{"id":5006113,"date":"2012-06-08T18:13:45","date_gmt":"2012-06-08T16:13:45","guid":{"rendered":"https:\/\/criticalbiomass.blog.hu\/2012\/06\/08\/csipkerozsika_411"},"modified":"2012-06-08T18:13:45","modified_gmt":"2012-06-08T16:13:45","slug":"csipkerozsika_411","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/?p=5006113","title":{"rendered":"Csipker\u00f3zsika"},"content":{"rendered":"<p><!-- \t\t@page { margin: 2cm } \t\tP { margin-bottom: 0.21cm } \t\tA:link { so-language: zxx } --><\/p>\n<p style=\"margin-bottom: 0cm;\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"blossom-image-align-left\" src=\"http:\/\/criticalbiomass.blog.hu\/media\/image\/201206\/421px-Dornr%C3%B6schen.jpg\" alt=\"\" width=\"111\" height=\"159\" \/>Az m\u00e1r-m\u00e1r k\u00f6zmond\u00e1sos, hogy a genomok tele vannak mindenf\u00e9le evol\u00faci\u00f3s hordal\u00e9kkal, de hogy m\u00e9gis hogyan kell ezeket elk\u00e9pzelni, arra szeretn\u00e9k ma egy p\u00e9ld\u00e1t mutatni. Ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elemekr\u0151l m\u00e1r volt ezen a blogon, p\u00e9ld\u00e1ul a <a href=\"http:\/\/criticalbiomass.blog.hu\/media\/image\/201206\/\">P-elemr\u0151l<\/a>, de ma egy gerinces p\u00e9ld\u00e1t szeretn\u00e9k mutatni.<\/p>\n<p><!--more--><!-- \t\t@page { margin: 2cm } \t\tP { margin-bottom: 0.21cm } \t\tA:link { so-language: zxx } --><\/p>\n<p style=\"margin-bottom: 0cm;\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"blossom-image-align-left\" src=\"http:\/\/criticalbiomass.blog.hu\/media\/image\/201206\/421px-Dornr%C3%B6schen.jpg\" alt=\"\" width=\"111\" height=\"159\" \/>Az m\u00e1r-m\u00e1r k\u00f6zmond\u00e1sos, hogy a genomok tele vannak mindenf\u00e9le evol\u00faci\u00f3s hordal\u00e9kkal, de hogy m\u00e9gis hogyan kell ezeket elk\u00e9pzelni, arra szeretn\u00e9k ma egy p\u00e9ld\u00e1t mutatni. Ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elemekr\u0151l m\u00e1r volt ezen a blogon, p\u00e9ld\u00e1ul a <a href=\"http:\/\/criticalbiomass.blog.hu\/media\/image\/201206\/\">P-elemr\u0151l<\/a>, de ma egy gerinces p\u00e9ld\u00e1t szeretn\u00e9k mutatni.<\/p>\n<p style=\"margin-bottom: 0cm;\">Ugye a P-elemet \u00fagy fedezt\u00e9k fel, hogy a helyv\u00e1ltoztat\u00e1sa nyom\u00e1n keletkez\u0151 mut\u00e1ci\u00f3kat figyelt\u00e9k meg. Ezzel szemben a csipker\u00f3zsika ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elem t\u00f6rt\u00e9nete \u00e9ppen ford\u00edtva kezd\u0151d\u00f6tt, Ivics Zolt\u00e1n \u00e9s munkat\u00e1rsai a lazac genomban felfigyeltek egy nagy k\u00f3piasz\u00e1mban megl\u00e9v\u0151 ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elemre, azonban a DNS szekvenci\u00e1juk alapj\u00e1n azonos\u00edtott transzpozonok annyi k\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151 mut\u00e1ci\u00f3t hordoztak, hogy egyik\u00fck sem m\u0171k\u00f6d\u00f6tt, k\u00e9ptelenek voltak helyet v\u00e1ltoztatni a genomban. Mivel sok p\u00e9ld\u00e1nyt tal\u00e1ltak \u00e9s ezeket sokf\u00e9le k\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151 mut\u00e1ci\u00f3 tette m\u0171k\u00f6d\u00e9sk\u00e9ptelenn\u00e9, sz\u00e1mos ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elem \u00f6sszehasonl\u00edt\u00e1s\u00e1b\u00f3l ki tudt\u00e1k k\u00f6vetkeztetni a m\u0171k\u00f6d\u0151k\u00e9pes csipker\u00f3zsika elem DNS szekvenci\u00e1j\u00e1t. Eg\u00e9szen pontosan nyolc k\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151 halfajban tal\u00e1lt tizenk\u00e9t ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elemet hasonl\u00edtottak \u00f6ssze, \u00edgy \u00e1ll\u00edtott\u00e1k el\u0151 a csipker\u00f3zsika konszenzusszekvenci\u00e1j\u00e1t, ez l\u00e1that\u00f3 az els\u0151 \u00e1br\u00e1n.<\/p>\n<p style=\"margin-bottom: 0cm;\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"blossom-image-align-block\" src=\"http:\/\/criticalbiomass.blog.hu\/media\/image\/201206\/sleeping%20beauty01.jpg\" alt=\"\" width=\"540\" height=\"404\" \/><\/p>\n<p style=\"margin-bottom: 0cm;\">Viszont nem \u00e1lltak meg itt, k\u00e9t lazac eredet\u0171 \u00e9s egy sziv\u00e1rv\u00e1nyos pisztr\u00e1ng eredet\u0171 szekvenci\u00e1b\u00f3l a val\u00f3s\u00e1gban is \u00f6ssze\u00e1ll\u00edtott\u00e1k a csipker\u00f3zsika ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elemet. Ez m\u00e9g mindig nem m\u0171k\u00f6d\u00f6tt, sz\u00e1mos mut\u00e1ci\u00f3t tartalmazott, amik korai STOP kodonokat eredm\u00e9nyeztek, valamint sz\u00e1mos aminosavcser\u00e9vel j\u00e1rtak a feh\u00e9rjeterm\u00e9kben. Ezeket a mut\u00e1ci\u00f3kat egyes\u00e9vel kijav\u00edtott\u00e1k PCR mutagenezis m\u00f3dszerrel (ez l\u00e1tszik az \u00e1br\u00e1n), m\u00edg meg nem kapt\u00e1k a csipker\u00f3zsika ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elem \u0151si v\u00e1ltozat\u00e1t. Ez a transzpoz\u00e1z enzim m\u00e1r k\u00e9pes volt kiugratni a csipker\u00f3zsika elemet a hely\u00e9r\u0151l, vagyis a rekonstru\u00e1lt \u0151si pont \u00fagy m\u0171k\u00f6d\u00f6tt. Mivel t\u00f6bb l\u00e9p\u00e9sen kerszt\u00fcl jutottak el az SB10 g\u00e9nhez, j\u00f3 p\u00e1r mut\u00e1ns feh\u00e9rj\u00e9t k\u00f3dol\u00f3 g\u00e9nt is kaptak mell\u00e9kterm\u00e9kk\u00e9nt, ezekb\u0151l meg\u00e1llap\u00edthatt\u00e1k, a feh\u00e9rje mely szakaszai mely m\u0171k\u00f6d\u00e9s\u00e9rt felel\u0151sek. Ezek ut\u00e1n egy bakt\u00e9riumban megtermeltett\u00e9k a fehr\u00e9je els\u0151 123 aminosavnyi szakasz\u00e1t ami a feh\u00e9rje DNS k\u00f6t\u0151 dom\u00e9nj\u00e9t tartalmazza \u00e9s kipr\u00f3b\u00e1lt\u00e1k, hogy k\u00f6t\u0151dik -e DNS molekul\u00e1hoz? Nem meglep\u0151 m\u00f3don azt tapasztalt\u00e1k, hogy ez a rekombin\u00e1ns feh\u00e9rje k\u00f6t\u0151dik az ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elem szign\u00e1lszekvenci\u00e1j\u00e1hoz.<\/p>\n<p style=\"margin-bottom: 0cm;\"><img loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"blossom-image-align-block\" src=\"http:\/\/criticalbiomass.blog.hu\/media\/image\/201206\/sleeping%20beauty%2002.jpg\" alt=\"\" width=\"456\" height=\"342\" \/><\/p>\n<p style=\"margin-bottom: 0cm;\">Ezek ut\u00e1n kirp\u00f3b\u00e1lt\u00e1k, hogy a csipker\u00f3zsika transzpoz\u00e1z enzim kataliz\u00e1lja -e az ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elem be\u00e9p\u00fcl\u00e9s\u00e9t egy gerinces genomba? Egy emberi sejtvonalban (HeLa) vizsg\u00e1lt\u00e1k az SB10 feh\u00e9rje m\u0171k\u00f6d\u00e9s\u00e9t. A transzpoz\u00e1z m\u0171k\u00f6d\u00e9s\u00e9re haszn\u00e1lt m\u00e9r\u00e9si m\u00f3dszer k\u00e9t elem\u0171: Egy plazmidra egy neomicin rezisztancia g\u00e9nt kl\u00f3noztak az ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elem szign\u00e1lszekvenci\u00e1i k\u00f6z\u00e9, ez a reporter plazmid. Ha ez be\u00e9p\u00fcl a genomba, akkor a sejtek egy r\u00e9sze ellen\u00e1ll\u00f3 lesz a neomicinre. A m\u00e1sik plazmid pedig az \u00e9ppen vizsg\u00e1lt transzpoz\u00e1z enzimet k\u00f3dol\u00f3 g\u00e9nt tartalmazta, az ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elem szign\u00e1lszekvenci\u00e1i n\u00e9lk\u00fcl, \u00edgy ez nem v\u00e1ltoztatja a hely\u00e9t. Az eredm\u00e9ny a m\u00e1sodik \u00e1br\u00e1n l\u00e1that\u00f3: Az els\u0151 k\u00eds\u00e9rletben az SB10 feh\u00e9rj\u00e9t k\u00f3dol\u00f3 g\u00e9nt ford\u00edtott ir\u00e1nyults\u00e1ggal \u00e9p\u00edtett\u00e9k be a plazmidba, ez l\u00e1that\u00f3an nem m\u0171k\u00f6d\u00f6tt. A m\u00e1sodik mint\u00e1ban a helyes ir\u00e1nyults\u00e1ggal \u00e9p\u00edtett\u00e9k be az SB10 feh\u00e9rj\u00e9t k\u00f3dol\u00f3 g\u00e9nt, ez l\u00e1that\u00f3an jelent\u0151sen megn\u00f6velte az ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elem be\u00e9p\u00fcl\u00e9s\u00e9nek az es\u00e9ly\u00e9t. A harmadik k\u00eds\u00e9rletben a be\u00e9p\u00edtett g\u00e9n egy olyan SB10 feh\u00e9rj\u00e9t k\u00f3dolt, aminek hi\u00e1nyzott a C-termin\u00e1lis v\u00e9g\u00e9r\u0151l a katalitikus dom\u00e9n, ez sem volt k\u00e9pes a genomba \u00e9p\u00edteni az ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elemet. A negyedik k\u00eds\u00e9rletben az SB6 feh\u00e9rj\u00e9t vizsg\u00e1lt\u00e1k, ez l\u00e1that\u00f3an nem m\u0171k\u00f6d\u00f6tt, az \u00f6t\u00f6dikben pedig egy rekombin\u00e1ci\u00f3s szign\u00e1lszekvencia n\u00e9lk\u00fcli ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elemet pr\u00f3b\u00e1ltak ugratni az SB10 feh\u00e9rj\u00e9vel, ez sem m\u0171k\u00f6d\u00f6tt. Ellen\u0151riztek n\u00e9h\u00e1ny neomicin rezisztens sejtvonalat, nem meglep\u0151 m\u00f3don ezekben az emberi genomban tal\u00e1lt\u00e1k meg az ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elemet.<\/p>\n<p style=\"margin-bottom: 0cm;\">\u00d6sszefoglalva tiszt\u00e1n genomszekvenci\u00e1kb\u00f3l kiindulva azonos\u00edtottak egy \u0151si ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elemet, ami milli\u00f3 \u00e9vek kel ezel\u0151tt m\u0171k\u00f6d\u00e9sk\u00e9ptelenn\u00e9 v\u00e1lt. Hogy igazolj\u00e1k, ez t\u00e9nyleg egy egykori ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elem, a k\u00fcl\u00f6nb\u00f6z\u0151 mut\u00e1ci\u00f3kat hordoz\u00f3 elemekb\u0151l \u00f6ssze\u00e1ll\u00edtott\u00e1k az \u0151si csipker\u00f3zsika elem szekvenci\u00e1j\u00e1t \u00e9s el is k\u00e9sz\u00edtett\u00e9k ezt a transzpozont, amely m\u0171k\u00f6d\u0151k\u00e9pesnek bizonyult egy emberi sejtvonalban is. Ha \u00fagy tetszik kinyomozt\u00e1k a junk DNS egy t\u00edpus\u00e1nak az eredet\u00e9t.<\/p>\n<p style=\"margin-bottom: 0cm;\">\u00a0<\/p>\n<p style=\"margin-bottom: 0cm;\">Ivics Z, Hackett PB, Plasterk RH, Izsv\u00e1k Z. (1997): Molecular reconstruction of Sleeping Beauty, a Tc1-like transposon from fish, and its transposition in human cells. Cell. 91(4):501-10.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Az m\u00e1r-m\u00e1r k\u00f6zmond\u00e1sos, hogy a genomok tele vannak mindenf\u00e9le evol\u00faci\u00f3s hordal\u00e9kkal, de hogy m\u00e9gis hogyan kell ezeket elk\u00e9pzelni, arra szeretn\u00e9k ma egy p\u00e9ld\u00e1t mutatni. Ugr\u00e1l\u00f3 genetikai elemekr\u0151l m\u00e1r volt ezen a blogon, p\u00e9ld\u00e1ul a P-elemr\u0151l, de ma egy gerinces p\u00e9ld\u00e1t &hellip; <a href=\"https:\/\/criticalbiomass.hu\/?p=5006113\">Egy kattint\u00e1s ide a folytat\u00e1shoz&#8230;. <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":4,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-5006113","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-uncategorized"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/5006113","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/4"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=5006113"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/5006113\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=5006113"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=5006113"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=5006113"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}