{"id":7477436,"date":"2015-05-28T09:26:49","date_gmt":"2015-05-28T07:26:49","guid":{"rendered":"https:\/\/criticalbiomass.blog.hu\/2015\/05\/28\/valami_mamutos"},"modified":"2015-05-28T09:26:49","modified_gmt":"2015-05-28T07:26:49","slug":"valami_mamutos","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/?p=7477436","title":{"rendered":"Hogyan \u00e9s minek &#8222;kl\u00f3nozzunk&#8221; &#8222;mamutot&#8221;?"},"content":{"rendered":"<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/m.blog.hu\/cr\/criticalbiomass\/post-image\/2015\/05\/woolly-mammoth-model_82791_1.jpg\" alt=\"woolly-mammoth-model_82791_1.jpg\" class=\"imgright\" \/>Kev\u00e9s ma m\u00e1r nem \u00e9l\u0151 \u00e1llat k\u00e9pes annyi embert izgalomba hozni, mint a mamut. \u00c9s valahogy az els\u0151 befagyott mamutok felfedez\u00e9se \u00f3ta tartja mag\u00e1t a rem\u00e9ny\/v\u00e1gy, hogy egyszer fel tudjuk majd t\u00e1masztani ezeket a k\u00fcl\u00f6nleges, sz\u0151r\u00f6s elef\u00e1ntokat.<\/p>\n<p>F\u00e9l \u00e9ve <a href=\"http:\/\/criticalbiomass.blog.hu\/2014\/12\/21\/hogyan_klonozzunk_mamutot\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">\u00edrtam ezekr\u0151l a t\u00f6rekv\u00e9sekr\u0151l<\/a>, illetve arr\u00f3l, hogy ezek k\u00f6z\u00fcl is a leg\u00edg\u00e9retesebb nem is annyira mamut-kl\u00f3noz\u00e1ssal \u00e9rne fel, mint egyszer\u0171en az \u00e1zsiai elef\u00e1nt &#8222;mamutos\u00edt\u00e1s\u00e1val&#8221;. (K\u00f6zben a koll\u00e9ga is\u00a0\u00edrt err\u0151l r\u00f6viden <a href=\"http:\/\/sciencemeetup.444.hu\/2015\/05\/04\/igy-lehetne-mammutot-csinalni\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">a ScienceMeetup blogj\u00e1n<\/a>.)<\/p>\n<p>Ut\u00f3bbi azt jelenten\u00e9, zanz\u00e1s\u00edtva, hogy a mamut-genom ismeret\u00e9ben meg tudjuk mondani, hogy hol vannak azok a mut\u00e1ci\u00f3k, amelyek megk\u00fcl\u00f6nb\u00f6ztett\u00e9k ezeket az egykor \u00e9lt l\u00e9nyeket mai rokonaikt\u00f3l, \u00e9s ezeket a v\u00e1ltoz\u00e1sokat azt\u00e1n bevinn\u00e9nk az elef\u00e1nt genomba; a sejteket felhaszn\u00e1ln\u00e1nk egy kim\u00e9ra-elef\u00e1nt l\u00e9trehoz\u00e1s\u00e1ra, \u00e9s ha annak az ivarvonal\u00e1ba beker\u00fclnek, akkor a k\u00f6vetkez\u0151 gener\u00e1ci\u00f3ban m\u00e1r r\u00e9szben &#8222;mamutos\u00edtott&#8221; elef\u00e1ntok sz\u00fcletn\u00e9nek.<\/p>\n<p><!--more--><\/p>\n<p>Ehhez persze elengedhetetlen, hogy ne egyetlen mamut-genom \u00e1lljon a rendelkez\u00e9s\u00fcnkre, hiszen akkor hogy is tudn\u00e1nk eld\u00f6nteni, hogy egy-egy hely, ahol ez k\u00fcl\u00f6nb\u00f6zik az \u00e1zsiai elef\u00e1ntok genomj\u00e1t\u00f3l egyszer\u0171, nem sok jelent\u00e9ssel b\u00edr\u00f3 polimorfizmus, vagy valami nagyon is fontos, faj-specifikus mut\u00e1ci\u00f3t k\u00f3dol\u00f3 DNS szakasz?<\/p>\n<p>\u00c9pp ez\u00e9rt az ut\u00f3bbi id\u0151ben egyre t\u00f6bb mamut genomja ker\u00fclt megszekven\u00e1l\u00e1sra: az elm\u00falt h\u00f3napokban \u00e9ppen n\u00e9gy, amelyek k\u00f6z\u00fcl kett\u0151t a <a href=\"http:\/\/www.sciencedirect.com\/science\/article\/pii\/S0960982215004200\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\"><em>Current Biology<\/em>-ban publik\u00e1ltak<\/a>, kett\u0151t pedig egy, egyel\u0151re csak a <a href=\"http:\/\/biorxiv.org\/content\/biorxiv\/early\/2015\/04\/23\/018366.full.pdf\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\"><em>bioRx<\/em><em>iv<\/em> fel\u00fclet\u00e9n el\u00e9rhet\u0151<\/a> cikkben.<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/m.blog.hu\/cr\/criticalbiomass\/post-image\/2015\/05\/mammoth_curbio_1.jpg\" alt=\"mammoth_curbio_1.jpg\" class=\"imgleft\" \/>Az el\u0151bbi esetben a k\u00e9t minta t\u00e9rben \u00e9s id\u0151ben igencsak elt\u00e9r\u0151 popul\u00e1ci\u00f3kb\u00f3l sz\u00e1rmazott: az egyik mamut a jakutf\u00f6ldi <a href=\"http:\/\/hu.wikipedia.org\/wiki\/Ojmjakon\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Ojmjakon<\/a> k\u00f6rny\u00e9k\u00e9r\u0151l ker\u00fclt el\u0151 \u00e9s majdnem 45 ezer \u00e9vvel ezel\u0151tt \u00e9lt, a m\u00e1sik pedig m\u00e1r, a mamutok alkony\u00e1n, ~4300 \u00e9vvel ezel\u0151tt, a <a href=\"http:\/\/hu.wikipedia.org\/wiki\/Vrangel-sziget\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Vrangel-szigeten<\/a>.\u00a0<\/p>\n<p>A k\u00e9t egyed \u00f6sszevet\u00e9se \u00edgy egyr\u00e9szt informat\u00edv az\u00e9rt is, hogy l\u00e1ssuk, mennyit v\u00e1ltozott ennyi id\u0151 alatt a mamutok genomja, de ami m\u00e9g enn\u00e9l is fontosabb: abb\u00f3l, hogy ezek a diploid genomok mennyi polimorfizmust hordoznak (vagyis h\u00e1ny olyan helye van a genomnak, ahol a kromosz\u00f3map\u00e1rok megfelel\u0151 poz\u00edci\u00f3j\u00e1ban elt\u00e9r\u0151 szekvencia van, azaz az egyed heterozig\u00f3ta arra a szakaszra n\u00e9zve), arra is k\u00f6vetkeztethet\u00fcnk, hogy mennyire volt belteny\u00e9sztett az adott helyen \u00e9s id\u0151ben \u00e9l\u0151 mamutcsorda.\u00a0<\/p>\n<p>Az eredm\u00e9nyek, mint az al\u00e1bbi \u00e1bra is mutatja, tal\u00e1n nem is t\u00fal meglep\u0151en arra engednek k\u00f6vetkeztetni, hogy a heterozig\u00f3cia fokozatosan lecs\u00f6kkent (az ROH \u00e9rt\u00e9k azt mutatja, milyen hossz\u00fa szakaszok kiz\u00e1r\u00f3lag homozig\u00f3t\u00e1k, azaz t\u00f6k\u00e9letesen azonosak, a genomban) a vrangel-szigeteki egyedekben (kb. 20%-al az ojmjakoni egyedhez k\u00e9pest), ami j\u00f3l jelzi, hogy ezek az utols\u00f3 mohik\u00e1nok m\u00e1r csak egy kihal\u00f3f\u00e9lben lev\u0151 popul\u00e1ci\u00f3t k\u00e9pviseltek. (Ugyanakkor &#8211; \u00e9s ez szomor\u00fa a jelenre n\u00e9zve &#8211; az \u0151 heterozig\u00f3cia szintj\u00fck m\u00e9g mindig magassabb volt, mint sz\u00e1mos ma vesz\u00e9lyeztetett faj\u00e9&#8230;)<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/m.blog.hu\/cr\/criticalbiomass\/post-image\/2015\/05\/mammoth_curbio_2.jpg\" alt=\"mammoth_curbio_2.jpg\" class=\"imgnotext\" \/>A m\u00e1sik tanulm\u00e1ny kev\u00e9sb\u00e9 foglalkozott popul\u00e1ci\u00f3genetik\u00e1val, \u0151ket sokkal jobban \u00e9rdekelte, hogy _\u00e1ltal\u00e1ban_ milyen g\u00e9nekben k\u00fcl\u00f6nb\u00f6zik a mamut \u00e9s \u00e1zsiai elef\u00e1nt genom, illetve, ha valamilyen \u00e9rdekes g\u00e9nben tal\u00e1lnak mut\u00e1ci\u00f3t, fel tudj\u00e1k-e &#8222;t\u00e1masztani&#8221; azt a g\u00e9nt.<\/p>\n<p>A genomok-\u00f6sszevet\u00e9se ut\u00e1n \u00f6sszegy\u0171jt\u00f6tt\u00e9k azokat a feh\u00e9rjek\u00f3dol\u00f3 g\u00e9neket, amelyekben valami jellegzetes aminosav-csere t\u00f6rt\u00e9nt \u00e9s egy m\u00e1sik adatb\u00e1zisban megn\u00e9zt\u00e9k, hogy ezeknek a g\u00e9neknek milyen szerep\u00fck van a klasszikus eml\u0151s-model, az eg\u00e9r eset\u00e9ben. Az eredm\u00e9ny legink\u00e1bb az\u00e9rt hihet\u0151, mert nem meglep\u0151: az al\u00e1bb is l\u00e1that\u00f3 sz\u00f3-felh\u0151 egy\u00e9rtelm\u0171en a zs\u00edr anyagcser\u00e9ben bek\u00f6vetkezett v\u00e1ltoz\u00e1sokat emeli ki, ami v\u00e1rhat\u00f3, hiszen a hideg \u00e9ghajlathoz a mamutok a zs\u00edrfelhalmoz\u00e1ssal (is) alkalmazkodtak.\u00a0<\/p>\n<p><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/m.blog.hu\/cr\/criticalbiomass\/post-image\/2015\/05\/mammoth_bioarxiv.png\" alt=\"mammoth_bioarxiv.png\" class=\"imgnotext open-in-modal\" \/>\u00a0<\/p>\n<p>Ehhez kapcsol\u00f3dik az\u00a0<em>RNASEL <\/em>(<em>Ribonuclease L<\/em>) g\u00e9n k\u00f3piasz\u00e1m\u00e1ban bek\u00f6vetkezett v\u00e1ltoz\u00e1s is (elef\u00e1ntban minden sejtben 2, mamutban 6 db), hiszen ez is a zs\u00edrsejtek differenci\u00e1ci\u00f3j\u00e1t szab\u00e1lyozza.<\/p>\n<p>Kicsit m\u00e1s t\u00e9szta a k\u00e9s\u0151bb &#8222;fel\u00e9lesztett&#8221;\u00a0<em>TRPV3\u00a0<\/em>g\u00e9n, ami a h\u0151\u00e9rz\u00e9kel\u00e9st szab\u00e1lyozza (a magas, 33\u00b0C feletti h\u0151m\u00e9rs\u00e9kletet jelzi), illetve a sz\u0151rn\u00f6veked\u00e9sben van fontos szerepe. A g\u00e9n mamut-verzi\u00f3ja olyan mut\u00e1ci\u00f3t hordoz (N647D), ami a laborat\u00f3riumi k\u00f6r\u00fclm\u00e9nyek k\u00f6z\u00f6tt (egy hum\u00e1n, vesesejtekb\u0151l \u00e1ll\u00f3 sejtvonalba, a HEK293-ba vitt\u00e9k be) kev\u00e9sb\u00e9 akt\u00edv, mint az elef\u00e1nt megfelel\u0151je. Ez pedig nagyon eml\u00e9keztet arra, amit\u00a0<em>Trpv3<\/em>-mut\u00e1ns egerekben megfigyelhet\u00fcnk. \u00c9s ez\u00e9rt is adja mag\u00e1t, hogy ut\u00f3bbiak egy m\u00e1sik fenot\u00edpus\u00e1t is figyelmbe vegy\u00fck (amit a HEK293 sejtekben nem lehetett letesztelni): amikor a TRPV3 nem m\u0171k\u00f6dik rendesen (vagy egy\u00e1ltal\u00e1n), az egerek sz\u0151re hosszabb \u00e9s hull\u00e1mosabb lesz &#8211; pont mint a mamutok\u00e9.\u00a0Vagyis a <em>TRPV3(N647D)<\/em>\u00a0pont egy olyan mut\u00e1ci\u00f3nak t\u0171nik, amit az elef\u00e1ntok mamutos\u00edt\u00e1s\u00e1hoz hasznos\u00edthatn\u00e1nk.<\/p>\n<p>Persze a nagy k\u00e9rd\u00e9s tov\u00e1bbra is az marad, hogy van e l\u00e9tjogosults\u00e1ga az eg\u00e9sz mamut-deextinkci\u00f3s projektnek. A <a href=\"http:\/\/criticalbiomass.blog.hu\/2014\/12\/21\/hogyan_klonozzunk_mamutot\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">kor\u00e1bbi posztban <\/a>m\u00e1r \u00edrtam George Church t\u00e1mogat\u00f3 \u00e1ll\u00e1spontj\u00e1r\u00f3l, most egy m\u00e1sik fajs\u00falyos szem\u00e9ly, Beth Shapiro szekptikusabb v\u00e9lem\u00e9ny\u00e9r\u0151l ejten\u00e9k p\u00e1r sz\u00f3t, f\u0151leg mert a h\u00f6lgynek most jelent meg <em>How to Clone a Mammoth<\/em> c\u00edmmel a nagyon is t\u00e9m\u00e1bav\u00e1g\u00f3 m\u0171ve (itt lehet\u00a0olvasni Carl Zimmer <a href=\"http:\/\/www.wsj.com\/articles\/woolly-thinking-1432317754\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">kritik\u00e1j\u00e1t a k\u00f6nyvr\u0151l<\/a>). Shapiro szerint &#8211; \u00e9s a v\u00e9lem\u00e9ny\u00e9t nemr\u00e9g a ScieneFriday ad\u00e1s\u00e1ban is kifejtette, ezt hallgathatj\u00e1tok meg al\u00e1bb &#8211; egy\u00e1ltal\u00e1n nem trivi\u00e1lis, hogy minden, <a href=\"http:\/\/criticalbiomass.blog.hu\/2013\/12\/11\/lazarus_program\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">deextinkci\u00f3s program alanyak\u00e9nt szerepl\u0151<\/a> \u00e1llatot val\u00f3ban meg\u00e9ri visszahozni.\u00a0Nagyon fontos lenne azt felm\u00e9rni, hogy egy\u00e1ltal\u00e1n l\u00e9tezik-e m\u00e9g az a niche, amit az adott faj valaha bet\u00f6lt\u00f6tt, val\u00f3ban haszna sz\u00e1rmazik-e az \u00f6kosziszt\u00e9m\u00e1nak abb\u00f3l, ha \u00fajb\u00f3l megjelenik-e ez a faj, \u00e9s mennyiben realisztikus azt felt\u00e9telezni, hogy egy teljesen mesters\u00e9ges k\u00f6r\u00fclm\u00e9nyek k\u00f6z\u00f6tt l\u00e9trehozott hibrid k\u00e9pes lesz a korabeli rokonai viselked\u00e9smint\u00e1it produk\u00e1lni. (Shapiro p\u00e9ld\u00e1ul k\u00fcl\u00f6n\u00f6sen szkeptikus a v\u00e1ndorgalambok\u00a0deextinkci\u00f3j\u00e1val kapcsolatban, pedig azok genomj\u00e1t pont az \u0151 laborj\u00e1ban szekven\u00e1lj\u00e1k mostans\u00e1g.)<\/p>\n<p style=\"text-align: center;\"><iframe loading=\"lazy\" width=\"100%\" height=\"NaN\" scrolling=\"no\" frameborder=\"no\" src=\"https:\/\/w.soundcloud.com\/player\/?url=https%3A\/\/api.soundcloud.com\/tracks\/205661820&amp;color=ff5500&amp;auto_play=false&amp;hide_related=false&amp;show_comments=true&amp;show_user=true&amp;show_reposts=false\"><\/iframe><\/p>\n<p>(<em>A kezd\u0151k\u00e9p a <a href=\"http:\/\/www.nhm.ac.uk\/research-curation\/earth-sciences\/fossil-vertebrates\/fossil-vertebrate-research\/quaternary-mammals\/mammoth-evolution\/index.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Natural History Museum oldal\u00e1r\u00f3l<\/a> sz\u00e1rmazik.<\/em>)<\/p>\n<hr \/>\n<p><span size=\"1\" style=\"font-size: xx-small;\"> <b>Palkopoulou E, Mallick S, Skoglund P, Enk J, Rohland N, et al.<\/b> (2015) Complete genomes reveal signatures of demographic and genetic declines in the woolly mammoth. <i>Curr Biol<\/i> <b>25(10)<\/b>: 1395-400.<br \/> <b>Lynch V, Bedoya-Reina OC, Ratan A, Sulak M, Drautz-Moses DI, et al.<\/b> (2015) Elephantid genomes reveal the molecular bases of Woolly Mammoth adaptations to the arctic. Preprint at <i>bioRxiv<\/i> doi: 10.1101\/018366. <\/span><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Kev\u00e9s ma m\u00e1r nem \u00e9l\u0151 \u00e1llat k\u00e9pes annyi embert izgalomba hozni, mint a mamut. \u00c9s valahogy az els\u0151 befagyott mamutok felfedez\u00e9se \u00f3ta tartja mag\u00e1t a rem\u00e9ny\/v\u00e1gy, hogy egyszer fel tudjuk majd t\u00e1masztani ezeket a k\u00fcl\u00f6nleges, sz\u0151r\u00f6s elef\u00e1ntokat. F\u00e9l \u00e9ve \u00edrtam &hellip; <a href=\"https:\/\/criticalbiomass.hu\/?p=7477436\">Egy kattint\u00e1s ide a folytat\u00e1shoz&#8230;. <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[137,6,119],"class_list":["post-7477436","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-uncategorized","tag-deextinkcio","tag-gensebeszet","tag-mamut"],"aioseo_notices":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/7477436","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=7477436"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/7477436\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=7477436"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=7477436"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=7477436"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}