{"id":5005297,"date":"2005-11-30T05:34:11","date_gmt":"2005-11-30T04:34:11","guid":{"rendered":"https:\/\/criticalbiomass.blog.hu\/2005\/11\/30\/kis_kuzinunk_a_i_platynereis_i"},"modified":"2005-11-30T05:34:11","modified_gmt":"2005-11-30T04:34:11","slug":"kis_kuzinunk_a_i_platynereis_i","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/?p=5005297","title":{"rendered":"Kis kuzinunk, a <i>Platynereis<\/i>"},"content":{"rendered":"<p><img src=\"http:\/\/www.ecplanet.com\/pic\/2004\/12\/1103802089\/platynereis-dumerilii.jpg\" align=\"left\" width=\"250\"><\/p>\n<p>\nA k\u00e9toldali szimmetri\u00e1j\u00fa \u00e1llatok k\u00e9t nagy csoportra oszlanak, aszerint,<br \/>\nhogy az \u0151sb\u00e9l\u00fcreg (archenteron) ny\u00edl\u00e1s\u00e1b\u00f3l a sz\u00e1jny\u00edl\u00e1s vagy a<br \/>\nv\u00e9gb\u00e9lny\u00edl\u00e1s alakul ki. Az el\u0151bbi csoportot Protostomi\u00e1nak (ez t\u00f6bb\u00e9<br \/>\nkev\u00e9sb\u00e9 megegyezik az &#8220;\u0151ssz\u00e1j\u00faak&#8221; fogalm\u00e1val), m\u00edg ut\u00f3bbit<br \/>\nDeuterostomi\u00e1nak (&#8220;\u00fajsz\u00e1j\u00faak&#8221;) nevezz\u00fck. (Van itt a leveg\u0151ben n\u00e9h\u00e1ny<br \/>\n\u00f6r\u00f6k\u00e9rv\u00e9ny\u0171 po\u00e9n, hogy a k\u00e9t csoport k\u00f6lcs\u00f6n\u00f6sen minek tarthatja<br \/>\negym\u00e1st, de most ink\u00e1bb nem l\u0151n\u00e9m le \u0151ket&#8230; ;-)) Az eddigi<br \/>\ngenomprojectek adatainak egyik \u00e9rdekes hozad\u00e9ka, hogy a Protostomia<br \/>\ncsoportba tartoz\u00f3 rovarok (<i>Drosophila<\/i>, h\u00e1zim\u00e9h) \u00e9s fonalf\u00e9rgek (<i>C. elegans<\/i>) genomja kompaktabb \u00e9s kevesebb intront tartalmaz mint a Deuterostomia csoporthoz tartoz\u00f3 a gerinces genomok. (Az <a href=\"http:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Intron\">intronok<\/a> olyan, feh\u00e9rj\u00e9t nem k\u00f3dol\u00f3 szekvenci\u00e1k, melyek a genomi DNS-ben a k\u00f3dol\u00f3 szekvenci\u00e1k (<a href=\"http:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Exon\">exonok<\/a>)<br \/>\nk\u00f6z\u00e9 \u00e9kel\u0151dve vannak jelen, azonban az mRNS transzkripci\u00f3ja k\u00f6zben<br \/>\nkiv\u00e1g\u00f3dnak a v\u00e9gs\u0151 &#8220;term\u00e9kb\u0151l&#8221;, \u00edgy a feh\u00e9rje szint\u00e9zis helysz\u00edn\u00e9re m\u00e1r<br \/>\ncsak a k\u00f3dol\u00f3 szekvenica ker\u00fcl.) Erre k\u00e9t magyar\u00e1zat l\u00e9tezhet: a<br \/>\nvalamikori k\u00f6z\u00f6s \u0151sben (Urbilateria) kev\u00e9s intron volt \u00e9s a gerincesek<br \/>\nvonala szedett \u00f6ssze \u00fajakat, vagy a k\u00f6z\u00f6s \u0151sben sok intron volt, de a<br \/>\nrovarok valahogy elvesztett\u00e9k \u0151ket. <\/p>\n<p><img src=\"http:\/\/criticalbiomass.blog.hu\/media\/image\/200511\/platy-human_shared_introns.jpg\" align=\"right\"><br \/>\n<font size=\"1\"><br \/>\n<b>1. \u00c1bra<\/b>: A <i>Platynereis<\/i> intronjainak hely\u00e9t \u00f6sszevetve m\u00e1s<br \/>\n\u00e1llatok intronjaival, a legnagyobb megegyez\u00e9st a gerincesekkel tal\u00e1ljuk<br \/>\n(A). Hasonl\u00f3an, az emberi intronok helyzet\u00e9t \u00f6sszevetve m\u00e1s \u00e1llatok\u00e9val<br \/>\na <i>Platynereis<\/i> genomja kiugr\u00f3an magas hasonl\u00f3s\u00e1got mutat a<br \/>\nProtostomia csoportban (B). (A sz\u00fcrke nyilakhoz tartoz\u00f3 csoportnevek<br \/>\nhasonl\u00f3s\u00e1gi \u00e9rt\u00e9kei az\u00e9rt magasabbak mint a csoport egyes tagjai\u00e9i,<br \/>\nmert a csoportban fellelhet\u0151 \u00f6sszes intront \u00e1br\u00e1zolj\u00e1k &#8211; vagyis durv\u00e1n<br \/>\nextrapol\u00e1lnak a k\u00f6z\u00f6s \u0151s genomj\u00e1ra.)<br \/>\n<\/font><\/p>\n<p>Az aktu\u00e1lis <i>Science<\/i> egyik cikke a vit\u00e1t az ut\u00f3bbi magyar\u00e1zat jav\u00e1ra l\u00e1tszik eld\u00f6nteni [1]. Egy tengeri gy\u0171r\u0171sf\u00e9reg, a <i>Platynereis dumerilii<\/i><br \/>\nexon-intron szerkezet\u00e9t vizsg\u00e1lva kider\u00fclt, hogy b\u00e1r a Protostomia<br \/>\ncsoporthoz tartozik, az intronok g\u00e9neken bel\u00fcli helyzete \u00e9s \u00e1tlagos<br \/>\nsz\u00e1ma (7.8) sokkal k\u00f6zelebb van a gerincesek\u00e9hez (8.4), mint a<br \/>\nProtostomi\u00e1n bel\u00fcli Ecdysozoa csoportban lev\u0151 rovarok\u00e9hoz \u00e9s<br \/>\nfonalf\u00e9rgek\u00e9hez (2.4-5.4). (1. \u00c1bra) Gyorsan megjegyezn\u00e9m, hogy ez nem<br \/>\nazt jelenti, hogy az eddigi filogenetikai f\u00e1k fabatk\u00e1t sem \u00e9rnek.<br \/>\nEzeket az orthol\u00f3g szekvenci\u00e1k \u00f6sszehasonl\u00edt\u00e1sa alapj\u00e1n k\u00e9sz\u00edtett\u00e9k \u00e9s<br \/>\nigen megb\u00edzhat\u00f3k. Itt mind\u00f6ssze intronok <u>hely\u00e9r\u0151l<\/u> van sz\u00f3 \u00e9s nem a szekvenci\u00e1jukr\u00f3l. \u00cdgy a <i>Platynereis<\/i> megmarad \u0151ssz\u00e1j\u00fanak, m\u00e9gha az ebb\u0151l a csoportb\u00f3l vizsg\u00e1lt fajok k\u00f6z\u00fcl filogenetikailag is \u0151 \u00e1ll hozz\u00e1nk a legk\u00f6zelebb.<\/p>\n<p>A cikkb\u0151l levonhat\u00f3 legfontosabb k\u00f6vetkeztet\u00e9s az, hogy a k\u00f6z\u00f6s<br \/>\n\u0151snek, az Urbilateri\u00e1nak, minden val\u00f3sz\u00edn\u0171s\u00e9gel a gerincesek\u00e9hez nagyon<br \/>\nhasonl\u00f3 exon-intron szerkezete lehetett, s m\u00edg a rovarok evol\u00faci\u00f3ja<br \/>\nsor\u00e1n a genom igen gyorsan v\u00e1ltozott \u00e9s kompaktabb lett, addig ez<br \/>\nbenn\u00fcnk \u00e9s a tengeri gy\u0171r\u0171sf\u00e9rgekben ez nem k\u00f6vetkezett be. Mi &#8211; ebb\u0151l<br \/>\na szempotb\u00f3l &#8211; kicsit lass\u00faak voltunk \u00e9s ez\u00e9rt egy primit\u00edvebb<br \/>\n\u00e1llapotot t\u00fckr\u00f6z\u00fcnk ;-). A szerz\u0151k szavaival:\n<\/p>\n<blockquote class=\"idezet\"><p>\n<i>Platynereis<\/i> and humans can be regarded as similarly slow-evolving representatives of protostomes and deuterostomes, respectively.\n<\/p><\/blockquote>\n<p>Az eredm\u00e9ny \u00e9rdekes \u00e9s term\u00e9szetesen kicsit meglep\u0151,<br \/>\nugyanakkor nem teljesen v\u00e1ratlan, mert m\u00e1r voltak jelek  a komplexebb,<br \/>\nnagyobb genom \u0151sibb jelleg\u00e9re- \u00e9s a kompakt genomok k\u00e9s\u0151bbi<br \/>\nkialakul\u00e1s\u00e1ra vonatkoz\u00f3an. Az egyik ilyen jel, hogy b\u00e1r a gerincesekben fellelhet\u0151<br \/>\nWnt feh\u00e9rje 12 alcsal\u00e1dj\u00e1b\u00f3l 11 szint\u00e9n megtal\u00e1lhat\u00f3 egy csal\u00e1noz\u00f3<br \/>\nfajban (a csal\u00e1noz\u00f3k &#8211; pl. hidr\u00e1k &#8211; k\u00f6rk\u00f6r\u00f6s szimmetri\u00e1j\u00faak, vagyis a<br \/>\ncsal\u00e1noz\u00f3k \u00e9s a k\u00e9toldali szimmetri\u00e1j\u00fa \u00e1llatok k\u00f6z\u00f6s \u0151se az Urbilateria<br \/>\nel\u0151tt l\u00e9tezett), a <i>Nematostella vectensis<\/i>-ben, a rovarokban csak hat alcsal\u00e1d lelhet\u0151 fel, azaz n\u00e9h\u00e1ny elveszt\u0151d\u00f6tt a hossz\u00fa \u00e9vek alatt [2]. R\u00e1ad\u00e1sul \u00fagy t\u0171nik, hogy a <i>Drosophila<\/i><br \/>\nolyannyira el\u0151rehaladt a nem l\u00e9tfontoss\u00e1g\u00fa DNS szekvenci\u00e1k<br \/>\nkisz\u0171r\u00e9s\u00e9ben, hogy minden ami a genomj\u00e1ban maradt az szigor\u00fa szelekci\u00f3<br \/>\nalatt van [3], \u00e9s val\u00f3j\u00e1ban szinte egy\u00e1ltal\u00e1n nincs f\u00f6l\u00f6sleges, \u00fan.<br \/>\n&#8220;szem\u00e9t DNS-e&#8221; (&#8220;junk DNA&#8221;), ami a neutr\u00e1lis evol\u00faci\u00f3 fontos j\u00e1t\u00e9ktere<br \/>\n\u00e9s -szere lenne. Na, de err\u0151l majd valamikor m\u00e1skor. \ud83d\ude09 <\/p>\n<hr>\n<p><font size=\"1\"><br \/>\n[1] <b>Raible F, Tessmar-Raible K, Osoegawa K, Wincker<br \/>\nP, Jubin C, Balavoine G, Ferrier D, Benes V, de Jong P, Weissenbach J,<br \/>\nBork P, Arendt D<\/b> (2005) Vertebrate-type intron-rich genes in the marine annelid <i>Platynereis dumerilii<\/i>. <i>Science<\/i> <b>310<\/b>: 1325-1326.<br \/>\n[2]  <b>Miller DJ, Ball EE, Technau U.<\/b> (2005) Cnidarians and ancestral genetic complexity in the animal kingdom. <i>Trends Genet.<\/i> <b>21(10)<\/b>: 536-539.<br \/>\n[3] <b>Andolfatto P.<\/b> (2005) Adaptive evolution of non-coding DNA in <i>Drosophila<\/i>. <i>Nature<\/i> 437: 1149-1152.<br \/>\n<\/font><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>A k\u00e9toldali szimmetri\u00e1j\u00fa \u00e1llatok k\u00e9t nagy csoportra oszlanak, aszerint, hogy az \u0151sb\u00e9l\u00fcreg (archenteron) ny\u00edl\u00e1s\u00e1b\u00f3l a sz\u00e1jny\u00edl\u00e1s vagy a v\u00e9gb\u00e9lny\u00edl\u00e1s alakul ki. Az el\u0151bbi csoportot Protostomi\u00e1nak (ez t\u00f6bb\u00e9 kev\u00e9sb\u00e9 megegyezik az &#8220;\u0151ssz\u00e1j\u00faak&#8221; fogalm\u00e1val), m\u00edg ut\u00f3bbit Deuterostomi\u00e1nak (&#8220;\u00fajsz\u00e1j\u00faak&#8221;) nevezz\u00fck. (Van itt a &hellip; <a href=\"https:\/\/criticalbiomass.hu\/?p=5005297\">Egy kattint\u00e1s ide a folytat\u00e1shoz&#8230;. <span class=\"meta-nav\">&rarr;<\/span><\/a><\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":[],"categories":[1],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/5005297"}],"collection":[{"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=5005297"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/5005297\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=5005297"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=5005297"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/criticalbiomass.hu\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=5005297"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}