![\"kukoricagenom01.jpg\"](\"http:\/\/m.cdn.blog.hu\/cr\/criticalbiomass\/post-image\/2015\/01\/kukoricagenom01.jpg\")
<\/p>\n<\/p>\n
A GMO-vit\u00e1kban nekem mindig az az \u00e9rz\u00e9sem, hogy az ellenz\u0151k valami\u00e9rt rettegnek att\u00f3l, hogyha egy \u00e9l\u0151l\u00e9ny genomja ak\u00e1r a legkisebb m\u00e9rt\u00e9kben is megv\u00e1ltozik. Aki viszont \u00e9rt a genetik\u00e1hoz, az ezen megd\u00f6bben, hiszen az egyes \u00e9l\u0151l\u00e9nyek genomja \u00edgy is elk\u00e9peszt\u0151 m\u00e9rt\u00e9kben k\u00fcl\u00f6nb\u00f6zik, ahhoz k\u00e9pest egy \u00faj g\u00e9n elt\u00f6rp\u00fcl. Na de mennyi az annyi? A mai cikkben a szerz\u0151k ennek j\u00e1rtak ut\u00e1na, k\u00e9t kukoricat\u00f6rzset vizsg\u00e1ltak meg, a B73 -t \u00e9s a Mo17 -t, mindkett\u0151 kedvelt hibrid alapanyag, mindkett\u0151 hagyom\u00e1nyosan nemes\u00edtett kukorica, vagyis a k\u00f6znyelvben “r\u00e9gi j\u00f3l bev\u00e1lt kukorica”. Na de mennyire k\u00fcl\u00f6nb\u00f6zik az \u00f6r\u00f6k\u00edt\u0151anyaguk?<\/p>\n
<\/p>\n
A legk\u00f6nnyebb megmondani, hogy h\u00e1ny b\u00e1ziscsere t\u00edpus\u00fa elt\u00e9r\u00e9st tartalmaznak, meglep\u0151 m\u00f3don t\u00f6bbet, mint amennyit az ember-csimp\u00e1nz genom \u00f6sszehasonl\u00edt\u00e1sakor kapunk, minden nyolcvanadik b\u00e1zis elt\u00e9r a k\u00e9t genomban. Viszont nyilv\u00e1n vannak olyan szakaszok a genomban, amelyeknek nem csak a b\u00e1zissorrendje v\u00e1ltozott meg, hanem egyszer\u0171en hi\u00e1nyoznak az egyik t\u00f6rzsb\u0151l. Ezekr\u0151l m\u00e1r kicsit nehezebb ilyen statisztik\u00e1t k\u00e9sz\u00edteni, \u00fagyhogy a szerz\u0151k k\u00e9tmilli\u00f3 molekul\u00e1ris szond\u00e1t k\u00e9sz\u00edtettek a B73 kukorica genomja alapj\u00e1n \u00e9s ezzel a k\u00e1tmilli\u00f3 szond\u00e1val v\u00e9gigtapogatt\u00e1k a Mo17 kukorica genomj\u00e1t, majd egy \u00e1br\u00e1ra rajzolt\u00e1k az eredm\u00e9nyt. Ez l\u00e1that\u00f3 az els\u0151 \u00e1br\u00e1n, minden pont egy szonda, a sz\u00edn \u00e9s a vonal hossza pedig a k\u00e9t genom k\u00f6zti k\u00fcl\u00f6nbs\u00e9get mutatja. Ha egy szonda azonos m\u00e9rt\u00e9kben k\u00f6t\u0151d\u00f6tt mindk\u00e9t genomhoz, akkor sz\u00fcrke sz\u00ednnel \u00e1br\u00e1zolt\u00e1k, ha jobban k\u00f6t\u0151d\u00f6tt a Mo17 genomhoz, akkor kapott piros sz\u00ednt \u00e9s ha jobban k\u00f6t\u0151d\u00f6tt a B73 genomhoz, akkor kapott k\u00e9k sz\u00ednt. Elm\u00e9letileg ha a k\u00e9t genom azonos lenne, v\u00e9gig sz\u00fcrke sz\u00ednt kellene l\u00e1tnunk, de meglep\u0151 m\u00f3don nem ez a helyzet, akadnak olyan szakaszok, amelyek nagyon hasonl\u00edtanak egym\u00e1sra, p\u00e9ld\u00e1ul az els\u0151 kromosz\u00f3m\u00e1n a fekete n\u00e9gyzettel jel\u00f6lt centromer k\u00f6rny\u00e9k\u00e9n, de a genom nagy r\u00e9sze k\u00fcl\u00f6nb\u00f6zik a k\u00e9t kukoric\u00e1ban.<\/p>\n
E t\u00e9rk\u00e9p alapj\u00e1n v\u00e1lasztottak ki n\u00e9h\u00e1ny szakaszt, amit alaposabban is megvizsg\u00e1ltak. P\u00e9ld\u00e1ul a hatodik kromosz\u00f3m\u00e1n a 42-44 megab\u00e1zis k\u00f6z\u00f6tti szakasz, amely \u00fagy t\u0171nik teljes eg\u00e9sz\u00e9ben hi\u00e1nyzik a Mo17 genomb\u00f3l, pedig megvan a B73 genomban. Ezt igazolt\u00e1k is, \u00fagyhogy ez p\u00e9ld\u00e1ul zsin\u00f3rm\u00e9rt\u00e9knek haszn\u00e1lhat\u00f3 a t\u00e9rk\u00e9p t\u00f6bbi r\u00e9sz\u00e9nek az \u00e9rtelmez\u00e9s\u00e9hez, \u00edgy n\u00e9z ki egy szakasz, amelyik csak az egyik t\u00f6rzsben tal\u00e1lhat\u00f3 meg. A m\u00e9rete egy\u00e9bk\u00e9nt 2,6 milli\u00f3 b\u00e1zis, ezt megvizsg\u00e1lt\u00e1k k\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151 kukoricat\u00f6rzsekben is, az eredm\u00e9ny\u00e9t a m\u00e1sodik \u00e1bra mutatja. A v\u00edzszintes tengely az egyes szakaszokra tervezett primereket jel\u00f6li, a f\u00fcgg\u0151leges tengelyen az egyes kukoricafajt\u00e1k l\u00e1that\u00f3ak, a k\u00e9k sz\u00edn azt jelenti, hogy az adott szakasz megvan a genomban, a piros azt mutatja, hogy nincs meg. Mint l\u00e1that\u00f3, a vizsg\u00e1lt huszonk\u00e9t kukoricat\u00f6rzsb\u0151l tizenhatban megvan, hatb\u00f3l hi\u00e1nyzik. Ez a genomi szakasz egymag\u00e1ban harmincegy g\u00e9nt tartalmaz, \u00fagy t\u0171nik ez a harmincegy g\u00e9n vagy megvan egy kukorica genomban, vagy nincs, nyilv\u00e1n err\u0151l semmilyen k\u00f6zelebbit sem tudhatunk meg amikor a kukoric\u00e1t fogyasztjuk vagy termelj\u00fck.<\/p>\n
![\"kukoricagenom02.jpg\"](\"http:\/\/m.cdn.blog.hu\/cr\/criticalbiomass\/post-image\/2015\/01\/kukoricagenom02.jpg\")
<\/p>\n
Ezek ut\u00e1n megpr\u00f3b\u00e1ltak valamilyen statisztikai alapon le\u00edrni a k\u00e9t genom k\u00fcl\u00f6nbs\u00e9g\u00e9t, mert ez a j\u00f3 sz\u0151r\u00f6s t\u00e9rk\u00e9p el\u00e9g nehezen kezelhet\u0151. A szond\u00e1kat 2000 b\u00e1zisp\u00e1r hossz\u00fas\u00e1g\u00fa genomi szakaszokba rendezt\u00e9k \u00e9s ezekr\u0151l \u00e1llap\u00edtott\u00e1k meg, hogy az el\u0151forsul\u00e1suk k\u00fcl\u00f6nb\u00f6zik -e a k\u00e9t t\u00f6rzsben. A B73>Mo17 PAV jelenti azokat a szakaszokat, amelyek megvannak a B73 genomban, de hi\u00e1nyoznak a Mo17 -b\u0151l (nyilv\u00e1n a ford\u00edtottj\u00e1t nem tudt\u00e1k vizsg\u00e1lni, mert ahhoz a Mo17 genom alapj\u00e1n k\u00e9sz\u00fclt pr\u00f3b\u00e1kra lett volna sz\u00fcks\u00e9g). A B73>Mo17 CNV szakaszok azok, amelyek megvannak mindk\u00e9t genomban, de k\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151 sz\u00e1mban, vagyis ezek olyan genomi ter\u00fcletek, amelyekb\u0151l a B73 genomban egyn\u00e9l t\u00f6bb p\u00e9ld\u00e1ny is tal\u00e1lhat\u00f3, a Mo17 genomban pedig enn\u00e9l kevesebb. A m\u00e1sik k\u00e9t csoport, a B73=Mo17 SNP \u00e9s a B73=Mo17 azokat a szakaszokat jelenti, amelyek azonos p\u00e9ld\u00e1nysz\u00e1mban tal\u00e1lhat\u00f3ak a k\u00e9t genomban.<\/p>\n
![\"kukoricagenom03.jpg\"](\"http:\/\/m.cdn.blog.hu\/cr\/criticalbiomass\/post-image\/2015\/01\/kukoricagenom03.jpg\")
<\/p>\n
Mint a harmadik \u00e1br\u00e1n l\u00e1tszik, v\u00e9g\u00fcl hatvan olyan szakaszt tal\u00e1ltak, amelyek a Mo17 genomban magasabb p\u00e9ld\u00e1nysz\u00e1mban tal\u00e1lhat\u00f3ak, mint a B73 genomban, ezek \u00e1tlagos hossza 6512 bp. 1783 olyan szakaszt tal\u00e1ltak, amelyek megvannak a B73 genomban, de hi\u00e1nyoznak a Mo17 -b\u00f3l, mivel ezek \u00e1tlagos hossza 10688 bp, ez azt jelenti, hogy tizenkilenc milli\u00f3 b\u00e1zisp\u00e1rnyi szakasz egyszer\u0171en hi\u00e1nyzik a Mo17 genomb\u00f3l a B73 hoz k\u00e9pest (nyilv\u00e1n a ford\u00edtottj\u00e1t nem tudjuk, mekkora szakasz tal\u00e1lhat\u00f3 a Mo17 genomban, ami hi\u00e1nyzik a B73 -b\u00f3l).<\/p>\n
Ami megd\u00f6bbent\u0151, hogy \u00f6sszesen sz\u00e1znyolcvan olyan g\u00e9n akad, amelyik a B73 genomban megvan, de hi\u00e1nyzik a Mo17 -b\u0151l. \u00c9rdekes belegondolni, hogy ez k\u00e9t kukoricat\u00f6rzs, mindkett\u0151re csak \u00fagy gondolunk, mint “kukorica”, m\u00e9gis az egyik sz\u00e1znyolcvan \u00faj g\u00e9nt tartalmaz a m\u00e1sikhoz k\u00e9pest. Ha a MON810 kukoric\u00e1r\u00f3l, amelyikbe k\u00e9t \u00faj g\u00e9nt juttattak be, \u00fagy gondoljuk, hogy nagy m\u00e9rt\u00e9kben k\u00fcl\u00f6nb\u00f6zik a sz\u00fcl\u0151i kukoricat\u00f6rzst\u0151l, akkor mit gondoljunk sz\u00e1znyolcvan g\u00e9n k\u00fcl\u00f6nbs\u00e9gr\u0151l?<\/p>\n
Springer, N.M., Ying, K., Fu, Y., Ji, T., Yeh, C.-T., Jia, Y., Wu, W., Richmond, T., Kitzman, J., Rosenbaum, H., Iniguez, A.L., Barbazuk, W.B., Jeddeloh, J.A., Nettleton, D., Schnable, P.S., 2009. Maize Inbreds Exhibit High Levels of Copy Number Variation (CNV) and Presence\/Absence Variation (PAV) in Genome Content. PLoS Genet 5, e1000734. doi:10.1371\/journal.pgen.1000734<\/span><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" A GMO-vit\u00e1kban nekem mindig az az \u00e9rz\u00e9sem, hogy az ellenz\u0151k valami\u00e9rt rettegnek att\u00f3l, hogyha egy \u00e9l\u0151l\u00e9ny genomja ak\u00e1r a legkisebb m\u00e9rt\u00e9kben is megv\u00e1ltozik. Aki viszont \u00e9rt a genetik\u00e1hoz, az ezen megd\u00f6bben, hiszen az egyes \u00e9l\u0151l\u00e9nyek genomja \u00edgy is elk\u00e9peszt\u0151 m\u00e9rt\u00e9kben … Egy kattint\u00e1s ide a folytat\u00e1shoz….