizonyítják, ám maguk az érvek szinte triviálisan általános elgondolásokat tükröznek, hogy azokkal ne is lehessen „vitatkozni”.
Felajánlásom szerint szívesen segítek, de valamivel több felkészültség (pl. a Purkinje neuronok sejtése helyett a sejtek ismerete, alapfogalmak, mint „C-value paradox” legalábbis internet-kikeresése és egy alapvető kooperációs készség, pl. hiányos információk ellenére tett sommás bélyegzések elkerülése) ennek feltétele.
A http://www.usa-siliconvalley.com lapon számos közlemény on-line is elérhető. Egybe bizonyosan belenézett, de talán van még bőségesen felkészülni való felületes és talán tudósként nem helyénvaló előitéletek helyett.
Tisztelt Pellionisz úr,
köszönöm meleg hangú személyes megjegyzéseit, de ha megenged egy észrevételt, szerintem a téma megvitatása szempontjából célszerűbb a tényekre szorítkozni.
C-value:
– az egyes élőlények genommérete és szervezeti komplexitása között nincs összefüggés. Ez kezdetben valóban zavarta a biológusokat, de a nem-kódoló DNS felfedezése megmagyarázta a látszólagos ellentmondást, hiszen a genomméretbeli különbségeket ezen DNS mennyiségi különbségei okozzák elsősorban. Ezért a korabeli „C-value paradox” kifejezés értelmét vesztette, és mára felváltotta a „C-value enigma”, amely keretében a kutatók a nem kódoló DNS tulajdonságait vizsgálják. (en.wikipedia.org/wiki/C-value_enigma)
– ha jól értem, bár cikkében tett ezzel ellenkező utalást, eddig ön is elfogadta, hogy a genom méret és a Purkinje sejtek dendritfájának komplexitása szintén nem korrelál egyes fajokban. Amennyiben ezt a megállpítást vitatja, kérem magyarázza el, hogy az említett szalamandra-ember, ill. elefánthal-zebrahal összehasonlításokkal mi a baj.
FractoGene:
– ismételten kérem, mutassa be egy példán keresztül, miként rendel az algoritmus egy adott szekvenciához megfelelő FractoGemet. Ha az én tudásom kevés is ahhoz, hogy megértsem, hátha valamelyik olvasó segíteni tud majd benne.
„PostGenetics”
– „ If the Quick Fund were used for the foundation of a Professorhip related to heredity and variation, the best title would, I think, be „The Quick Professorship of the Study of Heredity”. No simple word in common use quite gives this meaning. Such a word is badly wanted, and if it were desirable to coin one, ’Genetics’ might do.” (www.jic.bbsrc.ac.uk/corporate/about/bateson.htm)
Így született a „genetika” kifejezés. És attól, hogy napjainkban az öröklődést és variációt in silico predikciók alapján akarjuk tanulmányozni, maga a cél nem fog változni. Az új módszerek kiegészítik ismereteinken, de nem hoznak olyan változást, amely miatt a genetika mint tudományág meghaladottá válna, és indokolt lenne egy új kifejezés bevezetése.
Üdvözlettel.
Igen tisztelt Varga úr!
Gratulálok gyorstanulásához, de az egész blogozás folyamán mindig sokkal jobb lett volna, ha ítélkezéseit megelőzte, s nem pedig rendre követte volna a megfelelő információk beszerzése.
Örülök annak is, hogy láthatólag megnézte (így utólag) az általam jelzett tizenhétezer Google-találatból a „C-value paradox”-ra elsőként kiugró Wikipedia ISMERETTERJESZTŐ tájékoztatást, valmint hálás vagyok „felfedezéséért” hogy PostGenetics Society honlapjain már több mint egy éve fascimile formájában ott tündököl a Bateson-levél (a „genetics” kifejezés megalkotásáról);
http://www.junkdna.com/ipgs_staged/early_history.html
Bár jól halad a PostGenetics felé, szabadjon rámutatnom, hogy (ha már elővette a Wikipédiáját) még az is jelzi, hogy egy nyílt (még a terminológiát is megváltoztató) paradigmaváltás történik mostanában, hogy a “C-value paradox”-ból éppen azért váltottak egyesek 2003-ban „C-value enigma”-ra, mert manapság nyilvánvaló, hogy a „junk dna” növeszti oly nagyra (olykor csak az egyikfajta szalamandra) DNS állományát.
Az már kicsit aggódva biggyesztem hozzá (stílusától tartva, amire csak azt mondhatom Warren McCulloch-ot, a Neural Networks egyik olyan úttörőjét idézve, amikor a paradigmaváltásnak még nem volt elfogadott neve: „Don’t bite my finger – look where I am pointing!”), hogy a FractoGene (2002) fényében a „C-value paradox” ma már „C-value theory” (természetesen a „végső bizonyítékot”, mint ahogy magánleveleimben is vázoltam, bár érdemben egyikre sem válaszolt, rengeteg kisérletes munka fogja enyhén szólva megelőzni).
A PosztGenetikáról szólván vegyük észre, hogy Varga úr ismét csúsztat, olyasmit szájamba adva, amit sohasem mondtam „a genetika mint tudományág meghaladottá válna”. Gyorstanulása ellenére hányszor kell még elmondani, hogy a PosztGenetika a genetika RÉSZE („csak” egy új korszaka, melyben a preklasszikus, klasszikus, modern és posztmodern idők prioritásai, és ennek megfelelően még terminológiája is VÁLTOZIK). A rész, amint matematikában ismeretes, nem haladja meg az egészet. (A részek közötti változást ld. pl. az Ön által idézett „C-value paradox” helyettesítésével „C-value enigma”-ra, ami ma már C-value theory”. Természetesen „végső bizonyíték” nélkül [minthogy „végső bizonyíték” tudományban nincs is]. Más példaként az elektromosság pl. Faraday-nek sokban enigmatikus volt, míg Maxwell-nél már elmélet lett. Szerencsére Faraday éppen megérte a paradigmaváltást az empirikus leírásról az algoritmikus magyarázatra…).
Végül szíves engedelmével a szellemi értékek társadalmasításának más módjait helyénvalóbbnak (és társadalmilag korszerűbbnek, mondhatnám félve, sokkal inkább PostModern jellegűbbnek) látom, minthogy egy Blog-ban kézenfogva elvezessem „miként rendel az algoritmus egy adott szekvenciához megfelelő FractoGemet”. Különösen, ha kézen vezetve harapdálja az ujjaimat…
Igérem azonban, hogy Önnek dedikálok majd egy példányt, ezen blogozás emlékezetére.
Különleges tisztelettel,
Dr. Pellionisz
Tisztelt Pellionisz úr,
köszönöm, hogy nyilván rendkívül elfoglalt programjában időt szakított rám. Sajnálom, hogy nem érhettem fel szellemi nagyságához.
Üdvözlettel.
Tisztelt Máté!
Lehet hogy kevesebb angol szó lesz a hozzászólásomban mint mondatonként kettő! Az baj? 😉
A te stílusod bicskanyitogató. Ezt tudjuk. De “dollárdmilliárdok én Szentágothai tanítvány vagyok ezért kioktatlak” úr felállás is elég röhejes.
Utóbbi nem biológus. Ezt tudjuk. Ez is böki a csörődet (tagadd le!?).
Utsó megjegyzés. Nem vagyok kifejezetten pacifista de aki a saját munkájának kiemelendő gyümölcseként, mitöbb célként, egy kvázi tömegpusztító fegyvert (“gyakorlati célok eléréséhez, mondjuk egy F15 vadászgép mesterséges cerebellummal való koordinációjához”) emel ki (esetleg részt is vett a fejlesztésben – dollármiliárdokért) azzal nem érdemes beszélni!
Igazam van dr Strangelove?
(hoppá egy angol szó, mégiscsak sikerült a végén)
s.
Háát, idejét látom, hogy nem genetikusként (de biológusként) bele kotnyeleskedjek a témába. Bár Dolphin-nal számos esetben vitatkozom és sokszor nem értünk egyet, most osztom a véleményét. Pont abból az okból kifolyólag, amely miatt sokszor összecsapunk!
Ui. ha az ember tanulmányozni akarja az erdőt, elkerülhetetlen hogy bemenjen, ha meg már benne van, akkor meg nem láthatja a fáktól, bokroktól magát az erdőt! Minél mélyebben hatol be, annál kevésbé! Nem értek egyet a “posztgenetika” fogalom használatával, mert a genetikától igen távol áll ma még, hogy kimeritse lehetőségeit. Folyamatosan vitatom, hogy egy-egy módszer, kutatási irányzat egyedül üdvözitőnek nevezze ki magát, most miért tennék kivételt? A vitában emlitett/boncolt módszerekkel/eredményekkel is ez a helyzet. Segitenek tovább vinni a kutatásokat, új utakat nyítnak meg, változtathatnak egyes eddigi elképzeléseken, de csak kiegészitik a tudásunkat és nem változtatják meg. Dehát a tudományban is minden cigány a maga lovát dicséri (még ha éppen gebe is).
Jó két éve folyt ez az érdekes vita, sajnos csak most leltem rá, pedig lenne pár kérdésem. Azért hátha válaszol rá valaki. (Hozzátenném, hogy a következő kérdésekről volt szó a fenti párbeszédben, de úgy érzem, nem sikerült kellőképp kifejteni őket, dűlőre jutni, vagy esetleg csak én nem értem, lévén nem vagyok biológus.)
Korábban olvastam a Pellionisz-féle posztgenetikáról, és már akkor is volt pár homályos folt számomra. Először is, a (fehérjét) nem kódoló régiók több szerepe is ismert és kutatott már az 50-es, 60-as évektől, ha jól tudom. Ezen régiók természetesen másképpen “működnek”, mint a kódolók. A posztgenetika által vizsgált szakaszok miben különböznek az eddig ismert nem kódoló régiók szabályozó mechanizmusaitól?
Pellionisz Úr arról beszél, hogy a junk-DNS elnevezés teljesen értelmét veszti, amiből azt vonom le, hogy szerinte nincs olyan genom részlet, amelynek ne lenne funkciója. Hogy lehet akkor, hogy közeli rokon fajokban nagyságrendi különbségek vannak a genomméretben? (Tudom, tudom, ne csesszetek le, erről is volt szó, de egyszerűen nem látom, hogy hová jutott a vita, muszáj újra így feltennem a kérdést.)
Ha vannak ilyen fraktálgeometria alapján “működő” régiók, akkor azok hogy állnak a Dawkins-féle önző gén elmélettel? A géneknek ugyanis nagyjából meghatározott helyük, elrendeződésük, stb. van (tehát kb. “egyben vannak”), az ilyen fraktálgeometria alapján működő genomrészletek viszont nem tudom, hogy tudnak egységként működni, és mivel ez fontos a tulajdonságok átörökítésénél, kicsit nehezen tudom elképzelni, hogy hogyan hathat a szelekció ilyen “képlékeny” (legalábbis annak tűnő) struktúrákra.
Ha butaságot írtam volna, elnézést, remélem, el tudja valaki magyarázni a lényeget úgy, hogy egy nem szakmabeli is megértse.
csati,
alapvetoen jok a kerdeseid. Sok minden kovetkezne a fraktal-elmeletbol, ami a gyakorlatban nincs igy. Hogy ebbol mi kovetkezik, azt mindenkinek a fanataziajara bizom. 😉